More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3905 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010678  Rpic_3905  Carboxymuconolactone decarboxylase  100 
 
 
131 aa  268  2e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00819268  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4019  Carboxymuconolactone decarboxylase  100 
 
 
131 aa  268  2e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.000710611  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5410  carboxymuconolactone decarboxylase  82.95 
 
 
132 aa  226  6e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0441836  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5046  carboxymuconolactone decarboxylase  81.4 
 
 
154 aa  222  1e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.336576 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3566  carboxymuconolactone decarboxylase  81.4 
 
 
132 aa  221  2e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.199431  hitchhiker  0.00916142 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1458  4-carboxymuconolactone decarboxylase  81.4 
 
 
132 aa  221  3e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2446  carboxymuconolactone decarboxylase  79.07 
 
 
132 aa  219  9.999999999999999e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4700  carboxymuconolactone decarboxylase  80.62 
 
 
155 aa  219  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3662  carboxymuconolactone decarboxylase  80.62 
 
 
155 aa  219  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.318309  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3859  carboxymuconolactone decarboxylase  79.84 
 
 
132 aa  216  1e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.604596 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1368  4-carboxymuconolactone decarboxylase  78.29 
 
 
132 aa  214  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1289  putative 4-carboxymuconolactone decarboxylase  77.52 
 
 
132 aa  212  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.880163  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2542  4-carboxymuconolactone decarboxylase  77.52 
 
 
132 aa  212  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0234299  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0538  4-carboxymuconolactone decarboxylase  79.2 
 
 
185 aa  211  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0268  4-carboxymuconolactone decarboxylase  79.2 
 
 
132 aa  210  3.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.578525  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1291  4-carboxymuconolactone decarboxylase  79.2 
 
 
132 aa  210  3.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1029  4-carboxymuconolactone decarboxylase  79.2 
 
 
132 aa  210  3.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2931  carboxymuconolactone decarboxylase  64.23 
 
 
129 aa  167  6e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000640912  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4188  carboxymuconolactone decarboxylase  63.71 
 
 
152 aa  166  1e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.412642 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4478  4-carboxymuconolactone decarboxylase  61.16 
 
 
127 aa  154  3e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0934  carboxymuconolactone decarboxylase  61.98 
 
 
124 aa  154  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4169  carboxymuconolactone decarboxylase  59.5 
 
 
127 aa  151  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.944589  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0832  4-carboxymuconolactone decarboxylase  61.02 
 
 
126 aa  152  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.190386  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5100  hypothetical protein  63.64 
 
 
128 aa  151  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.696619  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58220  hypothetical protein  62.81 
 
 
128 aa  149  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.876359  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2661  carboxymuconolactone decarboxylase  58.62 
 
 
125 aa  148  3e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4526  carboxymuconolactone decarboxylase  57.63 
 
 
128 aa  142  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0900  carboxymuconolactone decarboxylase  56.82 
 
 
133 aa  143  1e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.405074 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1901  carboxymuconolactone decarboxylase  55 
 
 
129 aa  142  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.508941 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0850  4-carboxymuconolactone decarboxylase  56.56 
 
 
127 aa  141  3e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.89978  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2734  4-carboxymuconolactone decarboxylase  55.74 
 
 
127 aa  140  6e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.888805  hitchhiker  0.0000628107 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0750  putative carboxymuconolactone decarboxylase  56.56 
 
 
149 aa  139  1.9999999999999998e-32  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.061099  normal  0.343107 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0745  carboxymuconolactone decarboxylase  53.97 
 
 
153 aa  136  7.999999999999999e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.186139  normal  0.450021 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3646  carboxymuconolactone decarboxylase  53.28 
 
 
128 aa  135  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0571  4-carboxymuconolactone decarboxylase  52.46 
 
 
134 aa  134  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3382  4-carboxymuconolactone decarboxylase  52.46 
 
 
134 aa  134  4e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3703  carboxymuconolactone decarboxylase  51.64 
 
 
128 aa  133  8e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3552  4-carboxymuconolactone decarboxylase  51.64 
 
 
134 aa  133  8e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0681  carboxymuconolactone decarboxylase  50.82 
 
 
128 aa  132  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4821  carboxymuconolactone decarboxylase  50.41 
 
 
126 aa  131  3e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0925911  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0673  Carboxymuconolactone decarboxylase  50.82 
 
 
128 aa  131  3e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1912  carboxymuconolactone decarboxylase  49.59 
 
 
126 aa  130  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.955365  normal  0.169242 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2974  4-carboxymuconolactone decarboxylase  47.2 
 
 
125 aa  131  3.9999999999999996e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1326  4-carboxymuconolactone decarboxylase  50.85 
 
 
129 aa  130  6.999999999999999e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.171416  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5508  Carboxymuconolactone decarboxylase  50.41 
 
 
129 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000984625 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2296  4-carboxymuconolactone decarboxylase  46.72 
 
 
123 aa  127  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0265397  normal  0.659303 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2260  carboxymuconolactone decarboxylase  45.9 
 
 
129 aa  123  7e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2255  carboxymuconolactone decarboxylase  45.9 
 
 
129 aa  123  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.344767  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3215  carboxymuconolactone decarboxylase  50 
 
 
124 aa  123  9e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3648  carboxymuconolactone decarboxylase  45.08 
 
 
129 aa  122  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00963465  normal  0.158809 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2082  carboxymuconolactone decarboxylase  45.08 
 
 
129 aa  122  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.984068 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5222  Carboxymuconolactone decarboxylase  44.72 
 
 
126 aa  120  6e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3235  4-carboxymuconolactone decarboxylase  46.49 
 
 
129 aa  119  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.621974  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13050  4-carboxymuconolactone decarboxylase  53.04 
 
 
134 aa  119  9.999999999999999e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01252  conserved hypothetical protein  47.86 
 
 
157 aa  119  1.9999999999999998e-26  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3442  4-carboxymuconolactone decarboxylase  45.61 
 
 
127 aa  117  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.222691  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2527  carboxymuconolactone decarboxylase  47.54 
 
 
132 aa  117  3.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2568  carboxymuconolactone decarboxylase  45.3 
 
 
132 aa  116  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.136392 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1535  3-oxoadipate enol-lactonase  45.9 
 
 
373 aa  115  1.9999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.267161  normal  0.120644 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1473  Carboxymuconolactone decarboxylase  49.12 
 
 
137 aa  114  3e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.362759  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0939  carboxymuconolactone decarboxylase  42.28 
 
 
126 aa  114  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.947177  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4342  4-carboxymuconolactone decarboxylase  47.15 
 
 
130 aa  114  5e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0210047  normal  0.0491818 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4433  4-carboxymuconolactone decarboxylase  47.15 
 
 
130 aa  114  5e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.145648  hitchhiker  0.00893399 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1021  4-carboxymuconolactone decarboxylase  47.15 
 
 
132 aa  114  6e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0594936 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1381  4-carboxymuconolactone decarboxylase  47.15 
 
 
130 aa  113  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.760953  normal  0.559328 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2249  putative 4-carboxymuconolactone decarboxylase protein  47.58 
 
 
131 aa  112  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0833929  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2322  4-carboxymuconolactone decarboxylase  47.01 
 
 
129 aa  112  2.0000000000000002e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.254356  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0318  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase  45.53 
 
 
133 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.623335  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02910  4-carboxymuconolactone decarboxylase  48.76 
 
 
137 aa  112  2.0000000000000002e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0830  carboxymuconolactone decarboxylase  41.46 
 
 
126 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3257  carboxymuconolactone decarboxylase  46.49 
 
 
148 aa  112  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.146193  normal  0.0594926 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38170  4-carboxymuconolactone decarboxylase  46.83 
 
 
130 aa  112  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.230767  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2504  4-carboxymuconolactone decarboxylase  47.5 
 
 
129 aa  111  3e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2454  4-carboxymuconolactone decarboxylase  47.58 
 
 
132 aa  111  3e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.835529  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3347  3-oxoadipate enol-lactonase  52.14 
 
 
391 aa  111  3e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000820278  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02850  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase  45.53 
 
 
133 aa  111  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00181902 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3459  carboxymuconolactone decarboxylase  45.31 
 
 
136 aa  110  5e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.462387  hitchhiker  0.00164993 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1984  4-carboxymuconolactone decarboxylase  43.44 
 
 
134 aa  110  7.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2832  3-oxoadipate enol-lactonase  50.43 
 
 
393 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.448984  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2061  4-carboxymuconolactone decarboxylase  49.14 
 
 
132 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2126  carboxymuconolactone decarboxylase  44.44 
 
 
132 aa  108  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.191574  normal  0.330128 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0521  carboxymuconolactone decarboxylase  48.36 
 
 
136 aa  108  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00445095  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4016  3-oxoadipate enol-lactonase  48.72 
 
 
392 aa  108  3e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00993372  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2342  4-carboxymuconolactone decarboxylase  43.65 
 
 
132 aa  107  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4519  carboxymuconolactone decarboxylase  45.83 
 
 
125 aa  107  4.0000000000000004e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.591188  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1275  4-carboxymuconolactone decarboxylase  45.08 
 
 
130 aa  107  5e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.537713  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0050  4-carboxymuconolactone decarboxylase  45.45 
 
 
128 aa  107  6e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1577  4-carboxymuconolactone decarboxylase  46.28 
 
 
128 aa  107  6e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00107459  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5284  4-carboxymuconolactone decarboxylase  45.45 
 
 
128 aa  106  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.327444  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4316  4-carboxymuconolactone decarboxylase  43.9 
 
 
131 aa  105  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.146371  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0058  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.63 
 
 
128 aa  105  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.161595  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5750  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.72 
 
 
129 aa  104  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0988817 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3125  carboxymuconolactone decarboxylase  44.72 
 
 
129 aa  104  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4473  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.72 
 
 
128 aa  105  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3162  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.63 
 
 
128 aa  104  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5109  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.72 
 
 
129 aa  104  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5021  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.63 
 
 
128 aa  104  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7078  4-carboxymuconolactone decarboxylase  45.08 
 
 
134 aa  104  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0342158  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1557  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.63 
 
 
128 aa  104  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1487  3-oxoadipate enol-lactone hydrolase/4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.63 
 
 
128 aa  104  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>