More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3528 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_3528  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 298 aa  595  1e-169  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086237 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3202  transcriptional regulator, LysR family  94.3 
 
 		 298 aa  568  1e-161  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3334  transcription regulator protein  80.87 
 
 		 298 aa  493  9.999999999999999e-139  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2577  LysR family transcriptional regulator  61.22 
 
 		 315 aa  348  7e-95  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1988  LysR family transcriptional regulator  61.17 
 
 		 302 aa  346  3e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5666  LysR family transcriptional regulator  59.26 
 
 		 306 aa  346  3e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.381574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0997  LysR family transcriptional regulator  60.88 
 
 		 315 aa  345  6e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2721  LysR family transcriptional regulator  60.88 
 
 		 322 aa  345  8e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0921  LysR family transcriptional regulator  60.48 
 
 		 300 aa  335  5e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4175  LysR family transcriptional regulator  61.38 
 
 		 299 aa  335  5e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.825344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4697  LysR family transcriptional regulator  60.69 
 
 		 299 aa  333  2e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.990453 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5492  LysR family transcriptional regulator  60.14 
 
 		 300 aa  332  4e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.28545 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4790  LysR family transcriptional regulator  60.14 
 
 		 328 aa  332  6e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5996  transcriptional regulator, LysR family  60.48 
 
 		 296 aa  329  3e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0861093  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3810  LysR family transcriptional regulator  59.66 
 
 		 299 aa  319  3.9999999999999996e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.418833  hitchhiker  0.00695796 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2728  transcriptional regulator, LysR family  58.7 
 
 		 299 aa  318  5e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3145  transcriptional regulator LysR family  54.36 
 
 		 300 aa  317  1e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.813565  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2989  transcriptional regulator, LysR family  58.62 
 
 		 299 aa  316  4e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0878749 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5772  LysR family transcriptional regulator  60.34 
 
 		 299 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.189164  normal  0.699702 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0822  LysR family transcriptional regulator  54.24 
 
 		 309 aa  298  1e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.895804 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0511  LysR family transcriptional regulator  51.57 
 
 		 293 aa  286  4e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4581  LysR family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 298 aa  283  2.0000000000000002e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.325536 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1637  transcriptional regulator, LysR family  54.11 
 
 		 298 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0972264 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0649  LysR family transcriptional regulator  52.9 
 
 		 301 aa  282  4.0000000000000003e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.550389  normal  0.33789 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1459  LysR family transcriptional regulator  50.33 
 
 		 313 aa  266  2e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.761246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02817  transcriptional regulator LysR family  51.76 
 
 		 304 aa  267  2e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3491  LysR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 325 aa  229  4e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155572  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3213  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 294 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.772963  normal  0.565798 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0127  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 295 aa  201  1.9999999999999998e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2937  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 318 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1979  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 318 aa  200  3e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00673932 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1363  LysR family transcriptional regulator  68.67 
 
 		 152 aa  194  1e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.290883  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1559  LysR family transcriptional regulator  68.67 
 
 		 152 aa  194  1e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1512  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 307 aa  172  3.9999999999999995e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.607249  normal  0.542943 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 293 aa  168  8e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1748  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.056741  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0798  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 299 aa  162  5.0000000000000005e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.748427  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  39.57 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 315 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 315 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 315 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0825  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 303 aa  154  1e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 294 aa  154  2e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  34.14 
 
 		 294 aa  152  7e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  39.01 
 
 		 322 aa  151  1e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4282  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 288 aa  150  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.352562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 291 aa  149  4e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 293 aa  149  5e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 290 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1163  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0513679  normal  0.0450168 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33750  LysR family transcriptional regulator protein  35.69 
 
 		 293 aa  147  3e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0835  transcriptional regulator LysR family  35.92 
 
 		 293 aa  147  3e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 295 aa  145  1e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0384  transcriptional regulator, LysR family  34.52 
 
 		 293 aa  144  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0197813 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4478  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.515823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 319 aa  142  5e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 301 aa  142  5e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0706  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 293 aa  142  6e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.265048  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49680  transcriptional regulator  33.22 
 
 		 291 aa  142  9e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3247  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0417  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234573  hitchhiker  0.000746298 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  139  3.9999999999999997e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 303 aa  139  4.999999999999999e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 313 aa  139  4.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  32.86 
 
 		 298 aa  138  8.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1560  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 291 aa  138  1e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2523  transcriptional regulator, LysR family  34.27 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01990  transcriptional regulator transcription regulator protein  37.63 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473925  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  35.56 
 
 		 313 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0323  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 293 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.23256 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  35.56 
 
 		 313 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2522  transcriptional regulator, LysR family  35.48 
 
 		 295 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 291 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 301 aa  135  8e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 332 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 294 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 316 aa  133  3e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3868  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 		 315 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0412  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 319 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.744171  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  32.13 
 
 		 324 aa  132  6e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 293 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3705  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.217893  normal  0.044305 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3839  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 307 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1390  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1792  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 295 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0074  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 295 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.183793  hitchhiker  0.0000000265009 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1155  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 304 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0046037  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6804  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 307 aa  130  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.986757  normal  0.761993 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4540  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 339 aa  130  3e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0590293  normal  0.826937 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5946  transcriptional regulator LysR family  34.72 
 
 		 312 aa  130  3e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  30.71 
 
 		 317 aa  129  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7356  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 305 aa  129  6e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4405  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 298 aa  129  7.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0071  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 295 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000017949 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>