263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3072 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_3072  Prepilin peptidase  100 
 
 		 293 aa  579  1e-164  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.373458  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2707  Prepilin peptidase  95.9 
 
 		 293 aa  533  1e-150  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2827  type 4 prepilin peptidase bifunctionnal: leader peptidase and N-methyltransferase transmembrane protein  90.07 
 
 		 294 aa  480  1e-134  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00920454  normal  0.142968 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3110  type 4 prepilin peptidase 1  66.19 
 
 		 289 aa  346  3e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2962  prepilin peptidase  70.41 
 
 		 295 aa  325  6e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1173  Prepilin peptidase  57.85 
 
 		 283 aa  292  4e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2225  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  52.48 
 
 		 288 aa  280  2e-74  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000075446  normal  0.643146 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3869  Prepilin peptidase  51.37 
 
 		 308 aa  279  3e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000036956 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3944  prepilin peptidase  51.03 
 
 		 308 aa  278  6e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4062  prepilin peptidase  51.02 
 
 		 304 aa  276  3e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.81553  normal  0.488715 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3921  prepilin peptidase  50.68 
 
 		 304 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.985112  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2368  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  57.94 
 
 		 283 aa  272  5.000000000000001e-72  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.66665  normal  0.125964 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2131  prepilin peptidase  50.17 
 
 		 302 aa  272  5.000000000000001e-72  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0411  prepilin peptidase  50.51 
 
 		 303 aa  271  1e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5164  type 4 prepilin peptidase PilD  57.24 
 
 		 290 aa  271  1e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.413095  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58770  type 4 prepilin peptidase PilD  57.24 
 
 		 290 aa  270  2e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.896389  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03471  Type II secretory pathway, prepilin signal peptidase PulO  50.54 
 
 		 289 aa  268  5.9999999999999995e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0924  type IV pilus prepilin peptidase PilD  54.29 
 
 		 290 aa  265  5.999999999999999e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3785  prepilin peptidase  51.02 
 
 		 308 aa  265  5.999999999999999e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12070  type IV Pilus Prepilin peptidase, PilD  58.17 
 
 		 289 aa  265  7e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0974512  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0632  prepilin peptidase  51.46 
 
 		 288 aa  261  8e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2002  leader peptidase PilD  53.51 
 
 		 291 aa  261  8.999999999999999e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00673434  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0796  prepilin peptidase  53.93 
 
 		 290 aa  261  1e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0678  prepilin peptidase  52.92 
 
 		 288 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002543  leader peptidase (Prepilin peptidase)/N-methyltransferase  49.46 
 
 		 289 aa  260  2e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000528098  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0303  prepilin peptidase  50.55 
 
 		 303 aa  260  2e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2632  type IV prepilin peptidase PilD (type IV-A prepilin peptidase PilD) (leader peptidase PilD)  51.46 
 
 		 295 aa  259  4e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3607  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  52.08 
 
 		 308 aa  259  4e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.551443  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3342  prepilin peptidase  50.38 
 
 		 300 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.501054  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0502  Type 4 prepilin-like peptidase, leader peptide processing enzyme  53.56 
 
 		 318 aa  258  6e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0673  prepilin peptidase  51.09 
 
 		 288 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0406181 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4538  prepilin peptidase  50.92 
 
 		 288 aa  256  2e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2683  prepilin peptidase  47.87 
 
 		 291 aa  255  6e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000151009  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0785  type IV pilus prepilin peptidase PilD  53.73 
 
 		 288 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.460819  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0418  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  52.78 
 
 		 308 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3425  prepilin peptidase  52.63 
 
 		 308 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.195496  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2081  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  57.92 
 
 		 293 aa  252  4.0000000000000004e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.587572 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0773  prepilin peptidase  57.49 
 
 		 289 aa  252  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2820  prepilin peptidase  52.36 
 
 		 303 aa  249  4e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0392488  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0417  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  51.74 
 
 		 309 aa  249  6e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.167807  hitchhiker  0.00108139 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0414  type 4 prepilin-like proteins leader peptide processing enzyme  50.67 
 
 		 308 aa  248  9e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0504  prepilin peptidase  51.24 
 
 		 303 aa  248  1e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.613081  normal  0.615675 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0367  prepilin peptidase  52.04 
 
 		 304 aa  247  2e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0600095  unclonable  0.00000838241 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0507  signal peptidase  52.29 
 
 		 283 aa  246  3e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697104 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2657  prepilin peptidase  50 
 
 		 309 aa  246  3e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.956099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3454  Prepilin peptidase  50.9 
 
 		 306 aa  245  4.9999999999999997e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0110375  hitchhiker  0.0033362 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0637  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  55.97 
 
 		 284 aa  244  9.999999999999999e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000248086  normal  0.774777 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3682  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  52.43 
 
 		 295 aa  243  1.9999999999999999e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.948084 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0768  prepilin peptidase  50 
 
 		 283 aa  244  1.9999999999999999e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.312939  normal  0.130991 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3325  prepilin peptidase  52.11 
 
 		 290 aa  243  3.9999999999999997e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2904  prepilin peptidase  48.92 
 
 		 280 aa  242  6e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0310  prepilin peptidase  50.93 
 
 		 288 aa  241  9e-63  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2186  Prepilin peptidase  53.14 
 
 		 296 aa  241  1e-62  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.295989  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1581  Prepilin peptidase  52.85 
 
 		 294 aa  241  1e-62  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3529  peptidase A24 N- domain-containing protein  52.52 
 
 		 351 aa  239  4e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0766  Prepilin peptidase  51.09 
 
 		 293 aa  239  4e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3533  type IV prepilin leader peptidase  52.52 
 
 		 304 aa  239  5e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4822  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  54.75 
 
 		 290 aa  237  1e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.823452  normal  0.401287 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1134  type IV pilus prepilin peptidase PilD  52.67 
 
 		 351 aa  238  1e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0803  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  51.09 
 
 		 293 aa  237  1e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.414773  normal  0.890784 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0479  prepilin peptidase  50.53 
 
 		 303 aa  237  2e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.508512  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2533  type IV pilus prepilin peptidase PilD  52.16 
 
 		 304 aa  236  3e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3249  type IV pilus prepilin peptidase PilD  52.16 
 
 		 304 aa  236  3e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0455  type IV pilus prepilin peptidase PilD  52.16 
 
 		 304 aa  236  3e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3921  prepilin peptidase  51.99 
 
 		 294 aa  236  3e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.164827  normal  0.369065 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3508  type IV prepilin leader peptidase  52.16 
 
 		 304 aa  236  3e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1313  type IV pilus prepilin peptidase PilD  52.16 
 
 		 304 aa  236  3e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0546  prepilin peptidase  52.73 
 
 		 303 aa  236  4e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0204548  normal  0.0306295 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0843  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  49.07 
 
 		 285 aa  234  9e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.120524  normal  0.609016 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5490  prepilin peptidase  50.93 
 
 		 294 aa  233  3e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.16559  normal  0.184138 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03233  Type 4 prepilin-like proteins leader peptide processing enzyme  48.45 
 
 		 297 aa  230  2e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0166212  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0094  prepilin peptidase  53.09 
 
 		 303 aa  230  3e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0576  prepilin peptidase  53.09 
 
 		 303 aa  230  3e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0251238  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3440  prepilin peptidase  49.49 
 
 		 303 aa  229  6e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.823823  normal  0.0376305 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0062  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  45.62 
 
 		 299 aa  227  2e-58  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000282125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3661  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  51.64 
 
 		 303 aa  227  2e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.301605  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2094  leader peptidase PilD  50.94 
 
 		 289 aa  226  3e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3391  prepilin peptidase  48.3 
 
 		 305 aa  226  3e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0423  prepilin peptidase  51.66 
 
 		 303 aa  226  3e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00039468 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2849  Prepilin peptidase  49.63 
 
 		 281 aa  226  4e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.993621  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4449  type 4 prepilin-like proteins leader peptide processing enzyme PilD  46.91 
 
 		 301 aa  225  6e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.255527  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2022  prepilin peptidase  47.46 
 
 		 296 aa  223  3e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0169642  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2176  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  47.52 
 
 		 280 aa  221  8e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.464128  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1480  Prepilin peptidase  49.01 
 
 		 283 aa  218  6e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4222  Prepilin peptidase  46.33 
 
 		 321 aa  216  2.9999999999999998e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.32554  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3178  Prepilin peptidase  45.63 
 
 		 287 aa  216  5e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1481  Type 4 prepilin-like proteins leader peptide processing enzyme  42.75 
 
 		 287 aa  215  5.9999999999999996e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1953  type 4 prepilin peptidase  42.86 
 
 		 286 aa  214  9.999999999999999e-55  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1502  Type 4 prepilin-like proteins leader peptide processing enzyme  42.75 
 
 		 287 aa  214  1.9999999999999998e-54  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0067  prepilin peptidase  47.45 
 
 		 299 aa  212  4.9999999999999996e-54  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000398253  normal  0.330687 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1422  Prepilin peptidase  48.52 
 
 		 282 aa  211  1e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1309  Prepilin peptidase  50 
 
 		 283 aa  210  2e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0245  type 4 prepilin peptidase PilD  42.14 
 
 		 286 aa  207  2e-52  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4241  prepilin peptidase  45.13 
 
 		 287 aa  206  4e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.204549 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0861  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  47.62 
 
 		 298 aa  205  6e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0963  type IV prepilin peptidase  44.15 
 
 		 277 aa  204  2e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3259  prepilin peptidase  44.15 
 
 		 301 aa  203  2e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000482568  hitchhiker  0.0000000000000925794 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04888  type IV prepilin peptidase  44.4 
 
 		 287 aa  203  3e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.528237  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1014  prepilin peptidase  43.77 
 
 		 280 aa  202  6e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1391  prepilin peptidase  39.93 
 
 		 261 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>