More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3009 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2599  L-arabinose transporter ATP-binding protein  95.28 
 
 		 509 aa  972    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0046  L-arabinose transporter ATP-binding protein  76.99 
 
 		 522 aa  765    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.54995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3207  L-arabinose transporter ATP-binding protein  76.72 
 
 		 515 aa  764    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0870889 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1627  L-arabinose transporter ATP-binding protein  74.8 
 
 		 525 aa  745    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4218  L-arabinose transporter ATP-binding protein  77.56 
 
 		 520 aa  760    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.231533  normal  0.845406 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4589  L-arabinose transporter ATP-binding protein  75.53 
 
 		 515 aa  779    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00173683 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3961  L-arabinose transporter ATP-binding protein  84.37 
 
 		 515 aa  839    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3009  L-arabinose transporter ATP-binding protein  100 
 
 		 509 aa  1026    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5219  L-arabinose transporter ATP-binding protein  75.15 
 
 		 515 aa  774    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4920  L-arabinose transporter ATP-binding protein  72.83 
 
 		 519 aa  748    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.671617  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5475  L-arabinose transporter ATP-binding protein  75.2 
 
 		 520 aa  739    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0511877 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5640  L-arabinose transporter ATP-binding protein  75.15 
 
 		 515 aa  774    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.273168  normal  0.0496803 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1020  L-arabinose transporter ATP-binding protein  60.16 
 
 		 497 aa  583  1.0000000000000001e-165  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.537406  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2586  L-arabinose transporter ATP-binding protein  56.5 
 
 		 511 aa  555  1e-157  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2996  L-arabinose transporter ATP-binding protein  56.71 
 
 		 511 aa  556  1e-157  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.519724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3704  L-arabinose transporter ATP-binding protein  57.78 
 
 		 503 aa  544  1e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.727825 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0139  L-arabinose transporter ATP-binding protein  58.18 
 
 		 503 aa  543  1e-153  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0622  L-arabinose transporter ATP-binding protein  58.18 
 
 		 503 aa  543  1e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0518663  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0590  L-arabinose transporter ATP-binding protein  58.18 
 
 		 503 aa  542  1e-153  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.164103  normal  0.0495673 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2763  L-arabinose transporter ATP-binding protein  57.78 
 
 		 520 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.691602  normal  0.315971 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2372  L-arabinose transporter ATP-binding protein  53.97 
 
 		 507 aa  535  1e-151  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.179136  normal  0.245048 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0547  L-arabinose transporter ATP-binding protein  57.37 
 
 		 503 aa  536  1e-151  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0138907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2246  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.27 
 
 		 511 aa  535  1e-151  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000548441 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2757  L-arabinose transporter ATP-binding protein  55.91 
 
 		 511 aa  532  1e-150  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.68449  normal  0.593741 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2262  L-arabinose transporter ATP-binding protein  52.21 
 
 		 523 aa  533  1e-150  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1998  L-arabinose transporter ATP-binding protein  52.21 
 
 		 523 aa  533  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2148  L-arabinose transporter ATP-binding protein  52.17 
 
 		 507 aa  532  1e-150  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1884  L-arabinose transporter ATP-binding protein  52.21 
 
 		 523 aa  533  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.326668  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2030  L-arabinose transporter ATP-binding protein  52.85 
 
 		 507 aa  532  1e-150  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.288148  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1911  L-arabinose transporter ATP-binding protein  52.43 
 
 		 506 aa  530  1e-149  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.389706  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0547  L-arabinose transporter ATP-binding protein  55.15 
 
 		 516 aa  529  1e-149  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0429295  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3410  L-arabinose transporter ATP-binding protein  55.15 
 
 		 512 aa  528  1e-149  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0659281  normal  0.140224 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2639  L-arabinose ABC transporter, ATP-binding protein  53.36 
 
 		 507 aa  527  1e-148  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0558785  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2330  L-arabinose transporter ATP-binding protein  52.44 
 
 		 507 aa  527  1e-148  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2475  L-arabinose transporter ATP-binding protein  52.12 
 
 		 504 aa  523  1e-147  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.74587  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01868  fused L-arabinose transporter subunits of ABC superfamily: ATP-binding components  52.03 
 
 		 504 aa  520  1e-146  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.97097  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2131  L-arabinose transporter ATP-binding protein  52.24 
 
 		 504 aa  520  1e-146  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00340592  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1996  L-arabinose transporter ATP-binding protein  52.03 
 
 		 504 aa  520  1e-146  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00548515  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1743  ABC transporter related protein  52.03 
 
 		 504 aa  520  1e-146  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.50451  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1286  L-arabinose transporter ATP-binding protein  52.24 
 
 		 504 aa  520  1e-146  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00939133  hitchhiker  0.000000120675 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01857  hypothetical protein  52.03 
 
 		 504 aa  520  1e-146  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.974378  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1735  L-arabinose transporter ATP-binding protein  52.03 
 
 		 504 aa  520  1e-146  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0523  L-arabinose transporter ATP-binding protein  57.2 
 
 		 487 aa  520  1e-146  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.431344  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2636  L-arabinose transporter ATP-binding protein  52.03 
 
 		 504 aa  520  1e-146  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000458478 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2614  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.95 
 
 		 504 aa  520  1e-146  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.383886  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1180  L-arabinose transporter ATP-binding protein  55.15 
 
 		 503 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1024  L-arabinose transporter ATP-binding protein  52.03 
 
 		 504 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4140  L-arabinose transporter ATP-binding protein  52.21 
 
 		 514 aa  512  1e-144  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3483  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.34 
 
 		 503 aa  509  1e-143  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3447  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.34 
 
 		 503 aa  509  1e-143  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3485  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.34 
 
 		 503 aa  509  1e-143  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2485  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.14 
 
 		 503 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0405  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.14 
 
 		 503 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.582822  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3776  L-arabinose transporter ATP-binding protein  52.55 
 
 		 514 aa  506  9.999999999999999e-143  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.947339  normal  0.636393 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1265  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.14 
 
 		 503 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3300  L-arabinose transporter ATP-binding protein  54.14 
 
 		 503 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3764  L-arabinose transporter ATP-binding protein  51.42 
 
 		 501 aa  503  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.639409  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3601  L-arabinose transporter ATP-binding protein  50.51 
 
 		 508 aa  497  1e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.611963  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3476  L-arabinose transporter ATP-binding protein  49.8 
 
 		 501 aa  484  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1601  ribose transport ATP-binding protein rbsA  43.79 
 
 		 501 aa  425  1e-118  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0126293  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1882  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  43.84 
 
 		 501 aa  425  1e-117  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.102904  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2808  ABC transporter related  43.2 
 
 		 501 aa  417  9.999999999999999e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6315  ABC transporter related  45.71 
 
 		 514 aa  412  1e-114  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.681428  normal  0.300453 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4265  D-ribose transporter ATP binding protein  44.04 
 
 		 501 aa  412  1e-114  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0146477  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0613  ABC transporter related  42.07 
 
 		 497 aa  413  1e-114  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4608  ABC transporter related  43.03 
 
 		 519 aa  412  1e-114  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6474  ABC transporter related  45.27 
 
 		 514 aa  413  1e-114  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.891446  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0946  ABC transporter related  47.24 
 
 		 499 aa  415  1e-114  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0298167  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6709  ABC transporter related  45.27 
 
 		 514 aa  413  1e-114  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.268301  normal  0.306288 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03635  fused D-ribose transporter subunits of ABC superfamily: ATP-binding components  44.04 
 
 		 501 aa  411  1e-113  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.483932  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4218  ABC transporter related protein  44.04 
 
 		 501 aa  411  1e-113  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4117  D-ribose transporter ATP binding protein  44.04 
 
 		 501 aa  411  1e-113  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.159229 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4245  D-ribose transporter ATP binding protein  43.84 
 
 		 501 aa  409  1e-113  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0036959 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03580  hypothetical protein  44.04 
 
 		 501 aa  411  1e-113  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.550483  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5185  D-ribose transporter ATP binding protein  44.04 
 
 		 501 aa  410  1e-113  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0631054  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3965  D-ribose transporter ATP binding protein  44.04 
 
 		 501 aa  411  1e-113  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4115  D-ribose transporter ATP binding protein  44.24 
 
 		 501 aa  411  1e-113  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.684938  normal  0.0182067 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6345  ABC transporter related  45.73 
 
 		 516 aa  409  1e-113  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.174321  normal  0.144091 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4010  ABC transporter related protein  42.33 
 
 		 500 aa  409  1e-113  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0885  ABC sugar transporter, ATPase subunit  42.54 
 
 		 506 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.533742  normal  0.302538 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4109  D-ribose transporter ATP binding protein  43.09 
 
 		 516 aa  406  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.114584  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2458  ABC transporter-related protein  44.56 
 
 		 498 aa  407  1.0000000000000001e-112  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4094  D-ribose transporter ATP binding protein  43.09 
 
 		 516 aa  405  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4274  D-ribose transporter ATP binding protein  43.09 
 
 		 516 aa  405  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4237  D-ribose transporter ATP binding protein  43.5 
 
 		 501 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0287863  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0274  ABC transporter related protein  39.15 
 
 		 498 aa  404  1e-111  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4165  D-ribose transporter ATP binding protein  43.23 
 
 		 501 aa  403  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.846402  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4527  D-ribose transporter ATP binding protein  42.89 
 
 		 501 aa  404  1e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0169315  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4215  D-ribose transporter ATP binding protein  43.09 
 
 		 516 aa  405  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.777457 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4174  D-ribose transporter ATP binding protein  43.5 
 
 		 501 aa  404  1e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.283711  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0116  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  40 
 
 		 492 aa  400  9.999999999999999e-111  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4967  ABC transporter related  43.94 
 
 		 513 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5471  ABC transporter related  44.22 
 
 		 520 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.428158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0211  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  46.01 
 
 		 517 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.40873  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4723  ABC transporter related  42.54 
 
 		 506 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.943494  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5245  ABC transporter related  43.14 
 
 		 514 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.835189 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4658  ABC transporter related  42.48 
 
 		 497 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1254  ABC transporter related  44.69 
 
 		 515 aa  395  1e-109  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0943  ABC transporter related  42 
 
 		 524 aa  397  1e-109  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.157228  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50310  ABC transporter ATP-binding protein  43.98 
 
 		 523 aa  398  1e-109  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.433727  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>