More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2601 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_3540  integrase family protein  99.25 
 
 
399 aa  825  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36120  Phage integrase  80.5 
 
 
400 aa  675  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2745  integrase family protein  99.75 
 
 
415 aa  825  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.99512  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4137  phage integrase family protein  78.87 
 
 
400 aa  648  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.031573  normal  0.207643 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2601  integrase family protein  100 
 
 
399 aa  827  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.533125 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0671  phage integrase family protein  86.78 
 
 
401 aa  728  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.707055 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0497  integrase family protein  89.22 
 
 
412 aa  723  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3747  integrase  79.9 
 
 
399 aa  679  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0341835  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1182  putative phage integrase  78.87 
 
 
400 aa  648  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.383522  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1244  phage integrase family protein  81.16 
 
 
399 aa  682  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.797454  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1236  phage integrase  76.94 
 
 
399 aa  650  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.449507  normal  0.10874 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3045  phage integrase  99.75 
 
 
415 aa  825  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.172973 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2622  integrase protein  89 
 
 
400 aa  746  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.561112  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2625  phage integrase family protein  68 
 
 
400 aa  531  1e-150  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.046264 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1865  integrase family protein  67.77 
 
 
401 aa  529  1e-149  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.94549  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4029  integrase family protein  65.46 
 
 
467 aa  530  1e-149  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.161912  normal  0.0270341 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31280  putative integrase  67.77 
 
 
401 aa  529  1e-149  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  4.88668e-10  unclonable  4.84268e-22 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2959  phage integrase family protein  64.29 
 
 
444 aa  520  1e-146  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0924112  normal  0.542634 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3585  phage integrase  40.53 
 
 
411 aa  277  3e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.597607 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0807  integrase protein  70.17 
 
 
181 aa  263  4e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0395  phage integrase family protein  39.47 
 
 
397 aa  256  6e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.887583 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3091  phage integrase family protein  39.12 
 
 
384 aa  240  3e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3738  hypothetical protein  38.86 
 
 
384 aa  238  9e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3122  phage integrase family protein  36.1 
 
 
393 aa  222  8e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3724  putative integrase protein  86.99 
 
 
143 aa  221  1e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3213  integrase family protein  30.89 
 
 
388 aa  178  2e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0620  integrase family protein  28.71 
 
 
452 aa  132  8e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0831  Phage integrase  28.97 
 
 
400 aa  130  3e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00496745  hitchhiker  9.71423e-06 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3806  phage integrase  28.29 
 
 
451 aa  130  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0304559  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1864  integrase family protein  29.02 
 
 
429 aa  129  7e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1247  putative phage related integrase  25.86 
 
 
434 aa  127  3e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.578843 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0322  phage integrase family protein  25.06 
 
 
379 aa  122  1e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00211784  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  27.25 
 
 
402 aa  120  4e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  4.73566e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2535  phage integrase  25.84 
 
 
463 aa  119  7e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4157  integrase family protein  27.74 
 
 
432 aa  119  9e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.225884  normal  0.636127 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7820  putative phage integrase  27.47 
 
 
451 aa  117  4e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2770  integrase family protein  26.47 
 
 
452 aa  116  7e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.251515  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2964  phage integrase  25.91 
 
 
387 aa  109  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187641  normal 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4399  integrase family protein  24.48 
 
 
376 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.685705  normal  0.0426652 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3721  phage integrase family protein  24.74 
 
 
376 aa  107  5e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1584  phage integrase family protein  24.48 
 
 
376 aa  106  7e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0044  phage integrase family site specific recombinase  24.23 
 
 
376 aa  106  8e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.374231  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5143  phage integrase family site specific recombinase  24.7 
 
 
404 aa  100  4e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0154  phage integrase family protein  25 
 
 
451 aa  100  5e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.543339  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0255  phage integrase  26.83 
 
 
430 aa  99.8  7e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0287  site-specific recombinase, phage integrase family  25.06 
 
 
412 aa  99  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4340  phage integrase family protein  26.38 
 
 
420 aa  97.1  5e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.185587  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1583  phage integrase family protein  26.08 
 
 
451 aa  95.9  1e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0357  integrase family protein  26.85 
 
 
389 aa  95.9  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3752  phage integrase family protein  26.02 
 
 
422 aa  95.5  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.538338  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0805  site-specific recombinase/integrase  25.19 
 
 
396 aa  94.4  3e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0116297  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1016  integrase family protein  25.19 
 
 
412 aa  94  4e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0045  phage integrase family site specific recombinase  25.57 
 
 
456 aa  92  1e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.869382  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1679  phage-related integrase  26.65 
 
 
410 aa  92.4  1e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1085  hypothetical protein  26.34 
 
 
413 aa  92  2e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4398  integrase family protein  25.57 
 
 
451 aa  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0364227  hitchhiker  0.00879025 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1844  phage integrase family protein  28 
 
 
426 aa  91.3  3e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3720  phage integrase family protein  25.32 
 
 
451 aa  90.5  4e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0065  hypothetical protein  26.07 
 
 
417 aa  90.5  5e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1227  integrase family protein  28.02 
 
 
424 aa  89.4  1e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.149921  normal  0.536296 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0366  integrase family protein  26.23 
 
 
439 aa  88.2  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.134449 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1237  integrase family protein  25.91 
 
 
401 aa  86.7  7e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.184026  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0810  site-specific recombinase/integrase  25.19 
 
 
482 aa  86.3  9e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0879139  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0636  integrase family protein  25.46 
 
 
397 aa  84  4e-15  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00117125  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2136  phage integrase family protein  25.41 
 
 
389 aa  83.6  5e-15  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0404563  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3121  phage integrase family protein  30.74 
 
 
449 aa  83.2  8e-15  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  26.25 
 
 
367 aa  81.6  2e-14  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2399  hypothetical protein  42.99 
 
 
137 aa  80.9  4e-14  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.229698  normal  0.0250128 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0919  integrase family protein  27.65 
 
 
448 aa  78.6  2e-13  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.295922  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1281  integrase family protein  23.29 
 
 
429 aa  76.6  8e-13  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441454  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1170  phage integrase family protein  25.07 
 
 
412 aa  75.9  1e-12  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00333929  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1679  phage integrase family site specific recombinase  31.43 
 
 
356 aa  74.7  3e-12  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.229259  normal  0.0687632 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0805  integrase family protein  28.42 
 
 
433 aa  74.7  3e-12  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00339873 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  25.62 
 
 
394 aa  73.9  5e-12  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6722  integrase family protein  25.62 
 
 
413 aa  73.6  6e-12  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0306  phage integrase  27.59 
 
 
417 aa  73.6  6e-12  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2499  phage integrase family protein  30.27 
 
 
381 aa  73.6  6e-12  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.005662  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2751  integrase family protein  25.24 
 
 
415 aa  72.8  9e-12  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.606598  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003284  integrase  20.41 
 
 
401 aa  72.8  1e-11  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3396  integrase family protein  26.52 
 
 
414 aa  72.8  1e-11  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.194125  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0637  phage integrase family protein  27.46 
 
 
411 aa  71.6  2e-11  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.102856 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2486  hypothetical protein  23.72 
 
 
413 aa  72  2e-11  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0399  phage integrase family protein  23.97 
 
 
337 aa  71.2  3e-11  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1229  integrase family protein  21.92 
 
 
402 aa  70.1  6e-11  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.308607  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2240  Phage integrase  26.6 
 
 
406 aa  69.3  1e-10  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0064  integrative genetic element Gsu32, integrase  26.26 
 
 
439 aa  69.3  1e-10  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0829  integrase  21.7 
 
 
388 aa  68.6  2e-10  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.141939  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3779  phage integrase family protein  24.74 
 
 
404 aa  68.2  2e-10  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.794944 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2489  putative integrase protein  23.31 
 
 
417 aa  68.2  2e-10  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1135  integrase family protein  22.95 
 
 
420 aa  67.8  3e-10  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.660437  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1500  phage integrase family protein  26.64 
 
 
432 aa  68.2  3e-10  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00572573  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0112  phage integrase family protein  26.1 
 
 
413 aa  67.8  4e-10  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.525516  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3493  integrase family protein  23.67 
 
 
409 aa  67.4  4e-10  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.247982  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  24.52 
 
 
402 aa  67.4  4e-10  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0495  integrase family protein  29.41 
 
 
328 aa  67.4  4e-10  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.701129  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1428  integrase family protein  21.31 
 
 
421 aa  67.4  5e-10  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3658  putative bacteriophage integrase  21.8 
 
 
444 aa  66.6  7e-10  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2211  phage integrase  23.08 
 
 
423 aa  66.2  1e-09  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.684899  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3971  integrase family protein  27.71 
 
 
340 aa  65.5  1e-09  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.164476  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0064  Phage integrase  27.76 
 
 
420 aa  66.2  1e-09  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>