More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4000 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_4113  serine/threonine dehydratase  100 
 
 
325 aa  658    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.559381  normal  0.528842 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4000  serine/threonine dehydratase  100 
 
 
325 aa  658    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS04793  serine/threonine dehydratase  86.75 
 
 
323 aa  532  1e-150  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.0296686 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1493  serine/threonine dehydratase  70.66 
 
 
324 aa  442  1e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144238  normal  0.317282 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3783  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  69.78 
 
 
323 aa  443  1e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.930239  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3024  serine/threonine dehydratase  67.92 
 
 
327 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.657455  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1524  serine/threonine dehydratase  67.19 
 
 
327 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00616628  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3215  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  70.72 
 
 
324 aa  439  9.999999999999999e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3918  serine/threonine dehydratase  69.72 
 
 
324 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5857  serine/threonine dehydratase  69.72 
 
 
324 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4450  serine/threonine dehydratase  69.72 
 
 
324 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2024  serine/threonine dehydratase  67.61 
 
 
327 aa  437  1e-121  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2589  serine/threonine dehydratase  67.61 
 
 
327 aa  437  1e-121  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2154  serine/threonine dehydratase  67.61 
 
 
327 aa  437  1e-121  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.160639  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3078  serine/threonine dehydratase  67.61 
 
 
327 aa  437  1e-121  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.642158  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3108  serine/threonine dehydratase  67.61 
 
 
327 aa  437  1e-121  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4825  serine/threonine dehydratase  68.87 
 
 
322 aa  437  1e-121  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00349984  normal  0.301328 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3882  serine/threonine dehydratase  69.09 
 
 
324 aa  437  1e-121  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0375891 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29410  serine/threonine dehydratase  72.06 
 
 
320 aa  437  1e-121  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4343  serine/threonine dehydratase  69.09 
 
 
324 aa  437  1e-121  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675522  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0755  serine/threonine dehydratase  67.61 
 
 
327 aa  437  1e-121  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.284278  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3470  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  69.18 
 
 
318 aa  432  1e-120  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.380484  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2556  serine/threonine dehydratase  69.06 
 
 
324 aa  432  1e-120  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.867257  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2250  serine/threonine dehydratase  68.75 
 
 
324 aa  433  1e-120  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5756  serine/threonine dehydratase  69.69 
 
 
320 aa  429  1e-119  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000717119  hitchhiker  0.000000000000616455 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4347  serine/threonine dehydratase  70.44 
 
 
322 aa  421  1e-117  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0996  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  67.94 
 
 
338 aa  418  1e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.100397  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3108  serine/threonine dehydratase  72.2 
 
 
321 aa  419  1e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.611552  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4177  serine/threonine dehydratase  67.92 
 
 
326 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4565  serine/threonine dehydratase  66.98 
 
 
320 aa  415  9.999999999999999e-116  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.026373 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0886  serine/threonine dehydratase  72.22 
 
 
321 aa  410  1e-113  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1807  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  66.46 
 
 
322 aa  404  1e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0534  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  65.62 
 
 
321 aa  402  1e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0152  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  67.09 
 
 
318 aa  398  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1698  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  65.09 
 
 
328 aa  399  9.999999999999999e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3217  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  65.08 
 
 
324 aa  394  1e-108  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555071  normal  0.861719 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3519  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  63.09 
 
 
339 aa  386  1e-106  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00283546  normal  0.133146 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1999  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  61.74 
 
 
327 aa  380  1e-104  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.232127  normal  0.0256185 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1894  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  61.09 
 
 
324 aa  379  1e-104  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0510457  normal  0.19276 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4607  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  64.56 
 
 
318 aa  369  1e-101  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0567423 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2749  serine/threonine dehydratase  55.73 
 
 
329 aa  365  1e-100  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.976068  normal  0.188122 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  53.63 
 
 
320 aa  355  5.999999999999999e-97  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2122  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  57.01 
 
 
332 aa  349  3e-95  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.113848  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4359  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  53.94 
 
 
321 aa  341  1e-92  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0305  serine/threonine dehydratase  55.66 
 
 
322 aa  338  5.9999999999999996e-92  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.333559 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0656  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.16 
 
 
325 aa  285  5.999999999999999e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.360995  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2376  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  47.54 
 
 
317 aa  281  1e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.799861 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1447  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  46.75 
 
 
330 aa  279  4e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0170532  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1010  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  46.13 
 
 
315 aa  266  2.9999999999999995e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.929985 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  41.64 
 
 
403 aa  265  7e-70  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4888  putative threonine dehydratase, catabolic  43.59 
 
 
325 aa  263  2e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4489  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  47.68 
 
 
331 aa  263  3e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0888  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.65 
 
 
324 aa  263  3e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.520177 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1722  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  46.6 
 
 
320 aa  261  8.999999999999999e-69  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6209  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.1 
 
 
319 aa  261  1e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0577806 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1632  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  47.19 
 
 
328 aa  261  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.451091  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41.59 
 
 
332 aa  260  2e-68  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1623  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  46.75 
 
 
328 aa  259  3e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4366  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  43.91 
 
 
315 aa  256  5e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3309  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.86 
 
 
319 aa  253  2.0000000000000002e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0279719  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4110  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.13 
 
 
333 aa  254  2.0000000000000002e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2700  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.12 
 
 
321 aa  253  3e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.420698 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5562  L-threonine ammonia-lyase  44.85 
 
 
329 aa  253  4.0000000000000004e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.653465 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3920  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41.99 
 
 
315 aa  248  1e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.903955  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  37.78 
 
 
403 aa  247  2e-64  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2353  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.97 
 
 
304 aa  246  4e-64  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0687  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  46.23 
 
 
304 aa  245  6e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2603  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41.67 
 
 
320 aa  243  3e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000516286  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  38.14 
 
 
403 aa  241  1e-62  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0011  threonine dehydratase  42.77 
 
 
402 aa  239  2.9999999999999997e-62  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.059163  normal  0.133507 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0945  threonine dehydratase  38.82 
 
 
418 aa  239  4e-62  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0980  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  39.55 
 
 
326 aa  238  8e-62  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.393122 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1389  putative threonine dehydratase  39.87 
 
 
326 aa  238  9e-62  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2502  threonine dehydratase  47.28 
 
 
333 aa  238  1e-61  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0237759  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  37.42 
 
 
402 aa  238  1e-61  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0845  threonine dehydratase  37.5 
 
 
403 aa  238  1e-61  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0915  threonine dehydratase  37.18 
 
 
403 aa  236  3e-61  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2979  threonine dehydratase  41.08 
 
 
415 aa  237  3e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3581  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.02 
 
 
319 aa  236  4e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.961282  normal  0.253572 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1506  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.35 
 
 
340 aa  236  4e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.88993  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2297  threonine dehydratase  46.96 
 
 
333 aa  236  5.0000000000000005e-61  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2260  threonine dehydratase  46.96 
 
 
333 aa  236  5.0000000000000005e-61  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00014617  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2218  threonine dehydratase  47.28 
 
 
333 aa  236  5.0000000000000005e-61  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2486  threonine dehydratase  46.96 
 
 
333 aa  236  5.0000000000000005e-61  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2469  threonine dehydratase  46.96 
 
 
333 aa  236  5.0000000000000005e-61  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1474  threonine dehydratase  41.19 
 
 
403 aa  235  7e-61  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0405  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.61 
 
 
315 aa  235  8e-61  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0956264  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9151  threonine dehydratase  43.49 
 
 
322 aa  234  1.0000000000000001e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.272259  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  36.16 
 
 
402 aa  234  1.0000000000000001e-60  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3282  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.13 
 
 
324 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  37.9 
 
 
405 aa  233  4.0000000000000004e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2565  threonine dehydratase  46.96 
 
 
333 aa  232  7.000000000000001e-60  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0373564  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2424  threonine dehydratase  46.01 
 
 
333 aa  232  8.000000000000001e-60  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0125  threonine dehydratase  36.56 
 
 
408 aa  232  8.000000000000001e-60  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2906  threonine dehydratase  46.01 
 
 
333 aa  231  1e-59  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.161392 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1148  putative serine/threonine dehydratase  46.88 
 
 
320 aa  229  5e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.697315  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0309  L-threonine ammonia-lyase  44.19 
 
 
324 aa  228  7e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1660  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  43.83 
 
 
324 aa  228  8e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0211382  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0103  threonine dehydratase  39.68 
 
 
401 aa  227  2e-58  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0145026  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2488  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  47.04 
 
 
327 aa  226  6e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0974826  normal  0.0534414 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>