More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2408 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_2408  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  100 
 
 
314 aa  641    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2014  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  95.18 
 
 
311 aa  603  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2210  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  87.1 
 
 
315 aa  554  1e-157  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.895513  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3294  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  67.58 
 
 
296 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0900  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  66.89 
 
 
301 aa  391  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2581  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  68.62 
 
 
310 aa  392  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.457948 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1251  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  65.66 
 
 
296 aa  389  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.540986  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2081  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  64.85 
 
 
294 aa  383  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.178855  normal  0.145424 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2234  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  65.08 
 
 
294 aa  369  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0962  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  67.01 
 
 
298 aa  364  1e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.294785  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1703  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  66.89 
 
 
298 aa  362  3e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2315  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  66.89 
 
 
298 aa  362  3e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2338  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  66.21 
 
 
298 aa  360  1e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0246272 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5657  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  70.12 
 
 
297 aa  354  1e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2354  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  67 
 
 
297 aa  349  3e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0532352  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0827  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  69.51 
 
 
297 aa  345  6e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1915  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  69.51 
 
 
297 aa  345  6e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00194048  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1203  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  69.51 
 
 
297 aa  345  6e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.603954  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1353  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  69.51 
 
 
297 aa  345  6e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0672559  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1041  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  69.51 
 
 
297 aa  345  6e-94  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.512398  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0324  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  69.51 
 
 
297 aa  345  6e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.171328  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1195  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  69.51 
 
 
297 aa  345  6e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0519068  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0982  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  69.11 
 
 
297 aa  339  2.9999999999999998e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2904  glutamate--tRNA ligase  53.42 
 
 
338 aa  316  3e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.437681  normal  0.870267 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2934  glutamate--tRNA ligase  54.31 
 
 
327 aa  308  1.0000000000000001e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0900886  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1905  glutamate--tRNA ligase  54.43 
 
 
309 aa  300  2e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0217385  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4720  glutamate--tRNA ligase  56.31 
 
 
292 aa  297  1e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.943988  normal  0.90531 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4049  glutamate--tRNA ligase  59.26 
 
 
312 aa  295  7e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.963278  normal  0.0953958 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2900  glutamate--tRNA ligase  56.71 
 
 
302 aa  295  9e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0201877  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1782  Glutamate--tRNA ligase  54.57 
 
 
323 aa  293  3e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1982  glutamate--tRNA ligase  54.57 
 
 
323 aa  292  5e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.193008  normal  0.926165 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3126  Glutamate--tRNA ligase  55.94 
 
 
307 aa  288  9e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.216069  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3769  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  55.9 
 
 
301 aa  283  3.0000000000000004e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0219396 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1031  glutamate--tRNA ligase  57.4 
 
 
283 aa  281  1e-74  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0690  glutamate--tRNA ligase  54.74 
 
 
300 aa  278  9e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.858834 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1109  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  53.33 
 
 
299 aa  273  4.0000000000000004e-72  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3032  glutamate--tRNA ligase  54.15 
 
 
335 aa  273  4.0000000000000004e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.490403  normal  0.333291 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0797  glutamate--tRNA ligase  48.97 
 
 
303 aa  254  2.0000000000000002e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00000376322  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0605  glutamate--tRNA ligase  49.82 
 
 
316 aa  253  3e-66  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2698  glutamyl- and glutaminyl- tRNA synthetase  50.18 
 
 
311 aa  250  2e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000386478  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2709  glutamyl-tRNA synthetase  54.72 
 
 
301 aa  249  3e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.63084  normal  0.578011 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5440  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  49.82 
 
 
293 aa  249  5e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3371  glutamate--tRNA ligase  54.13 
 
 
309 aa  248  7e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62510  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  50.38 
 
 
293 aa  241  2e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.632499  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3639  Glutamate--tRNA ligase  54.65 
 
 
318 aa  240  2e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.917927  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0922  glutamate--tRNA ligase  47.55 
 
 
300 aa  236  4e-61  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1329  tRNA synthetase class I domain-containing protein  53.41 
 
 
314 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3586  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  50.19 
 
 
294 aa  229  3e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4694  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  49.06 
 
 
300 aa  229  3e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  hitchhiker  0.000909372 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4558  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  49.06 
 
 
300 aa  229  6e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000548174 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0740  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  49.61 
 
 
295 aa  228  7e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000657167 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4805  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  49.62 
 
 
298 aa  228  8e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0167775  hitchhiker  0.00700115 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42650  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  50.58 
 
 
298 aa  226  3e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.404894  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2226  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  50.81 
 
 
311 aa  226  5.0000000000000005e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000178146  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1188  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  49.02 
 
 
310 aa  226  5.0000000000000005e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0787184 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1882  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  47.94 
 
 
295 aa  225  6e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4692  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  49.03 
 
 
295 aa  225  9e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000687127 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1780  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  48.63 
 
 
314 aa  224  1e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.234416 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0676  glutamate--tRNA ligase  51.31 
 
 
310 aa  220  1.9999999999999999e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3073  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  47.67 
 
 
310 aa  219  3.9999999999999997e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0947  Glutamate--tRNA ligase  49.41 
 
 
313 aa  219  5e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.507725  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00405  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  49.62 
 
 
299 aa  219  6e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0518  glutamyl-tRNA synthetase domain-containing protein  48.89 
 
 
302 aa  218  1e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0834  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  48.24 
 
 
295 aa  217  2e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00133315 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0967  glutamyl-tRNA synthetase-related protein  47.86 
 
 
295 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3061  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  52 
 
 
291 aa  215  7e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.293014  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07310  glutamyl- or glutaminyl-tRNA synthetase  46.18 
 
 
318 aa  215  8e-55  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2749  Glutamate--tRNA ligase  47.53 
 
 
306 aa  214  1.9999999999999998e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.242915  normal  0.441865 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0583  glutamate--tRNA ligase  43.23 
 
 
308 aa  206  3e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0851  Glutamate--tRNA ligase  45.32 
 
 
313 aa  205  7e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.31695  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3373  glutamate--tRNA ligase  43.52 
 
 
298 aa  205  8e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0303473 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0729  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  43.38 
 
 
299 aa  200  3e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000294668  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3405  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  42.7 
 
 
299 aa  199  6e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000337292  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0873  glutamyl-tRNA synthetase domain-containing protein  43.43 
 
 
299 aa  199  7e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3293  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  43.38 
 
 
299 aa  198  7.999999999999999e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000189418  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0135  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  42.67 
 
 
308 aa  198  7.999999999999999e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000952983  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3458  Glutamate--tRNA ligase  43 
 
 
308 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000233336  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1332  Glutamate--tRNA ligase  43.55 
 
 
311 aa  198  1.0000000000000001e-49  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000257577  decreased coverage  0.00027046 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3115  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  45.11 
 
 
352 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000632224  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0147  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  43 
 
 
308 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000535998  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0153  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  42.67 
 
 
308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000216792  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1586  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  44.53 
 
 
313 aa  197  2.0000000000000003e-49  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.384476  normal  0.0681988 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00143  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  42.67 
 
 
308 aa  197  3e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000965107  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0697  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  45.11 
 
 
292 aa  196  3e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000088618  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3799  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  44.64 
 
 
299 aa  196  3e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000213424  hitchhiker  0.0000243395 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00142  hypothetical protein  42.67 
 
 
308 aa  197  3e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0000073692  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3515  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  42.67 
 
 
308 aa  197  3e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000809743  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0306  Glutamate--tRNA ligase  45.83 
 
 
323 aa  196  4.0000000000000005e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0148  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  42.67 
 
 
308 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00000000129858  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4012  glutamate--tRNA ligase  38.18 
 
 
299 aa  196  6e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.000166236  normal  0.954035 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002564  glutamyl-Q-tRNA synthetase  40.2 
 
 
287 aa  195  8.000000000000001e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000502231  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0848  glutamate--tRNA ligase  38.49 
 
 
304 aa  194  2e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000166391  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1031  Glutamate--tRNA ligase  43.36 
 
 
302 aa  194  2e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.011538  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1023  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  46.44 
 
 
303 aa  194  2e-48  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.202098  hitchhiker  0.00000345941 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3129  glutamate--tRNA ligase  40.98 
 
 
299 aa  194  2e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000921619  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0673  glutamate--tRNA ligase  43.87 
 
 
305 aa  194  2e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.930403  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0779  glutamyl-tRNA synthetase domain-containing protein  42.86 
 
 
290 aa  192  4e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00289158  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0871  Glutamate--tRNA ligase  41.64 
 
 
304 aa  193  4e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000393825  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0155  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  42 
 
 
308 aa  192  8e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000000330797  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0883  glutamate--tRNA ligase  38.49 
 
 
304 aa  192  9e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000349981  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>