More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4078 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010678  Rpic_4078  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  100 
 
 
301 aa  605  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.62753  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4190  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  100 
 
 
301 aa  605  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1362  Xylono-1,4-lactonase  61.11 
 
 
294 aa  360  1e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0398  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  50.69 
 
 
302 aa  295  8e-79  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.993472 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4002  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  48.1 
 
 
293 aa  265  8e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.846723 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1727  gluconolactonase  44.91 
 
 
296 aa  231  1e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.392106  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0453  gluconolactonase  44.29 
 
 
289 aa  219  3e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1040  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  43.46 
 
 
312 aa  205  7e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.367735  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3586  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  39.72 
 
 
569 aa  199  5e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63579  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2994  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  41.49 
 
 
304 aa  189  5.999999999999999e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.412095  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2584  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  40.43 
 
 
304 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6028  transcriptional regulator, IclR family  37.5 
 
 
546 aa  182  5.0000000000000004e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0187184  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1323  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  40.22 
 
 
287 aa  182  7e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.198758  normal  0.707681 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3160  senescence marker protein-30 (SMP-30)  40.51 
 
 
289 aa  182  7e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0747  senescence marker protein-30 (SMP-30)  38.63 
 
 
284 aa  181  9.000000000000001e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2143  hypothetical protein  38.6 
 
 
291 aa  177  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3700  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  36.2 
 
 
289 aa  177  3e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0517  gluconolactonase  33.11 
 
 
311 aa  173  3.9999999999999995e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5252  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  36.23 
 
 
281 aa  172  5.999999999999999e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0568  regucalcin family protein  35.92 
 
 
291 aa  169  4e-41  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3534  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.62 
 
 
299 aa  169  5e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0305763 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2755  hypothetical protein  37.94 
 
 
303 aa  168  1e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.334703  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0015  gluconolactonase  33.45 
 
 
288 aa  167  2e-40  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1987  SMP-30/CGR1 family protein  33.1 
 
 
288 aa  164  2.0000000000000002e-39  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3407  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  39.64 
 
 
300 aa  163  3e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.13947  normal  0.0742686 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2649  regucalcin family protein  31.91 
 
 
300 aa  162  6e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00899995  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2759  regucalcin family protein  33.21 
 
 
300 aa  162  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000386621 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2373  regucalcin-like protein  31.56 
 
 
303 aa  160  2e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3300  gluconolactonase  38.77 
 
 
291 aa  160  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.875463 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2566  regucalcin family protein  31.41 
 
 
300 aa  160  3e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2339  regucalcin-like protein  32 
 
 
300 aa  159  4e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6939  gluconolactonase  37.13 
 
 
308 aa  159  5e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000441161  normal  0.601759 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1813  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  35.07 
 
 
293 aa  159  6e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.869871 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1188  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.23 
 
 
292 aa  159  7e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.227591  normal  0.0804871 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0125  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.97 
 
 
286 aa  158  9e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0063  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  31.21 
 
 
292 aa  157  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0014  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  36.93 
 
 
294 aa  157  2e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1725  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  36.3 
 
 
296 aa  155  6e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0000166829  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2611  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  38.77 
 
 
309 aa  155  8e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.170386 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3696  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  36.49 
 
 
296 aa  154  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4241  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.51 
 
 
293 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.557262  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0519  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.09 
 
 
285 aa  154  2e-36  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.530056  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2186  senescence marker protein-30 (SMP-30)  35.29 
 
 
292 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2314  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  31.16 
 
 
295 aa  154  2e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.122885  normal  0.0745328 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3664  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.46 
 
 
304 aa  153  4e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000466286  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2001  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  31.74 
 
 
302 aa  153  4e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00903181  hitchhiker  0.0000000314659 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1592  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.25 
 
 
300 aa  152  5e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1052  senescence marker protein-30 family protein  36.1 
 
 
294 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2259  gluconolactonase  34.83 
 
 
315 aa  152  8.999999999999999e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0162749  unclonable  0.0000000178231 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2611  regucalcin family protein  30.18 
 
 
300 aa  151  1e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00251849  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0015  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.05 
 
 
294 aa  150  3e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0016  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  35.05 
 
 
294 aa  149  4e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.726882 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1204  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.06 
 
 
293 aa  149  4e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1974  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.2 
 
 
302 aa  150  4e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.18647  hitchhiker  0.00196761 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2088  hypothetical protein  32.25 
 
 
300 aa  148  9e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000545594 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1170  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain protein  34.06 
 
 
293 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.482172  normal  0.0648021 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0901  senescence marker protein-30 (SMP-30)  34.66 
 
 
294 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.936604  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2046  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.59 
 
 
302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00681526  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5597  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.56 
 
 
300 aa  145  8.000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0724481  normal  0.472468 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2337  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.13 
 
 
289 aa  144  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.992536  normal  0.0209348 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3453  gluconolactonase  34.04 
 
 
297 aa  144  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.222045 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4591  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.87 
 
 
300 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00253275 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2099  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.11 
 
 
291 aa  141  9.999999999999999e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.83958 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4446  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.98 
 
 
300 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0439453  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4580  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.98 
 
 
300 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.738583 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0186  gluconolactonase  33.22 
 
 
311 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0550  L-arabinonolactonase  38.04 
 
 
304 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621286  normal  0.431982 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2681  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.74 
 
 
574 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0353  putative senescence marker protein-30 (SMP-30)  31.71 
 
 
295 aa  140  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000291446  hitchhiker  0.0000011261 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3214  gluconolactonase  32.14 
 
 
290 aa  139  3.9999999999999997e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05363  hypothetical protein  33.57 
 
 
296 aa  139  7.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00449707 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5221  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  35.87 
 
 
300 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5638  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.87 
 
 
300 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700082  normal  0.0168857 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2014  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  27.2 
 
 
289 aa  138  8.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.169753  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3531  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  29.17 
 
 
309 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0048  L-arabinonolactonase  36.6 
 
 
300 aa  138  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.21615  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3209  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.81 
 
 
301 aa  138  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0193044 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3342  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  36.77 
 
 
294 aa  137  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.88627  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0279  gluconolactonase  35.89 
 
 
295 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.27578  normal  0.327592 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4867  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.53 
 
 
309 aa  135  9e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0126426  normal  0.175747 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2571  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  31.06 
 
 
299 aa  135  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.233694  normal  0.0110739 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0122  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  31.85 
 
 
308 aa  135  9.999999999999999e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.271646  normal  0.201393 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1799  gluconolactonase  34.13 
 
 
309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.328228  hitchhiker  0.000281102 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0220  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  30.61 
 
 
311 aa  133  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0479  senescence marker protein-30 (SMP-30)  30.27 
 
 
312 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00122  regucalcin  32.38 
 
 
303 aa  132  5e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.235017  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2637  senescence marker protein-30 family protein  35.18 
 
 
290 aa  132  6e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0164591  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0419  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.45 
 
 
296 aa  132  6e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.740885  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5506  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  31.93 
 
 
293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1625  senescence marker protein-30 family protein  36.43 
 
 
310 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2591  gluconolactonase  33.68 
 
 
312 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.000189317  normal  0.0284024 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0183  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.22 
 
 
316 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0284148  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2162  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  29.9 
 
 
330 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.15283  hitchhiker  0.000142623 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0241  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.09 
 
 
291 aa  130  2.0000000000000002e-29  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3108  gluconolactonase  32.86 
 
 
303 aa  130  4.0000000000000003e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0128132  normal  0.989225 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4675  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  42.25 
 
 
318 aa  129  4.0000000000000003e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4143  gluconolactonase  30.96 
 
 
291 aa  129  6e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.670498  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5842  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.43 
 
 
311 aa  129  8.000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51450  gluconolactonase  34.07 
 
 
284 aa  128  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0165  gluconolactonase  33.22 
 
 
316 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>