More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3410 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  99.74 
 
 		 386 aa  768    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  100 
 
 		 386 aa  771    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  71.9 
 
 		 379 aa  514  1e-144  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  69.44 
 
 		 374 aa  492  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  66.24 
 
 		 368 aa  459  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  55.41 
 
 		 352 aa  382  1e-105  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  56.07 
 
 		 402 aa  369  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  54.2 
 
 		 368 aa  367  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  52.64 
 
 		 371 aa  358  9.999999999999999e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  53.32 
 
 		 379 aa  348  6e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  52.06 
 
 		 401 aa  339  5.9999999999999996e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  50.9 
 
 		 355 aa  338  8e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  50.9 
 
 		 355 aa  338  8e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  49.74 
 
 		 355 aa  334  1e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  49.62 
 
 		 354 aa  330  3e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  46.7 
 
 		 367 aa  315  9.999999999999999e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  48.29 
 
 		 355 aa  314  1.9999999999999998e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4491  porin  47.67 
 
 		 358 aa  309  5e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450812  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  47.85 
 
 		 353 aa  308  2.0000000000000002e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  45.45 
 
 		 362 aa  301  9e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5999  porin  46.79 
 
 		 352 aa  291  2e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.565883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6305  porin  44.18 
 
 		 356 aa  277  2e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  44.89 
 
 		 383 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5394  porin  42.96 
 
 		 383 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00342687 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5468  porin  42.96 
 
 		 383 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00161783  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6031  porin  42.25 
 
 		 383 aa  268  1e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00960697  normal  0.0888656 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4876  porin  42.46 
 
 		 383 aa  268  2e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4702  porin  41.71 
 
 		 383 aa  265  1e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.218408  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  41.15 
 
 		 389 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  40.05 
 
 		 392 aa  246  4e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  41.88 
 
 		 377 aa  246  4e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  40.05 
 
 		 392 aa  246  4e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01789  porin protein  46.13 
 
 		 273 aa  245  8e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4962  porin Gram-negative type  40.97 
 
 		 354 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0589815  normal  0.0680007 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2783  porin Gram-negative type  40.97 
 
 		 354 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0106499  normal  0.0987784 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  42.36 
 
 		 351 aa  243  3e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  38.34 
 
 		 357 aa  237  3e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1599  putative outer membrane porin signal peptide protein  40.24 
 
 		 386 aa  229  8e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102431  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  39.43 
 
 		 387 aa  228  9e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  39.24 
 
 		 398 aa  228  1e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5757  outer membrane porin  40.24 
 
 		 387 aa  227  3e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6252  porin  40.58 
 
 		 353 aa  226  4e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4991  porin  38.98 
 
 		 393 aa  226  4e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.156454  normal  0.214455 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  39.9 
 
 		 361 aa  226  6e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4800  porin  39.49 
 
 		 367 aa  222  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  40.21 
 
 		 449 aa  219  7.999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  39.59 
 
 		 363 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6332  porin  41.23 
 
 		 365 aa  218  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00191281  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  39.59 
 
 		 363 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  39.95 
 
 		 363 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1770  outer membrane protein (porin)  38.82 
 
 		 363 aa  218  1e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170315  normal  0.0138453 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  39.59 
 
 		 363 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  39.95 
 
 		 363 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  40.7 
 
 		 367 aa  217  2.9999999999999998e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3855  porin  38.9 
 
 		 388 aa  215  9e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1737  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  40.8 
 
 		 353 aa  212  1e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.172575  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4363  porin  38.5 
 
 		 392 aa  212  1e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.357316  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3276  porin  41.89 
 
 		 363 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0390165  normal  0.139851 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2990  porin  39.04 
 
 		 387 aa  211  2e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0177619  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  39.49 
 
 		 358 aa  210  4e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  38.66 
 
 		 363 aa  209  6e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3786  putative outer membrane porin  37.98 
 
 		 391 aa  208  1e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4241  porin  38.67 
 
 		 363 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0294588  normal  0.0402554 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4125  porin  38.67 
 
 		 363 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0517462  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1084  porin transmembrane protein  40.99 
 
 		 364 aa  206  7e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00229533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3663  porin  37.87 
 
 		 363 aa  205  9e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.107889  normal  0.482694 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4137  porin  37.7 
 
 		 363 aa  205  1e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0387994  normal  0.314302 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5712  porin  39.11 
 
 		 378 aa  202  6e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5510  porin  39.58 
 
 		 372 aa  202  9.999999999999999e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913776  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2365  porin  37.78 
 
 		 379 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.130283  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1072  outer membrane porin  37.78 
 
 		 379 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.645195  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1352  porin  38.29 
 
 		 377 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.198854 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3704  outer membrane porin  38.12 
 
 		 363 aa  201  9.999999999999999e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0181941 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  38.44 
 
 		 354 aa  201  1.9999999999999998e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3567  porin  38.81 
 
 		 363 aa  200  3e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000504769  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4547  outer membrane porin signal peptide protein  37.66 
 
 		 385 aa  200  3.9999999999999996e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000157102  normal  0.308815 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6618  porin Gram-negative type  37.22 
 
 		 350 aa  199  5e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0633  putative outer membrane porin  37.53 
 
 		 379 aa  196  7e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1796  putative outer membrane porin  37.53 
 
 		 379 aa  196  7e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0933184  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0832  putative outer membrane porin  37.53 
 
 		 379 aa  196  7e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5288  outer membrane porin  37.97 
 
 		 386 aa  195  1e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.13289 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4871  porin  39.01 
 
 		 371 aa  193  3e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0000247804  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3860  putative outer membrane porin signal peptide protein  37.1 
 
 		 384 aa  191  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.087708  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5031  porin  36.9 
 
 		 357 aa  191  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6973  porin  38.29 
 
 		 376 aa  189  7e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5504  outer membrane porin  34.1 
 
 		 379 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4768  porin  37.99 
 
 		 384 aa  184  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6771  porin Gram-negative type  34.31 
 
 		 379 aa  184  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0165431  normal  0.243338 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0061  porin  34 
 
 		 363 aa  182  7e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0431794  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0225  outer membrane protein (porin)  37.84 
 
 		 383 aa  182  7e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.436147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3144  porin  37.43 
 
 		 362 aa  181  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3091  outer membrane porin signal peptide protein  36.56 
 
 		 376 aa  180  4.999999999999999e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5311  porin  37.07 
 
 		 386 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2607  OmpC family outer membrane porin  37.15 
 
 		 363 aa  179  8e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.782547  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05376  porin signal peptide protein  36.17 
 
 		 368 aa  177  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0326647 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3342  porin  37.47 
 
 		 386 aa  178  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592431 
 
 
-
 
NC_003296  RS02151  porin signal peptide protein  38.5 
 
 		 374 aa  177  4e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4019  porin Gram-negative type  35.56 
 
 		 379 aa  176  5e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000808591  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02059  porin signal peptide protein  34.96 
 
 		 347 aa  176  9e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000217082  normal  0.648974 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1237  porin  37.62 
 
 		 394 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>