More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4227 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 314 aa  645    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 314 aa  645    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  90.13 
 
 		 315 aa  570  1.0000000000000001e-162  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  61 
 
 		 334 aa  396  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  60.67 
 
 		 334 aa  396  1e-109  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  61.33 
 
 		 334 aa  394  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  60.33 
 
 		 334 aa  388  1e-107  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  60.33 
 
 		 334 aa  388  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  60.4 
 
 		 334 aa  388  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  60.33 
 
 		 334 aa  388  1e-107  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  60.33 
 
 		 334 aa  388  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  60.33 
 
 		 334 aa  388  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  60.4 
 
 		 334 aa  388  1e-107  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  60.33 
 
 		 334 aa  388  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  60.4 
 
 		 334 aa  388  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  60.4 
 
 		 334 aa  386  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  60.4 
 
 		 334 aa  386  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  60.4 
 
 		 334 aa  386  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  60.73 
 
 		 334 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3831  LysR family transcriptional regulator  58.03 
 
 		 335 aa  383  1e-105  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.267692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  58.67 
 
 		 334 aa  381  1e-105  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  61.67 
 
 		 338 aa  382  1e-105  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2889  LysR family transcriptional regulator  56.76 
 
 		 342 aa  360  2e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.782631 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  52.44 
 
 		 324 aa  355  5.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  52.44 
 
 		 324 aa  355  5.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  52.44 
 
 		 324 aa  355  5.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  52.77 
 
 		 324 aa  355  6.999999999999999e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  52.12 
 
 		 323 aa  350  1e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  52.12 
 
 		 323 aa  350  2e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0641  LysR family transcriptional regulator  51.29 
 
 		 322 aa  349  4e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  51.29 
 
 		 324 aa  344  1e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0781  transcriptional regulator  50.49 
 
 		 435 aa  338  5e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0954  LysR family transcriptional regulator  50.49 
 
 		 428 aa  338  5e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0793  LysR family transcriptional regulator  50.49 
 
 		 415 aa  338  5.9999999999999996e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0632  LysR family transcriptional regulator  50.49 
 
 		 324 aa  338  9e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4494  LysR family transcriptional regulator  54.49 
 
 		 303 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4036  LysR family transcriptional regulator  54.36 
 
 		 303 aa  335  5.999999999999999e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0871  LysR family transcriptional regulator  53.7 
 
 		 313 aa  333  2e-90  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00440392  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1235  LysR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 303 aa  333  3e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0320843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5698  LysR family transcriptional regulator  53.58 
 
 		 303 aa  328  8e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00167817 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4606  LysR family transcriptional regulator  53.58 
 
 		 303 aa  328  8e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.127451  hitchhiker  0.00707127 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3431  LysR family transcriptional regulator  51.32 
 
 		 309 aa  327  2.0000000000000001e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4768  LysR family transcriptional regulator  57.39 
 
 		 298 aa  326  2.0000000000000001e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.320291 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3762  LysR family transcriptional regulator  53.24 
 
 		 303 aa  325  7e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4040  LysR family transcriptional regulator  52.01 
 
 		 303 aa  325  8.000000000000001e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.466403 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3990  LysR family transcriptional regulator  55.17 
 
 		 298 aa  324  1e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.550501  normal  0.577869 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1295  LysR family transcriptional regulator  51.63 
 
 		 340 aa  323  3e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5120  LysR family transcriptional regulator  53.06 
 
 		 299 aa  320  9.999999999999999e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2818  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 316 aa  321  9.999999999999999e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1755  LysR family transcriptional regulator  51.51 
 
 		 318 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000250234  normal  0.12184 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4869  LysR family transcriptional regulator  51.34 
 
 		 308 aa  320  3e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00123263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4927  transcriptional regulator, LysR family  50.84 
 
 		 318 aa  319  3e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.364408  normal  0.198885 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2532  transcriptional regulator, LysR family  50.97 
 
 		 314 aa  317  1e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7021  LysR family transcriptional regulator  49.17 
 
 		 305 aa  317  2e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0416892  normal  0.0705694 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1473  LysR family transcriptional regulator  48.85 
 
 		 305 aa  317  2e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0127163  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6355  LysR family transcriptional regulator  48.85 
 
 		 305 aa  317  2e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.111156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5821  LysR family transcriptional regulator  47.84 
 
 		 305 aa  317  2e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.166944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5604  LysR family transcriptional regulator  47.51 
 
 		 305 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  53.4 
 
 		 297 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4337  LysR family transcriptional regulator  51.34 
 
 		 313 aa  313  2.9999999999999996e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  53.4 
 
 		 297 aa  312  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4955  LysR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 305 aa  311  7.999999999999999e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.846935  normal  0.648001 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3913  LysR family transcriptional regulator  45.72 
 
 		 304 aa  310  2e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31780  LysR family transcriptional regulator  51.86 
 
 		 303 aa  310  2e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0939  transcriptional regulator, LysR family  51.99 
 
 		 304 aa  309  2.9999999999999997e-83  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  48.47 
 
 		 295 aa  307  1.0000000000000001e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1024  LysR family transcriptional regulator  51.66 
 
 		 304 aa  306  3e-82  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.443892 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5335  transcriptional regulator, LysR family  51.01 
 
 		 301 aa  305  6e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1430  LysR family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 299 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1235  LysR family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 327 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0125113  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06550  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 		 299 aa  303  3.0000000000000004e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.213986  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0520  LysR family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 299 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.749141  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0632  LysR family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 299 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.335341  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1032  transcriptional regulator, LysR family  46.38 
 
 		 305 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.156305 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3447  LysR family transcriptional regulator  46.71 
 
 		 305 aa  302  6.000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.800287  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  47.81 
 
 		 300 aa  301  9e-81  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1564  LysR family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 299 aa  301  1e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2751  transcriptional regulator, LysR family  50.34 
 
 		 305 aa  300  2e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.13929  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1461  LysR family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 299 aa  300  3e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.580178  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3326  LysR family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 319 aa  300  3e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.424785 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2480  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  49.15 
 
 		 305 aa  299  4e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265455  normal  0.503358 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2818  LysR family transcriptional regulator  48.3 
 
 		 299 aa  298  6e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.50081  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1360  LysR family transcriptional regulator  50.99 
 
 		 303 aa  298  7e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00813315 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2464  LysR family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 300 aa  295  6e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.624531 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3098  transcriptional regulator, LysR family  47.81 
 
 		 303 aa  295  8e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.870472  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0760  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 306 aa  294  1e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2560  transcriptional regulator, LysR family  49.34 
 
 		 304 aa  292  4e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3873  LysR family transcriptional regulator  46.78 
 
 		 300 aa  292  6e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.15417 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3647  LysR family transcriptional regulator  46.78 
 
 		 300 aa  291  7e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.885513 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4716  LysR family transcriptional regulator  46.78 
 
 		 300 aa  291  7e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.276631  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5389  LysR family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 300 aa  291  7e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3355  transcriptional regulator, LysR family  47.47 
 
 		 303 aa  291  9e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.35672  normal  0.0333388 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0488  LysR family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 309 aa  291  1e-77  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0800  LysR family transcriptional regulator  46.26 
 
 		 303 aa  291  1e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.440519 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5274  LysR family transcriptional regulator  48.16 
 
 		 321 aa  287  1e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.165995 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0322  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 305 aa  287  1e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.472309  normal  0.844631 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5481  transcriptional regulator LysR family  45.79 
 
 		 303 aa  287  2e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0288918  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5139  LysR family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 304 aa  286  2e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357677  normal  0.250764 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2017  LysR family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 308 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.304165  normal  0.0736532 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3583  transcriptional regulator, LysR family  47.46 
 
 		 300 aa  285  5e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.23323  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>