More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4224 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02361  aminoglycoside/multidrug efflux system  40.29 
 
 
1037 aa  812    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1200  transporter, hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family  40.29 
 
 
1037 aa  812    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1385  transporter, hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family  41.37 
 
 
1050 aa  821    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.252885 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3426  transporter, hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family  69.24 
 
 
1059 aa  1413    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.96069  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1360  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  45.42 
 
 
1054 aa  938    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.103096  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1597  multidrug efflux transporter MexF  60.33 
 
 
1055 aa  1212    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.586106  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0010  putative acriflavin resistance transmembrane protein  41.97 
 
 
1049 aa  795    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.461171  normal  0.0539399 
 
 
-
 
NC_003296  RS01889  drug efflux transmembrane protein  42.61 
 
 
1053 aa  798    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.43508  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1113  transmembrane multidrug-efflux system lipoprotein transmembrane  96.16 
 
 
1069 aa  1930    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.674026  normal  0.708175 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1355  hydrophobe/amphiphile efflux-1 family protein  43.28 
 
 
1052 aa  857    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1537  hydrophobe/amphiphile efflux-1 family protein  44.3 
 
 
1037 aa  879    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.209864  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0292  hydrophobe/amphiphile efflux-1 family protein  47.66 
 
 
1051 aa  929    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0334  hydrophobe/amphiphile efflux-1 family protein  44.14 
 
 
1074 aa  838    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3492  RND multidrug efflux transporter MexF  66.67 
 
 
1047 aa  1342    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4692  AcrB/AcrD/AcrF family protein  42.25 
 
 
1044 aa  822    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3100  multidrug efflux RND transporter MexF  69.15 
 
 
1063 aa  1428    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0635013  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4304  AcrB/AcrD/AcrF family protein  41.57 
 
 
1044 aa  812    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0316  hydrophobe/amphiphile efflux family protein  42.95 
 
 
1066 aa  813    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.611401  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1465  hydrophobe/amphiphile efflux family protein  79.1 
 
 
1061 aa  1644    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.372368  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2130  hypothetical protein  49.43 
 
 
1050 aa  1048    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2580  hypothetical protein  44.62 
 
 
1050 aa  866    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2104  hypothetical protein  49.34 
 
 
1052 aa  1045    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2434  hypothetical protein  44.43 
 
 
1050 aa  861    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2968  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  69.05 
 
 
1063 aa  1432    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.599397  normal  0.253976 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4008  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  41.58 
 
 
1044 aa  810    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.507214  normal  0.0226563 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2161  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  46.15 
 
 
1040 aa  893    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297975  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3828  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  80.85 
 
 
1062 aa  1568    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.130415  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3062  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  44.69 
 
 
1057 aa  878    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.143061  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4089  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  41.33 
 
 
1050 aa  816    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4334  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  82.22 
 
 
1063 aa  1627    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.637408  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1417  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  42.83 
 
 
1054 aa  796    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3838  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  44.66 
 
 
1057 aa  912    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1019  inner membrane protein  43.05 
 
 
1066 aa  817    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1841  multidrug-efflux transporter protein  79.1 
 
 
1061 aa  1644    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1130  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  46.12 
 
 
1059 aa  847    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.121687  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1827  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  57.25 
 
 
1071 aa  1122    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0746968  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1279  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  41.36 
 
 
1054 aa  815    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0197931  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2658  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  68.61 
 
 
1063 aa  1423    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.350472  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1100  AcrB/AcrD/AcrF family cation efflux protein  51.99 
 
 
1060 aa  1058    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3095  cation/multidrug efflux pump  47.35 
 
 
1042 aa  939    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00680948  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6608  hydrophobe/amphiphile efflux-1 pump, HAE1  42.34 
 
 
1063 aa  793    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.164679  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5939  hydrophobe/amphiphile efflux-1 pump, HAE1  43.33 
 
 
1066 aa  816    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.794955  normal  0.377291 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0296  hydrophobe/amphiphile efflux pump, HAE1  79.58 
 
 
1066 aa  1653    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.243004  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1005  hydrophobe/amphiphile efflux pump protein  60.61 
 
 
1057 aa  1170    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0378843  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1664  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  44.35 
 
 
1044 aa  877    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.186908  normal  0.57083 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0401  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  41.18 
 
 
1055 aa  798    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.913827  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0536  resistance-nodulation-cell division family transporter  43.06 
 
 
1034 aa  857    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0043  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  59.27 
 
 
1042 aa  1172    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0688  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  45.94 
 
 
1057 aa  917    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.67862  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0691  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  43.94 
 
 
1038 aa  810    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.553697  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0886  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  72.84 
 
 
1052 aa  1486    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2105  hydrophobe/amphiphile efflux family protein  79.1 
 
 
1061 aa  1642    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.179451  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0681  hydrophobe/amphiphile efflux family protein  43.33 
 
 
1066 aa  822    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.321186  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2567  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  43.4 
 
 
1047 aa  839    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.461697 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3303  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  73.69 
 
 
1078 aa  1505    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.110746  normal  0.948069 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1903  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  74.4 
 
 
1066 aa  1496    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.819338  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4635  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  46.43 
 
 
1047 aa  914    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.518068  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1592  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  46.18 
 
 
1037 aa  882    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0951856  unclonable  0.000000469931 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1793  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  77.27 
 
 
1062 aa  1569    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2036  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  44.84 
 
 
1059 aa  808    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.602316  hitchhiker  0.00575958 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3428  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  76.43 
 
 
1065 aa  1512    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0709  RND efflux hydrophobe/amphiphile efflux-1 family protein  43.06 
 
 
1069 aa  830    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.125833  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2892  RND family hydrophobe/amphiphile efflux pump  73.92 
 
 
1088 aa  1509    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0850  RND family hydrophobe/amphiphile efflux pump  79.71 
 
 
1061 aa  1596    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.033039  decreased coverage  0.00102824 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1230  RND family hydrophobe/amphiphile efflux pump  43.92 
 
 
1076 aa  855    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.207904 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3080  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  65.76 
 
 
1078 aa  1342    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2310  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  61.77 
 
 
1062 aa  1279    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.107479  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0949  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  40.52 
 
 
1066 aa  793    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3239  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  61.66 
 
 
1067 aa  1220    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0712  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  54 
 
 
1057 aa  1063    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1702  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  45.47 
 
 
1063 aa  902    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.710777  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3924  multidrug efflux system protein  41.6 
 
 
1048 aa  814    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0170856  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4866  acriflavin resistance protein F  82.76 
 
 
1081 aa  1639    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0385197  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1068  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  43.05 
 
 
1059 aa  860    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.186507 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2817  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  43.64 
 
 
1043 aa  841    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.702974  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4071  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  44.46 
 
 
1055 aa  832    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.702974  normal  0.202748 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1998  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  42.91 
 
 
1066 aa  818    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3015  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  79.39 
 
 
1061 aa  1651    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.841089  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5709  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  49.91 
 
 
1063 aa  998    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5838  hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1  42.6 
 
 
1063 aa  796    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.347364  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0738  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  50.99 
 
 
1055 aa  1023    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4125  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  66.92 
 
 
1058 aa  1355    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0790876  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0538  AcrB/AcrD family multidrug resistance protein  41.33 
 
 
1048 aa  791    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.199673  normal  0.872862 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0941  acriflavin resistance protein D  43.18 
 
 
1056 aa  823    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0389771  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1074  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  66.92 
 
 
1049 aa  1351    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3836  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  41.98 
 
 
1044 aa  812    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1146  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  66.92 
 
 
1049 aa  1349    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.204778  normal  0.908583 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3929  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  41.98 
 
 
1044 aa  812    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1408  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  43.08 
 
 
1058 aa  832    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.902436  normal  0.728656 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3986  transporter, hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  65.05 
 
 
1053 aa  1295    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.943465  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2655  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  42.63 
 
 
1066 aa  812    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.665349  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4698  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  79.48 
 
 
1071 aa  1655    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.294616  normal  0.444302 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05540  RND multidrug efflux transporter MexB  42.07 
 
 
1046 aa  827    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.277681  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18780  putative RND efflux transporter  60.36 
 
 
1053 aa  1184    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0445074  normal  0.109166 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32390  RND multidrug efflux transporter MexF  69.49 
 
 
1062 aa  1403    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.119837  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2608  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  42.91 
 
 
1066 aa  818    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.728592  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4745  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  60.71 
 
 
1057 aa  1183    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0242644  normal  0.0121523 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5351  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  79.39 
 
 
1061 aa  1651    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.31153  normal  0.391167 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6073  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  49.91 
 
 
1063 aa  998    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6205  hydrophobe/amphiphile efflux-1 (HAE1) family protein  42.6 
 
 
1063 aa  796    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.956257  normal  0.010149 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>