More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3111 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
385 aa  774    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  99.74 
 
 
385 aa  772    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  75.32 
 
 
385 aa  602  1.0000000000000001e-171  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03096  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  66.67 
 
 
386 aa  541  1e-153  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0735365  normal  0.368181 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  61.79 
 
 
398 aa  480  1e-134  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3001  extracellular ligand-binding receptor  61.14 
 
 
392 aa  456  1e-127  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  51.81 
 
 
377 aa  383  1e-105  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0768  extracellular ligand-binding receptor  53.87 
 
 
380 aa  368  1e-100  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0335  Extracellular ligand-binding receptor  50.72 
 
 
374 aa  352  8e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4876  extracellular ligand-binding receptor  47.59 
 
 
378 aa  340  2e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.983185  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0443  Extracellular ligand-binding receptor  50.13 
 
 
382 aa  335  7e-91  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363055  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0452  extracellular ligand-binding receptor  50.13 
 
 
382 aa  335  1e-90  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128382  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  45.69 
 
 
382 aa  329  4e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  46.88 
 
 
385 aa  307  2.0000000000000002e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  41.75 
 
 
382 aa  289  6e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  43.22 
 
 
375 aa  285  1.0000000000000001e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  42.38 
 
 
377 aa  280  2e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3178  extracellular ligand-binding receptor  42.78 
 
 
386 aa  280  2e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677267  normal  0.56284 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  40.31 
 
 
384 aa  277  2e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  40.74 
 
 
378 aa  266  2.9999999999999995e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  38.96 
 
 
379 aa  262  8e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0789  extracellular ligand-binding receptor  38.36 
 
 
383 aa  258  9e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.394286  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  41.28 
 
 
411 aa  256  5e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  41.24 
 
 
411 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3606  extracellular ligand-binding receptor  39.26 
 
 
395 aa  252  7e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.316629 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  39.67 
 
 
386 aa  249  6e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  41.64 
 
 
472 aa  246  4e-64  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2080  Extracellular ligand-binding receptor  40.05 
 
 
383 aa  239  5.999999999999999e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1879  putative amino acids-binding transmembrane protein  37.17 
 
 
383 aa  237  2e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.399388  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  39.04 
 
 
386 aa  237  2e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0681  extracellular ligand-binding receptor  37.15 
 
 
382 aa  234  2.0000000000000002e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.35117  normal  0.336917 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  38.59 
 
 
480 aa  233  3e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  34.84 
 
 
370 aa  232  1e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5732  extracellular ligand-binding receptor  35.29 
 
 
403 aa  231  2e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.588725 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3749  extracellular ligand-binding receptor  35.45 
 
 
374 aa  230  4e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.314564  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  40.11 
 
 
423 aa  230  4e-59  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3030  Extracellular ligand-binding receptor  35.19 
 
 
374 aa  229  5e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.394704  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  34.37 
 
 
367 aa  229  6e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0045  extracellular ligand-binding receptor  36.57 
 
 
385 aa  229  9e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.406138  normal  0.264074 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  38.89 
 
 
408 aa  228  1e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4704  Extracellular ligand-binding receptor  35.47 
 
 
371 aa  226  7e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0065  Extracellular ligand-binding receptor  36.29 
 
 
385 aa  226  8e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0953  extracellular ligand-binding receptor  39.55 
 
 
426 aa  222  8e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4031  extracellular ligand-binding receptor  36.52 
 
 
381 aa  219  7.999999999999999e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.2083 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3029  Extracellular ligand-binding receptor  32.8 
 
 
370 aa  218  1e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.518701  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3748  extracellular ligand-binding receptor  32.53 
 
 
370 aa  218  2e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178822  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21341  hypothetical protein  38.66 
 
 
342 aa  217  2.9999999999999998e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.551591 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3128  Extracellular ligand-binding receptor  38.94 
 
 
387 aa  215  9e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151168  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0550  extracellular ligand-binding receptor  33.51 
 
 
383 aa  214  2.9999999999999995e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1725  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  38.14 
 
 
393 aa  214  2.9999999999999995e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  37.82 
 
 
373 aa  214  2.9999999999999995e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  33.52 
 
 
368 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1693  extracellular ligand-binding receptor  35.5 
 
 
377 aa  207  2e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502178  normal  0.251064 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2010  Extracellular ligand-binding receptor  35.5 
 
 
377 aa  207  3e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.467518  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0436  Extracellular ligand-binding receptor  34.2 
 
 
379 aa  207  3e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1040  Extracellular ligand-binding receptor  34.15 
 
 
382 aa  205  1e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.098407 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4703  Extracellular ligand-binding receptor  33.62 
 
 
368 aa  201  1.9999999999999998e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0549  extracellular ligand-binding receptor  32.4 
 
 
384 aa  200  3e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0807314 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1307  Extracellular ligand-binding receptor  32.25 
 
 
425 aa  199  6e-50  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.168587  normal  0.0355411 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0108  Extracellular ligand-binding receptor  36.45 
 
 
388 aa  196  8.000000000000001e-49  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0299  extracellular ligand-binding receptor  32.9 
 
 
378 aa  195  1e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  36.54 
 
 
517 aa  191  1e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2079  Extracellular ligand-binding receptor  34.23 
 
 
386 aa  189  5e-47  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1635  putative branched-chain amino acid ABC transporter  36.07 
 
 
497 aa  189  9e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.314294  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2765  extracellular ligand-binding receptor  31.61 
 
 
408 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.094864  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3061  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  33.89 
 
 
388 aa  184  3e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.664691  normal  0.158134 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1033  extracellular ligand-binding receptor  31.28 
 
 
416 aa  184  3e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.344987  hitchhiker  0.000487812 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1004  Extracellular ligand-binding receptor  31.28 
 
 
416 aa  184  3e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0961  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  35.52 
 
 
496 aa  183  5.0000000000000004e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.731254  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3340  Extracellular ligand-binding receptor  34.17 
 
 
394 aa  181  2e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.157564  normal  0.523018 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2993  Extracellular ligand-binding receptor  33.89 
 
 
363 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1020  twin-arginine translocation pathway signal  31.09 
 
 
383 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0210  Extracellular ligand-binding receptor  32.99 
 
 
592 aa  173  5.999999999999999e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.019468 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0825  extracellular ligand-binding receptor  31.93 
 
 
380 aa  172  9e-42  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0707  extracellular ligand-binding receptor  31.34 
 
 
382 aa  172  1e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142871  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  34.25 
 
 
519 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  33.92 
 
 
403 aa  163  6e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2392  extracellular ligand-binding receptor  30.08 
 
 
380 aa  162  1e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.152327  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  30.75 
 
 
386 aa  160  3e-38  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4409  extracellular ligand-binding receptor  30.94 
 
 
383 aa  157  3e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1828  hypothetical protein  32.33 
 
 
539 aa  156  5.0000000000000005e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00860183  normal  0.522901 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0962  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  32.69 
 
 
512 aa  155  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1690  extracellular ligand-binding receptor  30.69 
 
 
382 aa  154  2.9999999999999998e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.783096  normal  0.235233 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4388  extracellular ligand-binding receptor  30.59 
 
 
372 aa  151  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.861875 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2845  extracellular ligand-binding receptor  29.91 
 
 
388 aa  150  3e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2334  Extracellular ligand-binding receptor  30.26 
 
 
388 aa  150  3e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.10397  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  28.27 
 
 
387 aa  150  5e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0446  Extracellular ligand-binding receptor  31.7 
 
 
388 aa  149  6e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 
387 aa  146  6e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4371  extracellular ligand-binding receptor  28.89 
 
 
391 aa  142  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1126  extracellular ligand-binding receptor  28.5 
 
 
372 aa  140  3.9999999999999997e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.293075 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  30.03 
 
 
415 aa  139  1e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1661  hypothetical protein  34.17 
 
 
430 aa  138  1e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.429909  normal  0.749387 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0364  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26.94 
 
 
390 aa  138  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.194587 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  26.76 
 
 
392 aa  137  4e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  28.88 
 
 
389 aa  137  5e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1617  extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 
384 aa  135  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  28.15 
 
 
407 aa  134  3e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0358  extracellular ligand-binding receptor  29.36 
 
 
386 aa  132  7.999999999999999e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00342329  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1431  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  27.53 
 
 
380 aa  130  4.0000000000000003e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.21554 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>