81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2198 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_2198  protein of unknown function DUF1178  100 
 
 
153 aa  315  2e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.381917 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1875  protein of unknown function DUF1178  90.2 
 
 
153 aa  272  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.163568  normal  0.464761 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2046  hypothetical protein  85.62 
 
 
153 aa  257  4e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.707585  normal  0.300905 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0943  hypothetical protein  64.74 
 
 
155 aa  199  1.9999999999999998e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.292686  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0977  hypothetical protein  65.38 
 
 
152 aa  197  3.9999999999999996e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.843122  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1077  hypothetical protein  60.13 
 
 
140 aa  177  2.9999999999999997e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1361  protein of unknown function DUF1178  58.17 
 
 
141 aa  177  4e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.114069  hitchhiker  0.00762425 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2150  hypothetical protein  56.21 
 
 
140 aa  177  4e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0219334  normal  0.395291 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1044  hypothetical protein  57.52 
 
 
140 aa  177  4.999999999999999e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.315056  normal  0.288187 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1452  hypothetical protein  57.52 
 
 
140 aa  177  7e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0429  hypothetical protein  57.52 
 
 
140 aa  177  7e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1315  hypothetical protein  57.52 
 
 
140 aa  177  7e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.696592  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1813  hypothetical protein  57.52 
 
 
140 aa  177  7e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.135309  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0721  hypothetical protein  57.52 
 
 
140 aa  177  7e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1146  hypothetical protein  57.52 
 
 
140 aa  177  7e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0969021  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2257  hypothetical protein  56.86 
 
 
140 aa  176  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5561  hypothetical protein  56.86 
 
 
140 aa  176  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.320377 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2233  hypothetical protein  56.86 
 
 
140 aa  176  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1621  hypothetical protein  56.86 
 
 
140 aa  176  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2271  hypothetical protein  55.56 
 
 
140 aa  174  3e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1306  hypothetical protein  56.86 
 
 
140 aa  174  6e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.790633  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1993  hypothetical protein  57.52 
 
 
147 aa  173  8e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0208822  normal  0.339647 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3193  hypothetical protein  56.21 
 
 
141 aa  172  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1419  hypothetical protein  57.69 
 
 
146 aa  171  2.9999999999999996e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0154622 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0972  hypothetical protein  52.29 
 
 
155 aa  163  6.9999999999999995e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.766766  normal  0.625326 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0887  protein of unknown function DUF1178  51.63 
 
 
155 aa  162  1.0000000000000001e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1516  hypothetical protein  52.83 
 
 
160 aa  161  3e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0816575 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3240  hypothetical protein  51.45 
 
 
175 aa  160  9e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0209036  normal  0.632043 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1440  hypothetical protein  48 
 
 
175 aa  157  4e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1278  hypothetical protein  50.93 
 
 
164 aa  153  7e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.175666  normal  0.173505 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1508  hypothetical protein  52.35 
 
 
149 aa  152  1e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.617584  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3494  protein of unknown function DUF1178  49.68 
 
 
157 aa  147  7e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.418231  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1036  hypothetical protein  43.56 
 
 
163 aa  139  1.9999999999999998e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4072  hypothetical protein  48 
 
 
144 aa  132  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.548265 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5165  hypothetical protein  45.56 
 
 
169 aa  132  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.335034  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2033  protein of unknown function DUF1178  46.21 
 
 
152 aa  124  4.0000000000000003e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2040  hypothetical protein  43.84 
 
 
152 aa  115  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.486976  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2011  hypothetical protein  41.06 
 
 
159 aa  109  1.0000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.160964  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3603  protein of unknown function DUF1178  42 
 
 
158 aa  108  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3529  protein of unknown function DUF1178  45.45 
 
 
142 aa  108  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.753668  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7597  hypothetical protein  42.11 
 
 
160 aa  109  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.183456 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3820  protein of unknown function DUF1178  44.76 
 
 
142 aa  107  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3967  hypothetical protein  42.67 
 
 
142 aa  106  1e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0971244  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0382  hypothetical protein  43.15 
 
 
147 aa  103  9e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.122904  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3279  hypothetical protein  40.4 
 
 
158 aa  103  1e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0556  hypothetical protein  41.18 
 
 
156 aa  102  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.09335  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3003  hypothetical protein  38.03 
 
 
141 aa  100  5e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1789  hypothetical protein  39.87 
 
 
159 aa  100  6e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0266683  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2507  hypothetical protein  40.14 
 
 
142 aa  99  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00622099  normal  0.253692 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3477  protein of unknown function DUF1178  40 
 
 
157 aa  96.7  1e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.469566 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0128  protein of unknown function DUF1178  36.54 
 
 
168 aa  96.3  1e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.330985  normal  0.0171645 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0477  hypothetical protein  38.96 
 
 
147 aa  95.9  2e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1031  hypothetical protein  36.81 
 
 
141 aa  93.6  8e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.107167  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1874  hypothetical protein  34.72 
 
 
152 aa  92.8  1e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1805  hypothetical protein  36.99 
 
 
152 aa  92.4  2e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0646662  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0023  hypothetical protein  37.25 
 
 
164 aa  92.8  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0046  hypothetical protein  39.47 
 
 
150 aa  92.4  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.564208  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1739  hypothetical protein  37.06 
 
 
145 aa  91.7  3e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0942  hypothetical protein  36.96 
 
 
144 aa  91.3  5e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.851867 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5214  hypothetical protein  40.69 
 
 
158 aa  90.9  6e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.219054  normal  0.0135262 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3689  protein of unknown function DUF1178  32.91 
 
 
166 aa  90.9  6e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0647415 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2057  conserved hypothetical protein DUF1178  38.36 
 
 
158 aa  90.1  9e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.321468 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1885  hypothetical protein  37.67 
 
 
145 aa  90.1  9e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.343226  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0517  hypothetical protein  35.76 
 
 
162 aa  90.1  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.217482 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0104  hypothetical protein  37.27 
 
 
167 aa  89.4  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.426528 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1051  hypothetical protein  35.92 
 
 
144 aa  88.6  3e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.588494  normal  0.494297 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5955  protein of unknown function DUF1178  38.62 
 
 
154 aa  87.8  5e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.249221  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0604  protein of unknown function DUF1178  36.02 
 
 
164 aa  87.4  7e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.494112  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2261  hypothetical protein  33.57 
 
 
140 aa  87  8e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00456771  normal  0.596265 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3271  hypothetical protein  37.41 
 
 
148 aa  87  8e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.765913  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1497  hypothetical protein  39.33 
 
 
151 aa  83.6  0.000000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2387  hypothetical protein  34.51 
 
 
144 aa  82.8  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.389064  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2316  hypothetical protein  32.7 
 
 
171 aa  82.8  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2570  hypothetical protein  40.15 
 
 
139 aa  80.9  0.000000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0177669  normal  0.342392 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3087  hypothetical protein  32.47 
 
 
165 aa  80.5  0.000000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0740789  normal  0.490255 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0740  hypothetical protein  36.88 
 
 
177 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0684748  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0836  protein of unknown function DUF1178  41.57 
 
 
90 aa  74.3  0.0000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3309  hypothetical protein  29.88 
 
 
172 aa  74.3  0.0000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.258972  normal  0.358508 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0383  hypothetical protein  44.83 
 
 
81 aa  56.2  0.0000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.149602  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0478  hypothetical protein  44.83 
 
 
80 aa  55.5  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3556  hypothetical protein  38.18 
 
 
83 aa  46.6  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.333182  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>