More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4209 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010678  Rpic_4209  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 
275 aa  552  1e-156  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0776695  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4319  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 
259 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.15706 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2950  transcriptional regulator, AraC family  56.6 
 
 
268 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0105763  normal  0.912836 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2692  transcriptional regulator, AraC family  56.98 
 
 
268 aa  273  3e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0007  AraC family transcriptional regulator  56.98 
 
 
272 aa  258  7e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3557  AraC family transcriptional regulator  55.64 
 
 
269 aa  255  6e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3066  AraC family transcriptional regulator  55.13 
 
 
275 aa  254  9e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.324544  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3415  AraC family transcriptional regulator  50.75 
 
 
266 aa  248  8e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0040  transcriptional regulator, AraC family  52.49 
 
 
268 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.451948  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4452  AraC family transcriptional regulator  51.12 
 
 
275 aa  231  7.000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.686924 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0617  AraC family transcriptional regulator  51.14 
 
 
273 aa  230  2e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0294699 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4288  transcriptional regulator, AraC family  49.24 
 
 
273 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.170174 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3802  AraC family transcriptional regulator  50.78 
 
 
264 aa  216  4e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00614706 
 
 
-
 
NC_003296  RS01763  transcription regulator protein  45.68 
 
 
274 aa  215  7e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.246898 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4183  AraC family transcriptional regulator  48.85 
 
 
264 aa  211  9e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.928352  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3564  AraC family transcriptional regulator  48.26 
 
 
264 aa  205  6e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.682974  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4803  AraC family transcriptional regulator  48.26 
 
 
264 aa  205  6e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5480  AraC family transcriptional regulator  48.26 
 
 
264 aa  205  6e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.280485 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4705  AraC family transcriptional regulator  47.55 
 
 
264 aa  204  1e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.974796  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0321  transcriptional regulator, AraC family  49.43 
 
 
264 aa  199  3e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.141392  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2371  AraC family transcriptional regulator  48.81 
 
 
263 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0360277  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0901  AraC family transcriptional regulator  48.65 
 
 
264 aa  193  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2143  AraC family transcriptional regulator  48.29 
 
 
266 aa  185  7e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0635753  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0931  AraC family transcriptional regulator  48.29 
 
 
266 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.846737  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1126  AraC family transcriptional regulator  48.29 
 
 
266 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.209854  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1568  AraC family transcriptional regulator  48.29 
 
 
266 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0287073  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0228  AraC family transcriptional regulator  48.29 
 
 
266 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2007  AraC family transcriptional regulator  48.29 
 
 
266 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1986  AraC family transcriptional regulator  47.53 
 
 
266 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5726  transcriptional regulator, AraC family  42.08 
 
 
286 aa  167  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1187  transcriptional regulator, AraC-family  36.22 
 
 
278 aa  165  5.9999999999999996e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1599  AraC family transcriptional regulator  39.18 
 
 
278 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000366861  normal  0.399443 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1562  AraC family transcriptional regulator  39.18 
 
 
278 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2527  AraC family transcriptional regulator  39.59 
 
 
278 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2594  AraC family transcriptional regulator  39.18 
 
 
278 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2693  AraC family transcriptional regulator  39.18 
 
 
278 aa  163  3e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3138  AraC family transcriptional regulator  34.98 
 
 
279 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.606385 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1762  AraC/XylS family transcriptional regulator  39.59 
 
 
278 aa  162  6e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1460  AraC family transcriptional regulator  38.78 
 
 
278 aa  162  6e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1568  AraC family transcriptional regulator  39.18 
 
 
278 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2781  transcriptional regulator, AraC family  39.18 
 
 
271 aa  158  8e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.109963 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1357  transcriptional regulator, AraC family  38.17 
 
 
277 aa  158  8e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.193095  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001441  L-rhamnose operon transcriptional activator RhaR  35.43 
 
 
275 aa  158  1e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2537  AraC family transcriptional regulator  39.38 
 
 
312 aa  156  4e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06279  hypothetical protein  33.86 
 
 
275 aa  152  7e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0236  AraC/XylS family transcriptional regulator  35.66 
 
 
277 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2300  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 
274 aa  137  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.457981  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2855  AraC family substrate binding transcriptional regulator  32.68 
 
 
280 aa  134  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.222069  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0479  AraC family transcriptional regulator  36.14 
 
 
279 aa  132  6.999999999999999e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00109362 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3801  transcriptional regulator, AraC family  32.79 
 
 
278 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2442  AraC family transcriptional regulator  32.64 
 
 
278 aa  126  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.314191 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  34.87 
 
 
276 aa  122  6e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  35.36 
 
 
279 aa  122  9e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1688  AraC family transcriptional regulator  32.95 
 
 
280 aa  120  3e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1212  transcriptional regulator, AraC-family  27.31 
 
 
280 aa  120  3e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1472  transcriptional regulator, AraC family  33.47 
 
 
269 aa  118  9e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.462639  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  34.24 
 
 
273 aa  118  9e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 
278 aa  118  9.999999999999999e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0805  AraC family transcriptional regulator  36.48 
 
 
275 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000161693  normal  0.19096 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2453  AraC family transcriptional regulator  32.7 
 
 
279 aa  116  3e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.00000000000537916  normal  0.591211 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3613  transcriptional regulator, AraC family  32.79 
 
 
278 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.522508  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6121  AraC family transcriptional regulator  33.47 
 
 
289 aa  115  6e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.365248  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  34.27 
 
 
281 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  34.27 
 
 
281 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6409  AraC family transcriptional regulator  33.47 
 
 
258 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.586073  normal  0.525784 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1989  AraC family transcriptional regulator  33.6 
 
 
277 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.753386  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6117  transcriptional regulator, AraC family  32.73 
 
 
297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.939175  normal  0.0684426 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2388  AraC family transcriptional regulator  31.37 
 
 
278 aa  113  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.262251  unclonable  0.0000340178 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  34.96 
 
 
284 aa  113  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1056  AraC family transcriptional regulator  34.07 
 
 
306 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000221071  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0043  AraC family transcriptional regulator  33.6 
 
 
266 aa  113  4.0000000000000004e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0766  AraC/XylS family transcriptional regulator  29.84 
 
 
273 aa  112  5e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3654  putative transcriptional regulator  33.47 
 
 
274 aa  112  5e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.232111  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0618  AraC family transcriptional regulator  31.93 
 
 
306 aa  112  6e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0105124  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1097  AraC family transcriptional regulator  31.93 
 
 
306 aa  112  6e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022105  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  34.55 
 
 
284 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0918  transcriptional regulator, AraC family  36.48 
 
 
283 aa  112  9e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.473523  normal  0.595819 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0698  AraC family transcriptional regulator  28.68 
 
 
280 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0320  AraC family transcriptional regulator  30.45 
 
 
281 aa  111  1.0000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.996721  hitchhiker  0.0000353353 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0667  AraC family transcriptional regulator  28.68 
 
 
280 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6120  transcriptional regulator, AraC family  34.7 
 
 
284 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0688  transcriptional regulator, AraC family  28.68 
 
 
280 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0806  transcriptional regulator, AraC family  39.02 
 
 
355 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.311156 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2911  transcriptional regulator, AraC family  30.47 
 
 
277 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2887  transcriptional regulator, AraC family  35.66 
 
 
264 aa  110  3e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.700128 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3689  AraC family transcriptional regulator  28.68 
 
 
280 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1895  AraC family transcriptional regulator  33.47 
 
 
277 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0719  transcriptional regulator, AraC family  31.64 
 
 
281 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  34.29 
 
 
284 aa  110  4.0000000000000004e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3844  helix-turn-helix domain-containing protein  27.97 
 
 
257 aa  109  4.0000000000000004e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.290293  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43580  putative transcriptional regulator  33.07 
 
 
274 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.417491  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0973  AraC family transcriptional regulator  32.73 
 
 
300 aa  109  5e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000577914  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0977  AraC family transcriptional regulator  32.73 
 
 
300 aa  109  6e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000786642  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26330  AraC family transcriptional regulator  35.77 
 
 
278 aa  109  6e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.643276  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2206  AraC family transcriptional regulator  33.7 
 
 
303 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000287978  normal  0.709471 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2237  putative transcriptional regulator  33.83 
 
 
278 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2552  transcriptional regulator, AraC family  32.82 
 
 
288 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.974489  normal  0.68822 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1049  AraC family transcriptional regulator  33.73 
 
 
276 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000110999  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1801  AraC family transcriptional regulator  28.28 
 
 
278 aa  108  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3634  AraC family transcriptional regulator  34.39 
 
 
300 aa  108  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.480226  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>