More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2960 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_2960  preprotein translocase subunit SecF  100 
 
 		 323 aa  656    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2550  preprotein translocase subunit SecF  99.07 
 
 		 323 aa  651    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.341971  normal  0.338499 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2716  preprotein translocase subunit SecF  92.26 
 
 		 322 aa  609  1e-173  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.141872 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2811  preprotein translocase subunit SecF  86.34 
 
 		 323 aa  572  1.0000000000000001e-162  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2947  preprotein translocase subunit SecF  84.52 
 
 		 324 aa  559  1e-158  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1792  preprotein translocase subunit SecF  77.78 
 
 		 324 aa  517  1e-146  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.105598  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1509  preprotein translocase subunit SecF  76.85 
 
 		 324 aa  513  1e-144  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.444089 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0634  preprotein translocase subunit SecF  76.16 
 
 		 316 aa  503  1e-141  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0687  preprotein translocase subunit SecF  76.16 
 
 		 316 aa  501  1e-141  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3374  preprotein translocase subunit SecF  76.78 
 
 		 316 aa  502  1e-141  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3365  preprotein translocase subunit SecF  76.78 
 
 		 316 aa  502  1e-141  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1275  preprotein translocase subunit SecF  76.78 
 
 		 316 aa  501  1e-141  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2667  preprotein translocase subunit SecF  76.47 
 
 		 316 aa  502  1e-141  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.452274  normal  0.524558 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0235  preprotein translocase subunit SecF  76.16 
 
 		 316 aa  501  1e-141  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0609  preprotein translocase subunit SecF  76.16 
 
 		 316 aa  503  1e-141  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0719  preprotein translocase subunit SecF  76.16 
 
 		 316 aa  501  1e-141  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3807  preprotein translocase subunit SecF  75.54 
 
 		 316 aa  500  1e-140  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3331  preprotein translocase subunit SecF  76.47 
 
 		 316 aa  499  1e-140  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0935512  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0300  preprotein translocase subunit SecF  76.16 
 
 		 313 aa  496  1e-139  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2384  preprotein translocase subunit SecF  76.16 
 
 		 313 aa  496  1e-139  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0702  preprotein translocase subunit SecF  77.4 
 
 		 316 aa  496  1e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.686375  normal  0.807805 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2570  preprotein translocase subunit SecF  76.16 
 
 		 313 aa  496  1e-139  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3993  preprotein translocase subunit SecF  77.09 
 
 		 316 aa  496  1e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.117459  normal  0.130054 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1162  preprotein translocase subunit SecF  76.16 
 
 		 313 aa  496  1e-139  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.954336  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4643  preprotein translocase subunit SecF  76.23 
 
 		 317 aa  493  9.999999999999999e-139  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.410756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0837  preprotein translocase subunit SecF  75.54 
 
 		 316 aa  493  9.999999999999999e-139  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4086  preprotein translocase subunit SecF  75.23 
 
 		 321 aa  488  1e-137  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0605459  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4004  preprotein translocase subunit SecF  76.23 
 
 		 317 aa  490  1e-137  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.833906 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3354  preprotein translocase subunit SecF  75.93 
 
 		 317 aa  489  1e-137  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2528  preprotein translocase subunit SecF  75.54 
 
 		 316 aa  488  1e-137  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0278  preprotein translocase subunit SecF  70.14 
 
 		 344 aa  475  1e-133  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.182784  normal  0.130689 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3865  preprotein translocase subunit SecF  74.21 
 
 		 317 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0345  preprotein translocase subunit SecF  67.44 
 
 		 344 aa  464  9.999999999999999e-131  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.105677 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3884  preprotein translocase subunit SecF  73.15 
 
 		 317 aa  456  1e-127  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0703005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4644  preprotein translocase subunit SecF  73.58 
 
 		 317 aa  455  1e-127  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5118  preprotein translocase subunit SecF  71.91 
 
 		 319 aa  449  1e-125  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3281  preprotein translocase subunit SecF  69.21 
 
 		 314 aa  444  1.0000000000000001e-124  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0339451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2426  preprotein translocase subunit SecF  69.81 
 
 		 310 aa  426  1e-118  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3410  preprotein translocase subunit SecF  66.99 
 
 		 310 aa  424  1e-118  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.470733  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0511  preprotein translocase subunit SecF  65.91 
 
 		 311 aa  412  1e-114  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.956081  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0684  preprotein translocase subunit SecF  59.74 
 
 		 309 aa  371  1e-101  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.738953  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2080  preprotein translocase subunit SecF  61.17 
 
 		 310 aa  367  1e-100  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.348624  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1219  preprotein translocase subunit SecF  48.21 
 
 		 314 aa  279  4e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.417925 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2056  protein-export membrane protein SecF  43.4 
 
 		 337 aa  279  5e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.880378  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1714  protein-export membrane protein SecF  43.4 
 
 		 316 aa  278  8e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.611616  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3110  preprotein translocase subunit SecF  44.2 
 
 		 315 aa  276  2e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2334  preprotein translocase subunit SecF  46.18 
 
 		 315 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.307818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2481  preprotein translocase subunit SecF  44.51 
 
 		 315 aa  262  4.999999999999999e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0456849  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2065  preprotein translocase subunit SecF  44.41 
 
 		 313 aa  261  8.999999999999999e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2879  preprotein translocase subunit SecF  44.48 
 
 		 315 aa  261  1e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0152003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2784  preprotein translocase subunit SecF  44.48 
 
 		 315 aa  261  1e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0481367  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1404  preprotein translocase subunit SecF  41.82 
 
 		 315 aa  261  1e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0316508  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1064  preprotein translocase subunit SecF  41.21 
 
 		 322 aa  261  1e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00204402 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2804  preprotein translocase subunit SecF  44.48 
 
 		 315 aa  260  2e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00594045  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1573  preprotein translocase subunit SecF  44.48 
 
 		 315 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00583403  hitchhiker  0.000000100837 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2699  preprotein translocase subunit SecF  41.19 
 
 		 315 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.584759  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1473  preprotein translocase subunit SecF  44.13 
 
 		 315 aa  257  2e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.13163  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1385  preprotein translocase subunit SecF  45.14 
 
 		 315 aa  256  3e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00983524  hitchhiker  0.000000302266 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1438  preprotein translocase subunit SecF  45.14 
 
 		 315 aa  256  3e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0107161  hitchhiker  0.00000672809 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1231  protein-export membrane protein SecF  40.51 
 
 		 313 aa  255  8e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0282245  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1759  preprotein translocase subunit SecF  45.22 
 
 		 315 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.020465  normal  0.0122623 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1450  preprotein translocase subunit SecF  44.83 
 
 		 315 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.101016  normal  0.0107257 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01049  preprotein translocase subunit SecF  41.23 
 
 		 315 aa  254  2.0000000000000002e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2211  preprotein translocase subunit SecF  42.86 
 
 		 314 aa  253  3e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.433949  normal  0.220964 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1981  preprotein translocase subunit SecF  43.73 
 
 		 305 aa  253  3e-66  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1976  preprotein translocase subunit SecF  43.73 
 
 		 305 aa  253  3e-66  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0273  preprotein translocase subunit SecF  41.46 
 
 		 315 aa  252  5.000000000000001e-66  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004364  protein-export membrane protein SecF  39.56 
 
 		 315 aa  251  9.000000000000001e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0679828  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1231  preprotein translocase subunit SecF  43.92 
 
 		 303 aa  251  1e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.611016  normal  0.761235 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2190  preprotein translocase subunit SecF  42.77 
 
 		 315 aa  251  1e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.447622  decreased coverage  0.00319916 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1123  preprotein translocase subunit SecF  41.14 
 
 		 315 aa  250  2e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1302  protein-export membrane protein SecF  44.81 
 
 		 315 aa  250  3e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0879  preprotein translocase subunit SecF  42.57 
 
 		 302 aa  250  3e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0954141 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1416  protein-export membrane protein SecF  43.58 
 
 		 303 aa  249  4e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2889  preprotein translocase subunit SecF  43.31 
 
 		 315 aa  249  4e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000629469 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0866  preprotein translocase subunit SecF  41.61 
 
 		 302 aa  248  9e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.222243  normal  0.607881 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2349  preprotein translocase subunit SecF  42.86 
 
 		 312 aa  248  1e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01348  protein-export membrane protein SecF  40.32 
 
 		 313 aa  247  2e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.256718  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0836  preprotein translocase subunit SecF  41.58 
 
 		 302 aa  246  3e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.885534 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1289  preprotein translocase subunit SecF  40.82 
 
 		 304 aa  246  4e-64  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000106623  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2432  preprotein translocase subunit SecF  42.3 
 
 		 316 aa  246  4.9999999999999997e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1330  SecF protein  41.59 
 
 		 338 aa  246  4.9999999999999997e-64  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0105179  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1238  preprotein translocase subunit SecF  40.82 
 
 		 304 aa  246  4.9999999999999997e-64  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.132934  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0454  preprotein translocase subunit SecF  39.3 
 
 		 323 aa  245  6.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0467  preprotein translocase subunit SecF  39.3 
 
 		 323 aa  245  6.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0508  preprotein translocase subunit SecF  39.3 
 
 		 323 aa  245  6.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0448  preprotein translocase subunit SecF  39.3 
 
 		 323 aa  245  6.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0447  preprotein translocase subunit SecF  39.3 
 
 		 323 aa  245  6.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1312  preprotein translocase subunit SecF  41.98 
 
 		 313 aa  244  9.999999999999999e-64  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.187294  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2185  protein-export membrane protein SecF  42.71 
 
 		 312 aa  244  1.9999999999999999e-63  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2644  protein-export membrane protein SecF  42.33 
 
 		 304 aa  243  5e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0946476  hitchhiker  0.00035144 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0878  preprotein translocase subunit SecF  38.49 
 
 		 323 aa  242  6e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00357  protein export protein SecF  38.34 
 
 		 323 aa  240  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.797763  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3200  protein-export membrane protein SecF  38.34 
 
 		 323 aa  240  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0111096  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0441  preprotein translocase subunit SecF  38.34 
 
 		 323 aa  240  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0479  preprotein translocase subunit SecF  38.34 
 
 		 323 aa  240  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0489  preprotein translocase subunit SecF  38.34 
 
 		 323 aa  240  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3224  preprotein translocase subunit SecF  38.34 
 
 		 323 aa  240  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000013674 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0439  preprotein translocase subunit SecF  38.34 
 
 		 323 aa  240  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0328  preprotein translocase subunit SecF  38.34 
 
 		 323 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.264814  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>