84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2330 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_2330  putative phage repressor  100 
 
 		 302 aa  622  1e-177  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.965048  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2335  putative phage repressor  38.71 
 
 		 245 aa  150  3e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00049871  unclonable  0.0000000160936 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4131  putative phage repressor  29.89 
 
 		 273 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.362406 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1188  putative phage repressor  31.35 
 
 		 234 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000267835  normal  0.264486 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2924  putative phage repressor  31.12 
 
 		 264 aa  89.4  8e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2775  putative phage repressor  31.12 
 
 		 264 aa  86.7  4e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1549  Cro/CI family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 283 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000188053 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3589  putative phage repressor  31.65 
 
 		 225 aa  77.4  0.0000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00136688  hitchhiker  0.00299337 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2067  putative phage repressor  26.32 
 
 		 247 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000502138  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2114  putative phage repressor  27.19 
 
 		 247 aa  76.3  0.0000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00404649  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1365  putative phage repressor  28.63 
 
 		 227 aa  75.1  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1024  phage repressor  32.18 
 
 		 265 aa  71.6  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.277837  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2131  putative phage repressor  30.66 
 
 		 289 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000131906  hitchhiker  0.000000754842 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3772  putative phage repressor  30.66 
 
 		 289 aa  69.3  0.00000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0262025  unclonable  0.000000544418 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1991  putative phage repressor  30.66 
 
 		 289 aa  69.3  0.00000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000855833  hitchhiker  0.0000527672 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2481  putative phage repressor  26.84 
 
 		 230 aa  67.4  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0808  putative repressor protein  27.04 
 
 		 251 aa  67  0.0000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.768996  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1840  putative phage repressor  27.67 
 
 		 270 aa  67  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.100687  hitchhiker  0.0000604594 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3398  putative phage repressor  32.12 
 
 		 280 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0077186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3964  putative phage repressor  27.41 
 
 		 259 aa  62.8  0.000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.072898  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3365  putative phage repressor  26.22 
 
 		 215 aa  62.8  0.000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2959  prophage MuMc02, S24 family peptidase  31.43 
 
 		 193 aa  62.4  0.000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.77058  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1999  putative phage repressor  27.85 
 
 		 247 aa  60.5  0.00000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal  0.25035 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4115  putative phage repressor  25.81 
 
 		 248 aa  59.7  0.00000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.396113  hitchhiker  0.00000211881 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1980  transcriptional regulator, putative  25.78 
 
 		 219 aa  59.3  0.00000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00751555  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2394  Cro/CI family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 283 aa  59.3  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111198  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3237  putative repressor protein  26.57 
 
 		 204 aa  59.3  0.00000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.150382  hitchhiker  0.000476613 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2620  putative phage repressor  36.08 
 
 		 144 aa  58.2  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0332689 
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_13  putative peptidase, S24-like  22.71 
 
 		 205 aa  57  0.0000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.568691  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52530  transcriptional regulator  26.43 
 
 		 237 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000132202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0232  putative phage repressor  33.71 
 
 		 222 aa  54.7  0.000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.407354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0272  putative phage repressor  26.81 
 
 		 235 aa  54.7  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4606  transcriptional regulator  26.43 
 
 		 237 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0335  putative phage repressor  28.26 
 
 		 230 aa  54.3  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0717  phage repressor  29.37 
 
 		 239 aa  54.3  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1976  transcriptional regulator, XRE family  30.48 
 
 		 227 aa  54.3  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.256521  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1413  putative phage repressor  29.85 
 
 		 216 aa  53.9  0.000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0602324  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0641  prophage MuSo1, Cro/CI family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 240 aa  53.5  0.000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0998  transcriptional regulator, putative  25.85 
 
 		 243 aa  52.8  0.000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.000689636  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2371  putative phage repressor  32.56 
 
 		 233 aa  52.8  0.000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2167  putative phage repressor  26.69 
 
 		 244 aa  52.4  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.117586  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0370  putative transcriptional regulator  28.26 
 
 		 210 aa  51.6  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.128546  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0617  hypothetical protein  39.06 
 
 		 71 aa  52  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.455371  hitchhiker  0.00000289495 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1255  transcriptional regulator, XRE family  25 
 
 		 242 aa  51.6  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0691404  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2054  putative phage repressor  23.11 
 
 		 238 aa  50.4  0.00004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000034182  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2091  peptidase S24 S26A and S26B  23.11 
 
 		 238 aa  50.4  0.00004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000399055  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1510  putative phage repressor  27.74 
 
 		 212 aa  50.1  0.00004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.432994  normal  0.193235 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1158  transcriptional regulator, putative  31.25 
 
 		 270 aa  50.1  0.00004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1875  putative phage repressor  27.69 
 
 		 244 aa  50.1  0.00005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0789  prophage MuSo2, Cro/CI family transcriptional regulator  24.12 
 
 		 245 aa  50.1  0.00005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000234402  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0648  prophage MuSo2, Cro/CI family transcriptional regulator  24.12 
 
 		 245 aa  50.1  0.00005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.19  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0780  putative phage repressor  26.37 
 
 		 240 aa  50.1  0.00005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00131571  decreased coverage  0.000230988 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2652  prophage MuSo2, Cro/CI family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 248 aa  49.7  0.00006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1019  XRE family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 245 aa  49.3  0.00007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0426259 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1065  putative phage repressor  30 
 
 		 209 aa  48.9  0.0001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.518416  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2812  peptidase  39.47 
 
 		 216 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.354301 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2034  putative phage repressor  27.48 
 
 		 214 aa  47.8  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00109753  normal  0.0598759 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2283  putative phage repressor  30.61 
 
 		 292 aa  48.1  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00298807  unclonable  0.0000000000471179 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3352  putative phage repressor  27.31 
 
 		 240 aa  47.4  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.140887  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3896  Cro/CI family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 215 aa  47  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00353592 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0248  hypothetical protein  33.33 
 
 		 233 aa  47  0.0004  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07960  transcriptional regulator PrtR  24.2 
 
 		 256 aa  46.6  0.0005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0101148  hitchhiker  0.000834984 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0617  putative phage repressor  29.36 
 
 		 244 aa  46.6  0.0005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1094  putative phage repressor  28.47 
 
 		 249 aa  46.6  0.0006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.189719 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1619  putative phage repressor  33.33 
 
 		 237 aa  46.6  0.0006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0134521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4824  putative phage repressor  27.52 
 
 		 216 aa  46.6  0.0006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.852274  normal  0.393285 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0998  putative phage repressor  35 
 
 		 284 aa  46.2  0.0007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.891083  hitchhiker  0.000269405 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1066  putative phage repressor  29.75 
 
 		 224 aa  46.2  0.0007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000341462  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0352  putative phage repressor  32.22 
 
 		 261 aa  46.2  0.0007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00411274 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2178  putative phage repressor  27.41 
 
 		 213 aa  45.8  0.0008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0386181  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2471  putative prophage repressor  38.71 
 
 		 216 aa  45.8  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.894795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1750  putative prophage repressor  39.06 
 
 		 230 aa  45.1  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.141014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1643  repressor protein, putative  22.1 
 
 		 289 aa  44.3  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.102671  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2543  putative phage repressor  26.06 
 
 		 289 aa  43.9  0.003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1166  phage-related repressor protein  25.19 
 
 		 233 aa  44.3  0.003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000408495  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1096  putative phage repressor  25 
 
 		 219 aa  43.5  0.004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0889323  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 81 aa  43.9  0.004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3324  Cro/CI family transcriptional regulator  23.58 
 
 		 212 aa  43.5  0.004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0726  putative phage repressor  25.11 
 
 		 225 aa  43.1  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.255707  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0641  putative phage repressor  38.18 
 
 		 263 aa  43.1  0.006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2704  putative phage repressor  28.17 
 
 		 269 aa  43.1  0.006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01531  hypothetical protein  39.47 
 
 		 135 aa  43.1  0.006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0356913  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01539  prophage CP-9330 DicA-like protein  39.47 
 
 		 135 aa  43.1  0.006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0413815  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0755  transcriptional regulator PrtR  23.29 
 
 		 256 aa  42.7  0.007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.011984  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>