More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4306 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010678  Rpic_4306  porin Gram-negative type  100 
 
 
354 aa  710    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.273779  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4416  porin Gram-negative type  100 
 
 
354 aa  710    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5031  porin  76.19 
 
 
357 aa  536  1e-151  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02059  porin signal peptide protein  57.58 
 
 
347 aa  370  1e-101  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000217082  normal  0.648974 
 
 
-
 
NC_003296  RS05376  porin signal peptide protein  43.47 
 
 
368 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0326647 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1936  OmpC family outer membrane porin  42.18 
 
 
369 aa  223  3e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000467885  normal  0.0609572 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0973  OmpC family outer membrane porin  41.43 
 
 
393 aa  211  1e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000310087  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0189  porin Gram-negative type  40.56 
 
 
362 aa  207  2e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.615373  hitchhiker  0.00390966 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5539  porin  36.46 
 
 
386 aa  192  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2282  porin  34.22 
 
 
357 aa  180  4e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3091  outer membrane porin signal peptide protein  34.26 
 
 
376 aa  178  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314497  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3025  porin Gram-negative type  33.5 
 
 
376 aa  177  3e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3372  porin Gram-negative type  33.25 
 
 
376 aa  176  4e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2074  porin  35.89 
 
 
360 aa  176  5e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0061  porin  33.59 
 
 
363 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0431794  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3000  porin Gram-negative type  36.09 
 
 
348 aa  170  3e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  33.25 
 
 
389 aa  169  5e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  32.24 
 
 
392 aa  169  5e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  32.24 
 
 
392 aa  169  5e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3347  porin Gram-negative type  35.81 
 
 
348 aa  169  6e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.735046 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  34.21 
 
 
371 aa  167  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4991  porin  34.88 
 
 
393 aa  167  4e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.156454  normal  0.214455 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  34.7 
 
 
386 aa  160  3e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  34.7 
 
 
386 aa  160  4e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3099  outer membrane porin  32.71 
 
 
354 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.345873  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1323  outer membrane porin protein precursor  32.71 
 
 
357 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2974  outer membrane porin  32.71 
 
 
354 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.598026  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  35.21 
 
 
353 aa  156  5.0000000000000005e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  33.51 
 
 
354 aa  156  6e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  34.32 
 
 
352 aa  155  8e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4800  porin  35.11 
 
 
367 aa  155  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6771  porin Gram-negative type  33.67 
 
 
379 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0165431  normal  0.243338 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6618  porin Gram-negative type  34.51 
 
 
350 aa  153  4e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  35.46 
 
 
374 aa  153  4e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6332  porin  34.05 
 
 
365 aa  152  7e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00191281  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  34.84 
 
 
387 aa  150  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3567  porin  32.55 
 
 
363 aa  150  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000504769  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3905  porin  32.58 
 
 
413 aa  150  4e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  35.23 
 
 
368 aa  150  4e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3786  putative outer membrane porin  34.4 
 
 
391 aa  149  6e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02151  porin signal peptide protein  35.05 
 
 
374 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2990  porin  32.71 
 
 
387 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0177619  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  33.33 
 
 
368 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3704  outer membrane porin  35.13 
 
 
363 aa  148  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0181941 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  32.34 
 
 
401 aa  148  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5757  outer membrane porin  34 
 
 
387 aa  147  4.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3555  outer membrane porin  35.37 
 
 
436 aa  146  5e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.525449  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  36.55 
 
 
355 aa  146  5e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0812  OmpC family outer membrane porin  36.25 
 
 
388 aa  146  5e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.366822 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1599  putative outer membrane porin signal peptide protein  33.08 
 
 
386 aa  146  6e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102431  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2562  outer membrane porin, putative  35.37 
 
 
386 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.98462  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4871  porin  34.46 
 
 
371 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0000247804  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3561  outer membrane porin  35.37 
 
 
386 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5955  porin Gram-negative type  36.59 
 
 
384 aa  146  7.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.144043  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1342  putative outer membrane porin  35.37 
 
 
386 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3536  outer membrane porin  35.37 
 
 
386 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3221  putative outer membrane porin  35.37 
 
 
386 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  32.69 
 
 
355 aa  145  8.000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1107  outer membrane porin OpcP  35.37 
 
 
436 aa  145  9e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1084  porin transmembrane protein  34.46 
 
 
364 aa  145  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00229533  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3855  porin  34.01 
 
 
388 aa  145  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2708  porin  32.27 
 
 
400 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  32.27 
 
 
398 aa  145  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  35.2 
 
 
379 aa  144  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6406  porin Gram-negative type  34.34 
 
 
381 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5510  porin  35.88 
 
 
372 aa  144  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913776  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  33.24 
 
 
355 aa  144  3e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  33.24 
 
 
355 aa  144  3e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1352  porin  33.94 
 
 
377 aa  143  5e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.198854 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0483  putative outer membrane porin  35.11 
 
 
386 aa  143  6e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2394  porin  32.08 
 
 
373 aa  142  8e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.636281  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3008  porin  32.08 
 
 
373 aa  142  8e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3027  porin  32.08 
 
 
373 aa  142  8e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2846  outer membrane protein (porin)  33.08 
 
 
383 aa  142  8e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.42536 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0875  porin  33.42 
 
 
386 aa  142  9e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1357  porin  33.42 
 
 
386 aa  142  9e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0495362  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3002  porin  31.83 
 
 
373 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.703821  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  32.87 
 
 
379 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  31.71 
 
 
402 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2582  porin  32.02 
 
 
400 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6354  outer membrane protein, (porin)  32.89 
 
 
373 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401571  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5288  outer membrane porin  33.95 
 
 
386 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.13289 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2320  outer membrane protein (porin)-like  33.69 
 
 
381 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0452  porin  34.69 
 
 
385 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.14543  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0477  porin  34.69 
 
 
385 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3345  outer membrane porin, putative  32.03 
 
 
377 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3333  porin  32.03 
 
 
377 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  33.06 
 
 
367 aa  140  3e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4768  porin  34.34 
 
 
384 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3014  porin  32.03 
 
 
377 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4111  outer membrane protein, (porin)  34.43 
 
 
381 aa  140  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000510275  normal  0.307303 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1266  porin  33.08 
 
 
386 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.162269 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3798  porin  35.04 
 
 
375 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0973702 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1338  porin  33.17 
 
 
386 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0334295 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0260  porin  32.83 
 
 
378 aa  140  3e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2079  porin  32.03 
 
 
377 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1240  porin  33.08 
 
 
386 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.382217  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0484  outer membrane porin protein precursor  32.03 
 
 
377 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0302  outer membrane porin  32.03 
 
 
377 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0225  outer membrane protein (porin)  35.37 
 
 
383 aa  139  6e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.436147  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>