More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2175 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 314 aa  629  1e-179  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  98.73 
 
 		 314 aa  622  1e-177  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  91.95 
 
 		 321 aa  528  1e-149  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  70.2 
 
 		 315 aa  441  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  69.87 
 
 		 313 aa  437  1e-121  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  45.19 
 
 		 308 aa  268  8.999999999999999e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  46.92 
 
 		 300 aa  266  2e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 308 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  44.52 
 
 		 310 aa  266  4e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  45.58 
 
 		 308 aa  265  5e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  43.41 
 
 		 311 aa  265  5.999999999999999e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  45.61 
 
 		 309 aa  265  8e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 310 aa  265  8e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  45.58 
 
 		 307 aa  265  8.999999999999999e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2073  transcriptional regulator, LysR family protein  45.45 
 
 		 303 aa  265  1e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 314 aa  261  8.999999999999999e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 298 aa  261  1e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  44.26 
 
 		 309 aa  258  7e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  45.7 
 
 		 315 aa  251  2e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3034  LysR family transcriptional regulator  44.7 
 
 		 301 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0386168  normal  0.816732 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 301 aa  241  2e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 301 aa  241  2e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  44.15 
 
 		 301 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5082  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 301 aa  239  5e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3222  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 301 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  40.48 
 
 		 300 aa  235  8e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 303 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3942  LysR family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 310 aa  229  5e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 305 aa  229  5e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3724  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 307 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.153047 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3800  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 307 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0503398 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4563  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 307 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.340631  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2296  LysR family transcriptional regulator  44.86 
 
 		 309 aa  224  1e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.671395 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5526  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 		 306 aa  219  6e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3690  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 306 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.996067 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46330  putative transcriptional regulator  43.15 
 
 		 306 aa  218  1e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0116434 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  36.58 
 
 		 301 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0519  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 329 aa  209  4e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0948  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 308 aa  208  1e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2656  transcriptional regulator  42.27 
 
 		 308 aa  208  1e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2517  transcriptional regulator  42.27 
 
 		 308 aa  208  1e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0156688  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0241  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 308 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1620  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 308 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1424  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 439 aa  205  9e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2331  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 307 aa  202  5e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  36.79 
 
 		 300 aa  199  3e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 301 aa  196  6e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 318 aa  194  1e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0636  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 301 aa  193  4e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 301 aa  191  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.67 
 
 		 300 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2213  transcriptional regulator, LysR family protein  35.31 
 
 		 326 aa  187  2e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 309 aa  186  4e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 320 aa  185  8e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00136  transcriptional regulator, LysR family protein  35.1 
 
 		 311 aa  185  9e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.262446  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 301 aa  182  7e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 342 aa  177  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 334 aa  177  2e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  39.54 
 
 		 323 aa  176  5e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 432 aa  176  6e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  39.22 
 
 		 323 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  36.42 
 
 		 305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  36.42 
 
 		 305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  38.7 
 
 		 316 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 317 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 305 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  34.94 
 
 		 314 aa  171  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 306 aa  170  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  37.05 
 
 		 309 aa  170  2e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 306 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  40.52 
 
 		 310 aa  170  3e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 312 aa  170  3e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 306 aa  170  3e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 306 aa  169  4e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 317 aa  169  5e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 314 aa  168  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  35.92 
 
 		 321 aa  167  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  33.44 
 
 		 316 aa  167  2e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 333 aa  167  2e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 321 aa  167  2.9999999999999998e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 320 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0307  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 308 aa  166  2.9999999999999998e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291876  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 320 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 306 aa  166  4e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 345 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  35.14 
 
 		 298 aa  166  4e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  32.21 
 
 		 317 aa  166  5e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  38.01 
 
 		 326 aa  165  6.9999999999999995e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2020  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 311 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1414  LysR family regulatory protein  38.16 
 
 		 311 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  35.14 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 317 aa  163  3e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 300 aa  164  3e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 300 aa  164  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 310 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3200  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 355 aa  162  6e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2309  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 355 aa  162  6e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>