55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2514 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_2514  Cupin 2 conserved barrel domain protein  100 
 
 
111 aa  222  1e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.443195 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5772  hypothetical protein  66.97 
 
 
111 aa  150  5e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.86031  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0361  hypothetical protein  66.97 
 
 
115 aa  147  4e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.642928  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0891  cupin 2, barrel  56.07 
 
 
109 aa  111  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.049809  normal  0.341782 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1699  hypothetical protein  48.6 
 
 
111 aa  104  5e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.275263  normal  0.0722973 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0982  cupin 2 domain-containing protein  48.6 
 
 
110 aa  97.4  6e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0897  Cupin 2 conserved barrel domain protein  46.73 
 
 
110 aa  95.5  2e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3718  cupin 2, barrel  44.95 
 
 
109 aa  95.5  2e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.275117 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0932  cupin 2 domain-containing protein  44.04 
 
 
109 aa  95.5  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1304  cupin 2 domain-containing protein  43.93 
 
 
110 aa  91.3  4e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0955193  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1707  cupin 2 protein  43.93 
 
 
109 aa  90.5  6e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5777  hypothetical protein  44.86 
 
 
111 aa  90.5  7e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4087  cupin region  40.91 
 
 
113 aa  85.5  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.586416  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3670  cupin 2 domain-containing protein  40.19 
 
 
111 aa  83.6  7e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0801583 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1257  hypothetical protein  39.25 
 
 
125 aa  80.9  0.000000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1894  hypothetical protein  36.7 
 
 
170 aa  77.4  0.00000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5520  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.41 
 
 
111 aa  67.8  0.00000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0403366  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0517  cupin 2 domain-containing protein  38.95 
 
 
109 aa  55.5  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0622754 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4358  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.37 
 
 
112 aa  53.9  0.0000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.437014  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1179  hypothetical protein  28.89 
 
 
95 aa  51.6  0.000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0681  hypothetical protein  36.76 
 
 
110 aa  50.1  0.00001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0914  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.72 
 
 
112 aa  47.4  0.00007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0275  hypothetical protein  27.59 
 
 
159 aa  47.4  0.00007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5186  hypothetical protein  27.59 
 
 
312 aa  47.4  0.00007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.41986  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1033  hypothetical protein  28.4 
 
 
112 aa  47  0.00009  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0208141  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1828  Cupin 2 conserved barrel domain protein  26.74 
 
 
113 aa  46.6  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2382  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.96 
 
 
104 aa  45.8  0.0002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1168  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.25 
 
 
121 aa  45.8  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1022  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.23 
 
 
111 aa  45.1  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0927  cupin 2 domain-containing protein  34.57 
 
 
113 aa  44.7  0.0004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.474041  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2051  hypothetical protein  32.29 
 
 
110 aa  45.1  0.0004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.889386  normal  0.46009 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2121  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.73 
 
 
121 aa  44.3  0.0005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.625862  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0496  hypothetical protein  32.29 
 
 
111 aa  44.3  0.0006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.41249 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0359  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.41 
 
 
118 aa  43.9  0.0007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1595  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32 
 
 
123 aa  43.1  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.040843 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1552  cupin 2 domain-containing protein  24.14 
 
 
112 aa  43.5  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0854  hypothetical protein  26.25 
 
 
107 aa  42.4  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0224  hypothetical protein  32.73 
 
 
110 aa  42.7  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4174  hypothetical protein  30 
 
 
110 aa  42.7  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.257816  normal  0.271179 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3553  cupin 2 domain-containing protein  32.86 
 
 
111 aa  42.7  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.31919 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3635  transcriptional regulator, MarR family  29.35 
 
 
277 aa  42.4  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00150416  normal  0.0211816 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0903  cupin 2 domain-containing protein  32.5 
 
 
120 aa  42  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.730716 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0991  hypothetical protein  31.34 
 
 
117 aa  42  0.003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.166279  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0020  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.46 
 
 
132 aa  42  0.003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21730  hypothetical protein, contains double-stranded beta-helix domain protein  29.76 
 
 
109 aa  41.6  0.004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.769467 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0411  Cupin 2 conserved barrel domain protein  26.09 
 
 
110 aa  41.2  0.005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.364082  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0411  Cupin 2 conserved barrel domain protein  26.09 
 
 
110 aa  41.2  0.005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0238  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.79 
 
 
111 aa  40.4  0.008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.519233  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1005  cupin 2 domain-containing protein  26.83 
 
 
114 aa  40.4  0.008  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1661  hypothetical protein  30.95 
 
 
110 aa  40.4  0.008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08250  cupin domain-containing protein  24.1 
 
 
113 aa  40  0.01  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0145374  normal  0.40746 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12638  hypothetical protein  29.89 
 
 
117 aa  40  0.01  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0484137  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0303  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.33 
 
 
121 aa  40  0.01  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4856  cupin 2 domain-containing protein  36.36 
 
 
110 aa  40  0.01  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0802  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.51 
 
 
112 aa  40  0.01  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>