More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3697 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_3697  site-specific tyrosine recombinase XerC  100 
 
 
328 aa  663  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3374  site-specific tyrosine recombinase XerC  97.56 
 
 
328 aa  631  1e-180  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0052  site-specific tyrosine recombinase XerC  87.23 
 
 
329 aa  552  1e-156  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.578512  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0082  site-specific tyrosine recombinase XerC  64.95 
 
 
339 aa  398  1e-110  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.472951  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0057  site-specific tyrosine recombinase XerC  61.78 
 
 
369 aa  390  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.326798  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3082  site-specific tyrosine recombinase XerC  60.32 
 
 
306 aa  348  7e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.633641  normal  0.120316 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3087  site-specific tyrosine recombinase XerC  60 
 
 
306 aa  346  4e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3104  site-specific tyrosine recombinase XerC  60 
 
 
306 aa  345  4e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.494742 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2473  site-specific tyrosine recombinase XerC  60 
 
 
306 aa  346  4e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2996  site-specific tyrosine recombinase XerC  60.32 
 
 
306 aa  345  9e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0374572 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3133  site-specific tyrosine recombinase XerC  60 
 
 
306 aa  343  2e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.40751  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0347  site-specific tyrosine recombinase XerC  59.03 
 
 
307 aa  340  2e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.693124 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0074  site-specific tyrosine recombinase XerC  59.03 
 
 
307 aa  337  1e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6437  site-specific tyrosine recombinase XerC  58.39 
 
 
306 aa  335  5e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.798094 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3258  site-specific tyrosine recombinase XerC  58.06 
 
 
310 aa  334  1e-90  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.706598  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3428  site-specific tyrosine recombinase XerC  58.06 
 
 
310 aa  334  1e-90  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2169  site-specific tyrosine recombinase XerC  58.06 
 
 
310 aa  334  1e-90  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126979  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2920  site-specific tyrosine recombinase XerC  58.06 
 
 
310 aa  334  1e-90  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.510567  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0195  site-specific tyrosine recombinase XerC  58.06 
 
 
310 aa  334  1e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  57.74 
 
 
310 aa  333  2e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0392  site-specific tyrosine recombinase XerC  57.74 
 
 
310 aa  333  2e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0170  site-specific tyrosine recombinase XerC  57.74 
 
 
306 aa  332  5e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4375  site-specific tyrosine recombinase XerC  59.68 
 
 
307 aa  328  1e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2016  phage integrase family protein  53.21 
 
 
333 aa  325  4e-88  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1733  integrase family protein  53.21 
 
 
333 aa  323  3e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0198  tyrosine recombinase XerC subunit  53.09 
 
 
291 aa  305  8e-82  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0021573 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0194  tyrosine recombinase XerC subunit  57.23 
 
 
295 aa  304  2e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1060  phage integrase  50.15 
 
 
358 aa  300  2e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.219086  normal  0.572085 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3243  tyrosine recombinase XerC subunit  52.65 
 
 
335 aa  293  3e-78  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0131  integrase family protein  51.94 
 
 
312 aa  292  6e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.144823 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  51.46 
 
 
304 aa  286  3e-76  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2544  tyrosine recombinase XerC  50.49 
 
 
318 aa  285  6e-76  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.774585  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3433  phage integrase family protein  47.83 
 
 
345 aa  284  1e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0801  phage integrase family protein  52.7 
 
 
326 aa  282  5e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2996  tyrosine recombinase XerC  52.53 
 
 
323 aa  281  1e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4555  phage integrase family protein  51.42 
 
 
378 aa  280  2e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3686  tyrosine recombinase XerC  53.31 
 
 
323 aa  276  3e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3442  phage integrase  48.73 
 
 
337 aa  274  1e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0047  tyrosine recombinase XerC  48.57 
 
 
298 aa  274  2e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0902  integrase family protein  49.52 
 
 
356 aa  274  2e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1455  integrase family protein  48.41 
 
 
365 aa  273  2e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6023  site-specific tyrosine recombinase XerC  49.03 
 
 
303 aa  271  8e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69710  site-specific tyrosine recombinase XerC  49.68 
 
 
303 aa  271  9e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.737312  normal  0.478185 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3835  tyrosine recombinase XerC  52.58 
 
 
304 aa  271  1e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.955587  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4306  integrase/recombinase XerC  48.23 
 
 
299 aa  267  2e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0393  tyrosine recombinase XerC  46.52 
 
 
299 aa  265  5e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.426652 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0394  tyrosine recombinase XerC  46.52 
 
 
299 aa  265  5e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2528  tyrosine recombinase XerC  49.84 
 
 
294 aa  265  8e-70  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.237042 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3631  tyrosine recombinase XerC  46.52 
 
 
299 aa  265  9e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.465228 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3580  tyrosine recombinase XerC  47.23 
 
 
302 aa  263  2e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.636062  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0497  tyrosine recombinase XerC  48.29 
 
 
324 aa  263  2e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.237269  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0447  tyrosine recombinase XerC  49.01 
 
 
299 aa  262  5e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3247  integrase/recombinase XerC  48.84 
 
 
296 aa  261  9e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0325  tyrosine recombinase XerC  45.81 
 
 
297 aa  257  1e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47730  site-specific tyrosine recombinase XerC  47.45 
 
 
299 aa  254  1e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435757  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0264  site-specific tyrosine recombinase XerC  47.27 
 
 
315 aa  254  1e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4127  tyrosine recombinase XerC  45.34 
 
 
301 aa  254  1e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.442069 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3993  tyrosine recombinase XerC  46.69 
 
 
306 aa  254  1e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4164  site-specific tyrosine recombinase XerC  46.45 
 
 
311 aa  254  2e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.154418  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4087  tyrosine recombinase XerC  46.69 
 
 
306 aa  253  2e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0169707 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  47.6 
 
 
299 aa  253  3e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5501  site-specific tyrosine recombinase XerC  46.84 
 
 
299 aa  253  4e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.345753  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3894  tyrosine recombinase XerC  46.36 
 
 
306 aa  253  4e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00533729 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0184  site-specific tyrosine recombinase XerC  46.93 
 
 
303 aa  253  4e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.72736  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0242  site-specific tyrosine recombinase XerC  47.45 
 
 
299 aa  253  4e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.322874  normal  0.826572 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3971  tyrosine recombinase XerC  46.36 
 
 
306 aa  252  6e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0222  integrase/recombinase XerC  47.1 
 
 
299 aa  252  6e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0393  tyrosine recombinase XerC  47.35 
 
 
321 aa  251  9e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5250  site-specific tyrosine recombinase XerC  44.55 
 
 
298 aa  249  3e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0234  site-specific tyrosine recombinase XerC  46.06 
 
 
302 aa  249  4e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5230  site-specific tyrosine recombinase XerC  46.65 
 
 
299 aa  249  5e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5291  site-specific tyrosine recombinase XerC  46.96 
 
 
299 aa  249  6e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03687  site-specific tyrosine recombinase XerC  44.55 
 
 
298 aa  249  6e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.446663  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0543  site-specific tyrosine recombinase XerC  44.44 
 
 
303 aa  249  6e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  44.44 
 
 
303 aa  249  6e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.279091  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03636  hypothetical protein  44.55 
 
 
298 aa  249  6e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.487194  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4009  site-specific tyrosine recombinase XerC  44.44 
 
 
303 aa  249  6e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  44.94 
 
 
298 aa  249  7e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0208532 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4196  site-specific tyrosine recombinase XerC  44.94 
 
 
298 aa  249  7e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0689633  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4271  site-specific tyrosine recombinase XerC  44.94 
 
 
298 aa  249  7e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4168  tyrosine recombinase XerC  44.94 
 
 
298 aa  249  7e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4036  site-specific tyrosine recombinase XerC  44.94 
 
 
298 aa  249  7e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0010  tyrosine recombinase XerC  43.17 
 
 
299 aa  248  8e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0318  site-specific tyrosine recombinase XerC  45.16 
 
 
300 aa  248  1e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04122  site-specific tyrosine recombinase XerC  47.34 
 
 
305 aa  248  1e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4330  site-specific tyrosine recombinase XerC  44.94 
 
 
298 aa  248  1e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4159  site-specific tyrosine recombinase XerC  44.98 
 
 
300 aa  246  4e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.937296  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4277  site-specific tyrosine recombinase XerC  44.98 
 
 
300 aa  246  4e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4229  site-specific tyrosine recombinase XerC  44.98 
 
 
300 aa  246  4e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5139  site-specific tyrosine recombinase XerC  46.33 
 
 
299 aa  245  6e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4336  site-specific tyrosine recombinase XerC  44.66 
 
 
300 aa  245  8e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  44.66 
 
 
300 aa  243  2e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.225708  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  45.93 
 
 
302 aa  242  5e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.182372  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3973  site-specific tyrosine recombinase XerC  45.16 
 
 
311 aa  242  8e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.556004  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3981  site-specific tyrosine recombinase XerC  43.69 
 
 
300 aa  241  8e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.105897  normal  0.285215 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0489  tyrosine recombinase XerC  44.63 
 
 
299 aa  239  6e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.110232  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1299  site-specific tyrosine recombinase XerC  43.04 
 
 
291 aa  236  4e-61  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0736  site-specific tyrosine recombinase XerC  44.09 
 
 
294 aa  236  5e-61  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002113  tyrosine recombinase XerC  44.19 
 
 
310 aa  235  6e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3474  site-specific tyrosine recombinase XerC  43.55 
 
 
296 aa  233  3e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.486058 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>