More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4057 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_4169  ApbE family lipoprotein  100 
 
 		 346 aa  692    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4057  ApbE family lipoprotein  100 
 
 		 346 aa  692    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.807087  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1366  thiamine biosynthesis APBE transmembrane protein  75.82 
 
 		 340 aa  494  9.999999999999999e-139  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4919  membrane-associated ApbE-like lipoprotein  69.12 
 
 		 340 aa  461  9.999999999999999e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0104223 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1484  ApbE family lipoprotein  52.12 
 
 		 369 aa  320  3e-86  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0759035 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3196  ApbE-like lipoprotein  49.85 
 
 		 344 aa  301  1e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.764413  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1063  ApbE family lipoprotein  52.35 
 
 		 362 aa  287  2e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1142  ApbE family lipoprotein  50.16 
 
 		 362 aa  278  1e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0809507  normal  0.548232 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0552  ApbE family lipoprotein  35.71 
 
 		 351 aa  187  2e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1825  ApbE family lipoprotein  40.23 
 
 		 336 aa  187  2e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1956  thiamine biosynthesis lipoprotein  34.69 
 
 		 363 aa  185  1.0000000000000001e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4070  ApbE family lipoprotein  32.01 
 
 		 335 aa  178  1e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.785623  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0561  ApbE-like lipoprotein  31.11 
 
 		 348 aa  176  4e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0673  ApbE family lipoprotein  33.88 
 
 		 345 aa  175  9e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.38992  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3758  ApbE family lipoprotein  32.85 
 
 		 316 aa  174  1.9999999999999998e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.390614  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1874  ApbE family lipoprotein  31.71 
 
 		 317 aa  173  2.9999999999999996e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0211225  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1499  ApbE family lipoprotein  32.09 
 
 		 380 aa  173  3.9999999999999995e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000152679  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1504  ApbE family lipoprotein  29.71 
 
 		 366 aa  172  1e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00453066  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3569  membrane protein  34.08 
 
 		 336 aa  171  1e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.325217 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0510  ApbE family lipoprotein  31.04 
 
 		 353 aa  170  3e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00242012  hitchhiker  0.000000000324218 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1664  ApbE family lipoprotein  32.11 
 
 		 328 aa  165  9e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.517464 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4467  ApbE family lipoprotein  27.91 
 
 		 309 aa  161  2e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0035  hypothetical protein  36.45 
 
 		 331 aa  159  5e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2491  ApbE family protein  27.8 
 
 		 342 aa  159  5e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4038  ApbE family lipoprotein  36.3 
 
 		 386 aa  159  5e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.618341  normal  0.564525 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1216  thiamine biosynthesis lipoprotein  35.19 
 
 		 336 aa  154  2e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0976  ApbE family lipoprotein  30.96 
 
 		 346 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.402435  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5765  ApbE family lipoprotein  30.5 
 
 		 315 aa  151  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.734986 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1244  ApbE family lipoprotein  29.54 
 
 		 348 aa  150  3e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.462864  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1144  ApbE family lipoprotein  31.91 
 
 		 338 aa  146  5e-34  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.301499  normal  0.219283 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2624  ApbE family lipoprotein  33.58 
 
 		 323 aa  145  8.000000000000001e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.53738  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14840  ApbE family lipoprotein  28.49 
 
 		 360 aa  145  9e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.173743  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2363  putative thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  29.07 
 
 		 343 aa  145  1e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1338  ApbE family lipoprotein  34.44 
 
 		 339 aa  144  2e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.337899  unclonable  0.00000141849 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2350  ApbE family lipoprotein  32.87 
 
 		 323 aa  144  2e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14280  ApbE family lipoprotein  32.39 
 
 		 336 aa  144  2e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.71424e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1569  ApbE family protein  37.9 
 
 		 306 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.339212  normal  0.0160978 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1160  thiamine biosynthesis lipoprotein  33.83 
 
 		 337 aa  139  7.999999999999999e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.483438  normal  0.262417 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1097  ApbE family lipoprotein  32.1 
 
 		 339 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000910901  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1523  ApbE family lipoprotein  28.25 
 
 		 350 aa  135  7.000000000000001e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0237  ApbE family lipoprotein  32.17 
 
 		 335 aa  135  9e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2292  ApbE family lipoprotein  32.91 
 
 		 365 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.715586  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2380  ApbE family lipoprotein  33.33 
 
 		 368 aa  134  3e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2813  ApbE family lipoprotein  36.82 
 
 		 308 aa  134  3e-30  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000198345  hitchhiker  0.00117663 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1571  ApbE-like lipoprotein  33.33 
 
 		 331 aa  133  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0350  ApbE family lipoprotein  35.64 
 
 		 339 aa  133  5e-30  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3125  ApbE family lipoprotein  32.75 
 
 		 325 aa  132  7.999999999999999e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.779525  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1217  membrane-associated lipoprotein for thiamine biosynthesis  27.49 
 
 		 361 aa  132  1.0000000000000001e-29  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000151125  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0936  ApbE family lipoprotein  31.65 
 
 		 349 aa  131  2.0000000000000002e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0317624  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2614  ApbE family protein  29.07 
 
 		 371 aa  129  9.000000000000001e-29  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5069  ApbE family lipoprotein  34.04 
 
 		 336 aa  128  1.0000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2557  ApbE family lipoprotein  31.8 
 
 		 321 aa  128  1.0000000000000001e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0513612 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3767  ApbE family lipoprotein  30.45 
 
 		 417 aa  127  2.0000000000000002e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.301189  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3494  ApbE family lipoprotein  31.27 
 
 		 323 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.960386  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2243  ApbE family lipoprotein  35.02 
 
 		 327 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.208149 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3036  ApbE family lipoprotein  28.83 
 
 		 381 aa  127  3e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000431252  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05540  hypothetical protein  30.2 
 
 		 323 aa  126  5e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0693  ApbE family lipoprotein  39.2 
 
 		 379 aa  126  7e-28  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1239  ApbE family lipoprotein  32.31 
 
 		 349 aa  123  4e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1117  ApbE family lipoprotein  28.41 
 
 		 350 aa  123  5e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1216  ApbE family lipoprotein  31.92 
 
 		 349 aa  123  6e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1601  thiamine biosynthesis membrane-associated lipoprotein  27.84 
 
 		 358 aa  122  8e-27  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1597  ApbE family lipoprotein  28.12 
 
 		 308 aa  122  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1746  thiamine biosynthesis membrane-associated lipoprotein  33.62 
 
 		 308 aa  121  1.9999999999999998e-26  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000000775168  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21260  thiamine biosynthesis lipoprotein  33.73 
 
 		 306 aa  120  3e-26  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2215  ApbE family lipoprotein  27.33 
 
 		 330 aa  120  3.9999999999999996e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0332053  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1461  ApbE family lipoprotein  30.29 
 
 		 345 aa  120  3.9999999999999996e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2654  ApbE family lipoprotein  36.1 
 
 		 326 aa  120  4.9999999999999996e-26  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.131589 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1342  ApbE family lipoprotein  30.17 
 
 		 344 aa  119  6e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.00000274029  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  31.2 
 
 		 355 aa  119  9e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2411  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE, putative  33.74 
 
 		 310 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.39462  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1478  thiamine biosynthesis lipoprotein  29.32 
 
 		 357 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000175227  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1387  ApbE-like lipoprotein  29.26 
 
 		 350 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.184425  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25360  putative thiamine biosynthesis lipoprotein  32.17 
 
 		 342 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1575  ApbE-like lipoprotein  33.76 
 
 		 350 aa  117  3e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0264  ApbE family lipoprotein  29.74 
 
 		 320 aa  117  3e-25  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.398879  normal  0.351019 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0909  ApbE family lipoprotein  29.63 
 
 		 293 aa  117  3e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.503634  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00140  thiamine biosynthesis lipoprotein  32.49 
 
 		 313 aa  117  3.9999999999999997e-25  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.594186 
 
 
-
 
NC_002936  DET1595  ApbE/NosX family protein  29.19 
 
 		 344 aa  116  5e-25  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000126725  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0575  ApbE family lipoprotein  32.53 
 
 		 344 aa  116  5e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0982  ApbE family lipoprotein  28.68 
 
 		 353 aa  116  6.9999999999999995e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21060  thiamine biosynthesis lipoprotein  33.33 
 
 		 320 aa  115  8.999999999999998e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2166  putative lipoprotein  31.71 
 
 		 342 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2326  ApbE family protein  31.1 
 
 		 352 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.211712  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00751  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  28.12 
 
 		 350 aa  114  3e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.182367  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1925  ApbE family lipoprotein  30.92 
 
 		 349 aa  113  4.0000000000000004e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05200  thiamine biosynthesis lipoprotein  33.61 
 
 		 332 aa  113  5e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.666118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0541  ApbE family lipoprotein  28.99 
 
 		 343 aa  112  8.000000000000001e-24  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1225  ApbE-like lipoprotein  33.98 
 
 		 322 aa  112  9e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.65797  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2411  putative thaimine biosynthesis protein  30.77 
 
 		 362 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0536  ApbE family lipoprotein  30 
 
 		 345 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0996  ApbE family protein  30.92 
 
 		 352 aa  110  3e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.167823  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2113  ApbE family protein  30.92 
 
 		 352 aa  110  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0009  ApbE-like lipoprotein  29.03 
 
 		 346 aa  110  3e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109653  normal  0.0510654 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3233  ApbE family lipoprotein  31.97 
 
 		 344 aa  110  3e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000188784  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2058  ApbE family protein  30.92 
 
 		 370 aa  110  3e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.673444  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0414  membrane-associated lipoprotein for thiamine biosynthesis  29.01 
 
 		 325 aa  110  3e-23  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0146647  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0752  ApbE family lipoprotein  27.48 
 
 		 344 aa  110  4.0000000000000004e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0129  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  27.8 
 
 		 361 aa  109  6e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.791974  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0788  thiamine biosynthesis lipoprotein  26.83 
 
 		 297 aa  109  6e-23  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>