225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2372 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_2372  LamB/YcsF family protein  100 
 
 		 247 aa  499  1e-140  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.839401 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1972  LamB/YcsF family protein  98.38 
 
 		 256 aa  489  1e-137  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2169  LamB/YcsF family protein  88.66 
 
 		 247 aa  451  1.0000000000000001e-126  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.514078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0089  LamB/YcsF family protein  77.05 
 
 		 246 aa  389  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0380957  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0064  LamB/YcsF family protein  75.31 
 
 		 246 aa  378  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4365  LamB/YcsF family protein  69.67 
 
 		 246 aa  347  1e-94  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2905  LamB/YcsF family protein  69.42 
 
 		 250 aa  338  5e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.493812 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0193  LamB/YcsF family protein  69.01 
 
 		 250 aa  338  5e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3743  LamB/YcsF family protein  68.6 
 
 		 250 aa  334  1e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.819674  normal  0.479135 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0447  LamB/YcsF family protein  67.77 
 
 		 262 aa  328  4e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0228  LamB/YcsF family protein  68.6 
 
 		 254 aa  328  4e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0251  LamB/YcsF family protein  67.77 
 
 		 254 aa  328  5.0000000000000004e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0264  LamB/YcsF family protein  67.77 
 
 		 254 aa  328  6e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0974794  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3309  LamB/YcsF family protein  67.36 
 
 		 254 aa  326  2.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.716241  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2978  LamB/YcsF family protein  67.36 
 
 		 254 aa  326  2.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.8067  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2113  LamB/YcsF family protein  67.36 
 
 		 254 aa  326  2.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3370  LamB/YcsF family protein  67.36 
 
 		 254 aa  326  2.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1257  LamB/YcsF family protein  63.22 
 
 		 245 aa  322  3e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.187621  normal  0.809316 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3034  LamB/YcsF family protein  68.6 
 
 		 254 aa  321  7e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.689834 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3058  LamB/YcsF family protein  68.18 
 
 		 254 aa  321  7e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0249954 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2425  LamB/YcsF family protein  67.77 
 
 		 274 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.16977  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3084  LamB/YcsF family protein  68.18 
 
 		 254 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3039  LamB/YcsF family protein  67.77 
 
 		 274 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.596492  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2950  LamB/YcsF family protein  68.18 
 
 		 254 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.815554 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1169  LamB/YcsF family protein  61.57 
 
 		 245 aa  312  3.9999999999999997e-84  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000136688  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6386  LamB/YcsF family protein  66.94 
 
 		 254 aa  311  3.9999999999999997e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.631285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1117  LamB/YcsF family protein  61.57 
 
 		 245 aa  312  3.9999999999999997e-84  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000433292  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3591  LamB/YcsF family protein  61.57 
 
 		 245 aa  312  3.9999999999999997e-84  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0738  LamB/YcsF family protein  61.57 
 
 		 244 aa  309  2e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0761  LamB/YcsF family protein  61.57 
 
 		 244 aa  309  2e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00673  hypothetical protein  61.16 
 
 		 244 aa  309  2.9999999999999997e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2942  LamB/YcsF family protein  61.16 
 
 		 244 aa  309  2.9999999999999997e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00662  hypothetical protein  61.16 
 
 		 244 aa  309  2.9999999999999997e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1216  LamB/YcsF family protein  60.41 
 
 		 245 aa  308  4e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.653039  normal  0.072436 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0630  LamB/YcsF family protein  61.16 
 
 		 244 aa  308  5e-83  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0803  LamB/YcsF family protein  61.16 
 
 		 244 aa  307  9e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.179932  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2923  LamB/YcsF family protein  60.74 
 
 		 244 aa  305  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.140615  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0728  LamB/YcsF family protein  61.16 
 
 		 244 aa  303  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.190889  normal  0.45791 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0871  LamB/YcsF family protein  61.16 
 
 		 244 aa  303  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.557987  normal  0.149027 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1138  LamB/YcsF family protein  59.92 
 
 		 245 aa  301  4.0000000000000003e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0761  LamB/YcsF family protein  61.16 
 
 		 244 aa  301  9e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.22534  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0774  LamB/YcsF family protein  60.74 
 
 		 244 aa  300  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.846244 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0822  LamB/YcsF family protein  60.33 
 
 		 244 aa  299  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0506032  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0837  LamB/YcsF family protein  60.74 
 
 		 244 aa  298  5e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000610355 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2920  LamB/YcsF family protein  62.81 
 
 		 245 aa  295  4e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1228  LamB/YcsF family protein  57.85 
 
 		 245 aa  291  9e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3108  LamB/YcsF family protein  57.44 
 
 		 245 aa  278  7e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.316999  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1948  LamB/YcsF family protein  51.43 
 
 		 251 aa  261  8.999999999999999e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000410312  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2338  LamB/YcsF family protein  52.61 
 
 		 256 aa  254  8e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0027  LamB/YcsF family protein  50 
 
 		 247 aa  254  1.0000000000000001e-66  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.529091  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0173  LamB/YcsF family protein  50.4 
 
 		 254 aa  246  2e-64  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2060  LamB/YcsF family protein  49.2 
 
 		 252 aa  243  1.9999999999999999e-63  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.284201  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0708  LamB/YcsF family protein  49.59 
 
 		 258 aa  243  3e-63  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00425486  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2827  LamB/YcsF family protein  55.47 
 
 		 245 aa  242  5e-63  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.262303  hitchhiker  0.00875882 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0374  LamB/YcsF family protein  52.02 
 
 		 274 aa  242  5e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.336565 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2847  LamB/YcsF family protein  47.81 
 
 		 253 aa  239  2e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2226  LamB/YcsF family protein  46.09 
 
 		 254 aa  237  1e-61  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2150  LamB/YcsF family protein  48.21 
 
 		 253 aa  237  1e-61  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3118  LamB/YcsF family protein  47.01 
 
 		 253 aa  236  4e-61  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000358938  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3119  LamB/YcsF family protein  47.41 
 
 		 253 aa  235  5.0000000000000005e-61  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2808  LamB/YcsF family protein  46.99 
 
 		 253 aa  234  8e-61  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3100  LamB/YcsF family protein  47.01 
 
 		 253 aa  234  8e-61  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01950  uncharacterized lactam utilization protein B-like protein  48.99 
 
 		 255 aa  234  1.0000000000000001e-60  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.581711 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2074  LamB/YcsF family protein  48.57 
 
 		 250 aa  234  1.0000000000000001e-60  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.910264  normal  0.628028 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2872  LamB/YcsF family protein  47.41 
 
 		 254 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2880  LamB/YcsF family protein  46.61 
 
 		 253 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.178795  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3095  LamB/YcsF family protein  46.61 
 
 		 253 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1168  LamB/YcsF family protein  45.75 
 
 		 252 aa  231  6e-60  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.810933  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1269  LamB/YcsF family protein  45.31 
 
 		 255 aa  231  6e-60  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1098  LamB/YcsF family protein  47.92 
 
 		 253 aa  231  7.000000000000001e-60  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.248626  normal  0.159804 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3086  LamB/YcsF family protein  46.22 
 
 		 253 aa  231  9e-60  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.621895  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1712  LamB/YcsF family protein  43.6 
 
 		 255 aa  230  2e-59  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  decreased coverage  0.00394761  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1696  LamB/YcsF family protein  45.34 
 
 		 250 aa  229  2e-59  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1526  LamB/YcsF family protein  43.6 
 
 		 255 aa  229  2e-59  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1662  LamB/YcsF family protein  45.34 
 
 		 250 aa  229  2e-59  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0476  LamB/YcsF family protein  53.44 
 
 		 260 aa  229  4e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.26266  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2788  LamB/YcsF family protein  51.41 
 
 		 251 aa  226  3e-58  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1899  LamB/YcsF family protein  42.8 
 
 		 255 aa  226  3e-58  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0006  LamB/YcsF family protein  50.21 
 
 		 242 aa  223  2e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00154728 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0021  hypothetical protein  48.31 
 
 		 241 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312119 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0010  LamB/YcsF family protein  48.5 
 
 		 248 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000255714 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0986  lactam utilization protein B related protein  43.55 
 
 		 254 aa  213  1.9999999999999998e-54  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.105947  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3294  LamB/YcsF family protein  44.76 
 
 		 255 aa  212  3.9999999999999995e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1958  LamB/YcsF family protein  51 
 
 		 252 aa  210  2e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.289074  hitchhiker  0.00226482 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5378  LamB/YcsF family protein  44.81 
 
 		 256 aa  208  5e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5851  LamB/YcsF family protein  43.78 
 
 		 254 aa  207  1e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00357056  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5728  LamB/YcsF family protein  44.49 
 
 		 252 aa  207  1e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.536045  normal  0.717107 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1828  LamB/YcsF family protein  46.96 
 
 		 250 aa  206  2e-52  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.365387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0592  LamB/YcsF family protein  43.5 
 
 		 264 aa  206  3e-52  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0413581  normal  0.62944 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0008  LamB/YcsF family protein  44.07 
 
 		 246 aa  206  4e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000119793 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1103  LamB/YcsF family protein  44.35 
 
 		 255 aa  205  4e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0380368  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0177  LamB/YcsF family protein  43.25 
 
 		 252 aa  205  5e-52  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1143  LamB/YcsF family protein  42.86 
 
 		 257 aa  205  6e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.395519  normal  0.256013 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4381  LamB/YcsF family protein  44.08 
 
 		 246 aa  204  9e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.284094  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2802  LamB/YcsF family protein  44.76 
 
 		 273 aa  203  2e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.785043 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1594  LamB/YcsF family protein  42.45 
 
 		 256 aa  202  4e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0497  LamB/YcsF family protein  42.8 
 
 		 254 aa  201  7e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2042  LamB/YcsF family protein  46.75 
 
 		 255 aa  199  5e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5327  LamB/YcsF family protein  42.28 
 
 		 254 aa  197  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2770  LamB/YcsF family protein  44.22 
 
 		 299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.00407074  hitchhiker  0.0000126458 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>