More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3340 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_3340  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 394 aa  792    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.157564  normal  0.523018 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2993  Extracellular ligand-binding receptor  98.62 
 
 		 363 aa  715    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3061  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  79.7 
 
 		 388 aa  618  1e-176  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.664691  normal  0.158134 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  40.4 
 
 		 375 aa  257  2e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  37.82 
 
 		 377 aa  218  1e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4388  extracellular ligand-binding receptor  35.41 
 
 		 372 aa  206  6e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.861875 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  33.17 
 
 		 398 aa  199  9e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3606  extracellular ligand-binding receptor  36.06 
 
 		 395 aa  197  2.0000000000000003e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.316629 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4409  extracellular ligand-binding receptor  34.56 
 
 		 383 aa  194  2e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4371  extracellular ligand-binding receptor  36.46 
 
 		 391 aa  193  4e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3001  extracellular ligand-binding receptor  35.01 
 
 		 392 aa  186  4e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  33.16 
 
 		 385 aa  186  5e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  33.16 
 
 		 385 aa  186  5e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3749  extracellular ligand-binding receptor  33.69 
 
 		 374 aa  186  6e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.314564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3030  Extracellular ligand-binding receptor  33.42 
 
 		 374 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.394704  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  33.24 
 
 		 368 aa  181  2e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  31.75 
 
 		 370 aa  179  7e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  30.1 
 
 		 382 aa  177  2e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  32.38 
 
 		 382 aa  176  5e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2392  extracellular ligand-binding receptor  33.14 
 
 		 380 aa  176  7e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.152327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  31.93 
 
 		 377 aa  176  9e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  32.18 
 
 		 379 aa  173  5.999999999999999e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  32.5 
 
 		 373 aa  169  6e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2010  Extracellular ligand-binding receptor  32.89 
 
 		 377 aa  168  1e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.467518  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0364  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  33.87 
 
 		 390 aa  168  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.194587 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1693  extracellular ligand-binding receptor  32.89 
 
 		 377 aa  168  2e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502178  normal  0.251064 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0768  extracellular ligand-binding receptor  35.33 
 
 		 380 aa  167  2.9999999999999998e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3748  extracellular ligand-binding receptor  30.4 
 
 		 370 aa  166  6.9999999999999995e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3029  Extracellular ligand-binding receptor  30.4 
 
 		 370 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.518701  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5732  extracellular ligand-binding receptor  32.99 
 
 		 403 aa  165  1.0000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.588725 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  30.52 
 
 		 367 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1431  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  32.29 
 
 		 380 aa  162  9e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.21554 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1014  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  32.95 
 
 		 370 aa  162  1e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0676014 
 
 
-
 
NC_003296  RS03096  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  31.36 
 
 		 386 aa  160  3e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0735365  normal  0.368181 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  31.41 
 
 		 378 aa  160  3e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  31.77 
 
 		 385 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4704  Extracellular ligand-binding receptor  33.9 
 
 		 371 aa  154  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00418  hypothetical protein  30.77 
 
 		 380 aa  150  3e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.303098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  33.99 
 
 		 385 aa  146  6e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4703  Extracellular ligand-binding receptor  31.87 
 
 		 368 aa  144  3e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4876  extracellular ligand-binding receptor  33.24 
 
 		 378 aa  143  5e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.983185  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2765  extracellular ligand-binding receptor  28.45 
 
 		 408 aa  142  7e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.094864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0452  extracellular ligand-binding receptor  33.24 
 
 		 382 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  32.67 
 
 		 423 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  32.51 
 
 		 411 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0045  extracellular ligand-binding receptor  30.85 
 
 		 385 aa  140  3.9999999999999997e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.406138  normal  0.264074 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0335  Extracellular ligand-binding receptor  31.75 
 
 		 374 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0443  Extracellular ligand-binding receptor  32.71 
 
 		 382 aa  139  1e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363055  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1307  Extracellular ligand-binding receptor  29.21 
 
 		 425 aa  138  2e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.168587  normal  0.0355411 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  32.67 
 
 		 472 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0065  Extracellular ligand-binding receptor  30.75 
 
 		 385 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  31.97 
 
 		 411 aa  137  5e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2080  Extracellular ligand-binding receptor  31.09 
 
 		 383 aa  136  6.0000000000000005e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0549  extracellular ligand-binding receptor  31.12 
 
 		 384 aa  136  8e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0807314 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1690  extracellular ligand-binding receptor  30.87 
 
 		 382 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.783096  normal  0.235233 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  28.76 
 
 		 384 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  31.07 
 
 		 386 aa  134  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1020  twin-arginine translocation pathway signal  29.09 
 
 		 383 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1040  Extracellular ligand-binding receptor  30.43 
 
 		 382 aa  133  5e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.098407 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1879  putative amino acids-binding transmembrane protein  28.76 
 
 		 383 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.399388  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3147  hypothetical protein  29.52 
 
 		 382 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.303514 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0550  extracellular ligand-binding receptor  29.36 
 
 		 383 aa  131  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2079  Extracellular ligand-binding receptor  29.31 
 
 		 386 aa  131  3e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0789  extracellular ligand-binding receptor  31.15 
 
 		 383 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.394286  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  31.49 
 
 		 480 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0108  Extracellular ligand-binding receptor  29.41 
 
 		 388 aa  125  1e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0681  extracellular ligand-binding receptor  30.47 
 
 		 382 aa  123  5e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.35117  normal  0.336917 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  28.41 
 
 		 517 aa  123  7e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0707  extracellular ligand-binding receptor  28.69 
 
 		 382 aa  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  28.07 
 
 		 386 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0953  extracellular ligand-binding receptor  30.34 
 
 		 426 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  28.15 
 
 		 408 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3178  extracellular ligand-binding receptor  27.46 
 
 		 386 aa  117  3e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677267  normal  0.56284 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21341  hypothetical protein  27.3 
 
 		 342 aa  117  5e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.551591 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0825  extracellular ligand-binding receptor  27.14 
 
 		 380 aa  116  6e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2334  Extracellular ligand-binding receptor  29.84 
 
 		 388 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.10397  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2845  extracellular ligand-binding receptor  29.84 
 
 		 388 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1004  Extracellular ligand-binding receptor  28.49 
 
 		 416 aa  113  5e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1033  extracellular ligand-binding receptor  28.49 
 
 		 416 aa  113  6e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.344987  hitchhiker  0.000487812 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3128  Extracellular ligand-binding receptor  30.59 
 
 		 387 aa  112  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151168  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1725  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  30.56 
 
 		 393 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1617  extracellular ligand-binding receptor  27.75 
 
 		 384 aa  111  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0436  Extracellular ligand-binding receptor  28.87 
 
 		 379 aa  108  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4031  extracellular ligand-binding receptor  29.26 
 
 		 381 aa  108  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.2083 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0210  Extracellular ligand-binding receptor  29.19 
 
 		 592 aa  108  2e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.019468 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0299  extracellular ligand-binding receptor  27.33 
 
 		 378 aa  105  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  27.22 
 
 		 395 aa  102  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2660  extracellular ligand-binding receptor  28.37 
 
 		 379 aa  102  1e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.51037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.55 
 
 		 425 aa  101  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1126  extracellular ligand-binding receptor  28.96 
 
 		 372 aa  99  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.293075 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  27.68 
 
 		 410 aa  98.2  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0752  extracellular ligand-binding receptor  27.66 
 
 		 405 aa  97.8  3e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  27.42 
 
 		 398 aa  97.1  5e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0961  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  27.75 
 
 		 496 aa  96.3  8e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.731254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1740  extracellular ligand-binding receptor  29.57 
 
 		 435 aa  92.8  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.157953 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0962  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  25.72 
 
 		 512 aa  92  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3484  putative Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  29.41 
 
 		 362 aa  90.9  3e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.705117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1635  putative branched-chain amino acid ABC transporter  27.48 
 
 		 497 aa  90.5  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.314294  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  25.6 
 
 		 410 aa  90.5  4e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1828  hypothetical protein  26.67 
 
 		 539 aa  90.5  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00860183  normal  0.522901 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>