More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3358 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc3079  composite two component sensor histidine kinase and response regulator hybrid transcription regulator protein  60.04 
 
 
994 aa  985    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0449118  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3358  multi-sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 
1436 aa  2893    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.504651  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3011  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  96.03 
 
 
1436 aa  2754    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.701044  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4067  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.74 
 
 
1490 aa  788    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4255  PAS/PAC sensor, hybrid histidine kinase  37.42 
 
 
1418 aa  782    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.377123  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4605  histidine protein kinase  37.63 
 
 
1309 aa  749    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.292459  normal  0.0589738 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0633  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.52 
 
 
1480 aa  799    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.461456  normal  0.141694 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0358  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.96 
 
 
1485 aa  748    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4640  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.99 
 
 
1194 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0814409  normal  0.0127622 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4701  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.84 
 
 
1237 aa  609  1e-173  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.473456  normal  0.0283242 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5844  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.03 
 
 
948 aa  417  9.999999999999999e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2762  PAS sensor protein  31.07 
 
 
1135 aa  333  1e-89  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.449168  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3548  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.79 
 
 
1681 aa  325  3e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0482  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.54 
 
 
1681 aa  323  9.999999999999999e-87  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4445  response regulator/sensor histidine kinase  34.08 
 
 
1141 aa  320  9e-86  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0480  putative PAS/PAC sensor protein  28.09 
 
 
1686 aa  319  2e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0288  Hpt sensor hybrid histidine kinase  35.25 
 
 
1141 aa  318  4e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0560  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.04 
 
 
940 aa  309  3e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1958  multi-sensor hybrid histidine kinase  34 
 
 
816 aa  308  7e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952692  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2675  sensor histidine kinase/response regulator  37.5 
 
 
651 aa  304  8.000000000000001e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5724  two-component regulatory system sensory histidine kinase  31.06 
 
 
784 aa  304  9e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0139  histidine kinase  34.85 
 
 
1064 aa  301  9e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3018  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  36.33 
 
 
955 aa  300  2e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0433784  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2718  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.69 
 
 
1255 aa  300  2e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0403107 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2953  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.67 
 
 
1202 aa  300  2e-79  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.999143  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0960  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.99 
 
 
1245 aa  299  3e-79  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1508  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.56 
 
 
1303 aa  298  4e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0909  Hpt sensor hybrid histidine kinase  30.22 
 
 
1333 aa  298  6e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.257325  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1392  PAS sensor protein  37.94 
 
 
977 aa  297  1e-78  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.802774  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0384  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.88 
 
 
1692 aa  297  1e-78  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0678  ammonium transporter  32.91 
 
 
1322 aa  294  1e-77  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.760367  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1617  Signal transduction histidine kinase  36.38 
 
 
644 aa  290  1e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0878  sensor histidine kinase/response regulator  35.58 
 
 
654 aa  289  2.9999999999999996e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.599003  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0474  sensor histidine kinase/response regulator  35.74 
 
 
639 aa  289  2.9999999999999996e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5043  PAS  35.49 
 
 
855 aa  289  2.9999999999999996e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.563138  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1402  sensor histidine kinase/response regulator  35.58 
 
 
654 aa  289  2.9999999999999996e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0684  sensor histidine kinase/response regulator  35.58 
 
 
654 aa  289  2.9999999999999996e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.439765  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1576  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.78 
 
 
1267 aa  288  4e-76  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2216  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.58 
 
 
812 aa  288  5.999999999999999e-76  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.368148  normal  0.0314025 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2952  sensory box histidine kinase/response regulator  31.83 
 
 
1763 aa  287  8e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.684028  normal  0.230032 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0316  response regulator, histidine kinase  32.62 
 
 
891 aa  287  9e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.304506  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1639  response regulator/sensor histidine kinase  35.58 
 
 
693 aa  287  1.0000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1795  sensor histidine kinase/response regulator  35.58 
 
 
654 aa  286  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3210  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  34.82 
 
 
951 aa  286  2.0000000000000002e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1106  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  35.18 
 
 
951 aa  286  2.0000000000000002e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.615004  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1616  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.18 
 
 
1240 aa  285  3.0000000000000004e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.98218  normal  0.696471 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3702  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.99 
 
 
1234 aa  283  1e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0538  ATP-binding region, ATPase-like protein  30.14 
 
 
1233 aa  282  3e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3350  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  36.35 
 
 
923 aa  281  8e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.634179 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1040  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  34.26 
 
 
934 aa  281  9e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.301921  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3502  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.25 
 
 
1236 aa  279  3e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02212  Signal transduction histidine kinase  32.56 
 
 
1054 aa  278  4e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2865  Signal transduction histidine kinase-like protein  28.99 
 
 
2213 aa  278  8e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000726448 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4142  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.15 
 
 
916 aa  277  9e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0965  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  29.01 
 
 
1331 aa  276  2.0000000000000002e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1730  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.07 
 
 
833 aa  275  4.0000000000000004e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1596  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.58 
 
 
705 aa  275  4.0000000000000004e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003637  hypothetical protein  32.76 
 
 
1055 aa  275  4.0000000000000004e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4471  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.78 
 
 
678 aa  275  5.000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00885051  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2456  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  34.97 
 
 
948 aa  275  5.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.290959  normal  0.1829 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2615  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  35.15 
 
 
915 aa  275  6e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.544475 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02145  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  33.86 
 
 
933 aa  274  7e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02104  hypothetical protein  33.86 
 
 
933 aa  274  7e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0627  histidine kinase  29.1 
 
 
1200 aa  274  7e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1484  histidine kinase  36.01 
 
 
785 aa  274  8.000000000000001e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0577  sensory box histidine kinase/response regulator  30.66 
 
 
1188 aa  274  9e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02943  two-component system sensor protein  34.95 
 
 
727 aa  274  9e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00726909  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1432  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  33.86 
 
 
949 aa  274  9e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0516926  hitchhiker  0.00218938 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2367  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  33.92 
 
 
949 aa  274  9e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000101959  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2359  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  33.86 
 
 
949 aa  274  9e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000333746  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2511  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  34.97 
 
 
948 aa  274  9e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0476144 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0859  sensory box histidine kinase/response regulator  33.02 
 
 
1765 aa  274  1e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0720  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  33.86 
 
 
949 aa  273  1e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00107574  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2407  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  34.97 
 
 
948 aa  273  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000239257  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2519  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  33.86 
 
 
949 aa  274  1e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000827535  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1440  histidine kinase  33.86 
 
 
949 aa  273  2e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00541515  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3358  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  33.86 
 
 
949 aa  272  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00504503  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3300  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.26 
 
 
1234 aa  272  2.9999999999999997e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.881781  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0601  Signal transduction histidine kinase-like protein  36.17 
 
 
1442 aa  272  2.9999999999999997e-71  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0738  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  38.28 
 
 
925 aa  272  2.9999999999999997e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2798  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  34.03 
 
 
949 aa  272  4e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000245809  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2497  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  34.8 
 
 
948 aa  272  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0147984  normal  0.803827 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0715  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.57 
 
 
1767 aa  271  5e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3706  Hpt sensor hybrid histidine kinase  37.39 
 
 
738 aa  271  5.9999999999999995e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3307  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.33 
 
 
1767 aa  271  5.9999999999999995e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1875  histidine kinase  38.87 
 
 
785 aa  271  7e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0661847  normal  0.240097 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0008  PAS  28.89 
 
 
1439 aa  270  1e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.130257  normal  0.0574671 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0260  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.52 
 
 
1287 aa  270  1e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.579693  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0647  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.47 
 
 
1064 aa  270  1e-70  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2575  sensor histidine kinase/response regulator  34.32 
 
 
850 aa  270  2e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34990  integral membrane hybrid histidine protein kinase  38.02 
 
 
914 aa  269  2.9999999999999995e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3314  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.68 
 
 
1582 aa  269  2.9999999999999995e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.660804  hitchhiker  0.0000234203 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2078  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.55 
 
 
990 aa  268  5e-70  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.553649  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1271  hybrid signal transduction histidine kinase and diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.28 
 
 
1499 aa  268  5e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.422796  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1768  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.01 
 
 
1033 aa  268  5e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.046039  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3409  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.91 
 
 
2654 aa  268  5.999999999999999e-70  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3840  histidine kinase  38.01 
 
 
785 aa  268  8e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0989388  normal  0.369399 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3920  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  37.52 
 
 
758 aa  267  8.999999999999999e-70  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1180  hybrid sensory histidine kinase BarA  29.62 
 
 
929 aa  267  8.999999999999999e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.175711  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2946  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.24 
 
 
1303 aa  267  1e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>