More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2009 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_2009  transcriptional regulator, MerR family  100 
 
 		 152 aa  306  8e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1701  transcriptional regulator, MerR family  98.03 
 
 		 152 aa  300  6.000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.201474  normal  0.917872 
 
 
-
 
NC_003296  RS02983  putative transcription regulator protein  66.45 
 
 		 152 aa  200  4e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.179274  normal  0.643629 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4066  MerR family transcriptional regulator  61.84 
 
 		 152 aa  181  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3455  MerR family transcriptional regulator  61.84 
 
 		 152 aa  181  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.340256  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4090  putative MerR/CueR family transcriptional regulator  66.42 
 
 		 137 aa  180  5.0000000000000004e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.849727  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3404  MerR family transcriptional regulator  69.47 
 
 		 155 aa  179  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2710  MerR family transcriptional regulator  59.62 
 
 		 156 aa  174  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3219  MerR family transcriptional regulator  56.39 
 
 		 147 aa  147  4e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.199693  normal  0.39103 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2990  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 159 aa  145  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.645103  normal  0.0838821 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29010  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 162 aa  144  5e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000144199 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2702  MerR family transcriptional regulator  49.3 
 
 		 159 aa  141  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5683  MerR family transcriptional regulator  52.67 
 
 		 149 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6047  MerR family transcriptional regulator  52.67 
 
 		 149 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.790418 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7478  MerR family transcriptional regulator  52.67 
 
 		 149 aa  138  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0226  MerR family transcriptional regulator  50.35 
 
 		 154 aa  138  3e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3996  MerR family transcriptional regulator  51.91 
 
 		 143 aa  138  3e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2454  transcriptional regulator, MerR family  51.43 
 
 		 159 aa  137  4.999999999999999e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.589296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0208  MerR family regulatory protein  49.65 
 
 		 154 aa  135  2e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.7803  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4304  MerR family transcriptional regulator  52.71 
 
 		 164 aa  133  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.614703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1699  MerR family transcriptional regulator  50.38 
 
 		 149 aa  130  6e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00675025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1697  MerR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 157 aa  130  6.999999999999999e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.115653  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7475  MerR family transcriptional regulator  48.85 
 
 		 162 aa  127  4.0000000000000003e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831533  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001159  transcriptional regulator  45.8 
 
 		 145 aa  124  5e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0838  MerR family transcriptional regulator  44.27 
 
 		 145 aa  121  3e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3103  MerR family transcriptional regulator  44.27 
 
 		 145 aa  121  4e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0869  MerR family transcriptional regulator  44.27 
 
 		 145 aa  121  4e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2821  MerR family transcriptional regulator  53.68 
 
 		 138 aa  119  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.353313 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5680  MerR family transcriptional regulator  48.85 
 
 		 171 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6044  MerR family transcriptional regulator  48.85 
 
 		 171 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.112939 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25610  predicted transcriptional regulator  43.55 
 
 		 129 aa  93.6  8e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06140  predicted transcriptional regulator  42.74 
 
 		 129 aa  92  2e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1739  MerR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 141 aa  87.4  7e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.784519 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3397  MerR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 117 aa  81.6  0.000000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0303  transcriptional regulator, MerR family  41.41 
 
 		 154 aa  79  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00540997  normal  0.988288 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13367  MerR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 146 aa  78.6  0.00000000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.272142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4528  transcriptional regulator, MerR family  43.81 
 
 		 129 aa  77.8  0.00000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.355526 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3477  MerR family transcriptional regulator  42.48 
 
 		 120 aa  77.4  0.00000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.137212  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0029  transcriptional regulator, MerR family  39.52 
 
 		 134 aa  76.3  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3347  transcription regulator protein  41.32 
 
 		 159 aa  75.9  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.445877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0693  MerR family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 153 aa  76.3  0.0000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3161  MerR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 155 aa  75.5  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.309754 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1155  transcriptional regulator, MerR family  44 
 
 		 128 aa  75.1  0.0000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0258201  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4947  regulatory protein, MerR  38.32 
 
 		 129 aa  75.1  0.0000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.459947  decreased coverage  0.00286067 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4426  putative transcriptional regulator, MerR family  42.24 
 
 		 135 aa  74.7  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00911048 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0396  zinc-responsive transcriptional regulator  40 
 
 		 177 aa  73.9  0.0000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2144  MerR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 129 aa  73.6  0.0000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.000183728  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0445  zinc-responsive transcriptional regulator  41.3 
 
 		 159 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.261357 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3892  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 149 aa  73.2  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00526993  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2538  transcriptional regulator, MerR family  36.42 
 
 		 147 aa  73.2  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.329159  normal  0.129188 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0803  HTH-type transcriptional regulator CueR (copper export regulator)  38.39 
 
 		 132 aa  72.8  0.000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4509  transcriptional regulator, MerR family  37.38 
 
 		 129 aa  72  0.000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0125189 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0178  MerR family transcriptional regulator  38.4 
 
 		 142 aa  71.6  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0926305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1777  MerR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 145 aa  71.6  0.000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2836  transcriptional regulator, MerR family  35.94 
 
 		 135 aa  71.6  0.000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.906455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4049  MerR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 149 aa  71.2  0.000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4579  MerR family transcriptional regulator  52.24 
 
 		 134 aa  71.6  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.923905  decreased coverage  0.00324593 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0446  zinc-responsive transcriptional regulator  41.76 
 
 		 157 aa  71.6  0.000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3542  transcriptional regulator, MerR family  37.9 
 
 		 152 aa  71.6  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.387014 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3216  transcriptional regulator, MerR family  37.9 
 
 		 155 aa  71.2  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3583  zinc-responsive transcriptional regulator  52.24 
 
 		 157 aa  71.2  0.000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2538  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 157 aa  71.2  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0442  zinc-responsive transcriptional regulator  50.75 
 
 		 157 aa  70.9  0.000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1387  transcriptional regulator, MerR family  39.84 
 
 		 140 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.124433  hitchhiker  0.00107932 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4035  zinc-responsive transcriptional regulator  50.75 
 
 		 176 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3912  zinc-responsive transcriptional regulator  50.75 
 
 		 171 aa  70.1  0.000000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0421  zinc-responsive transcriptional regulator  50.75 
 
 		 176 aa  70.5  0.000000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0802  transcriptional regulator, MerR family  52.24 
 
 		 142 aa  70.1  0.000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3839  zinc-responsive transcriptional regulator  50.75 
 
 		 171 aa  70.5  0.000000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.231012 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3400  zinc-responsive transcriptional regulator  40.86 
 
 		 156 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0443  zinc-responsive transcriptional regulator  50.75 
 
 		 163 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0667  transcriptional regulator, MerR family  34.84 
 
 		 249 aa  69.7  0.00000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.201436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6606  MerR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 142 aa  70.1  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3411  zinc-responsive transcriptional regulator  48.53 
 
 		 158 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0749  transcriptional regulator, heavy metal-dependent  39.62 
 
 		 133 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3819  MerR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 153 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0221891 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1150  transcriptional regulator, MerR family  43.88 
 
 		 135 aa  69.3  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00496019 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1060  MerR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 134 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.089973  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1215  transcriptional regulator, MerR family  37.5 
 
 		 152 aa  68.2  0.00000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.460716  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0596  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  47.76 
 
 		 134 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3620  transcriptional regulator, MerR family  34.29 
 
 		 148 aa  68.6  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1913  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  47.76 
 
 		 134 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0400556  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2453  transcriptional regulator, MerR family  39.67 
 
 		 155 aa  68.2  0.00000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00000100878  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5312  transcriptional regulator, MerR family  39.13 
 
 		 117 aa  68.2  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3026  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  36.36 
 
 		 139 aa  68.6  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2494  transcriptional regulator, MerR family  34.29 
 
 		 148 aa  68.6  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.453842  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0211  transcriptional regulator, MerR family protein  32.76 
 
 		 148 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2593  MerR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 152 aa  68.6  0.00000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0365897  normal  0.180328 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1266  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  36.36 
 
 		 139 aa  68.2  0.00000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0668949 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3164  MerR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 139 aa  68.2  0.00000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2464  transcriptional regulator, MerR family  35.54 
 
 		 137 aa  67.8  0.00000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1328  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  52.24 
 
 		 142 aa  67.8  0.00000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0203  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  37.96 
 
 		 135 aa  67.8  0.00000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0433  zinc-responsive transcriptional regulator  38.18 
 
 		 173 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0297  zinc-responsive transcriptional regulator  49.25 
 
 		 159 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0034  MerR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 144 aa  67.8  0.00000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4039  MerR family transcriptional regulator  52.24 
 
 		 130 aa  67.8  0.00000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.576602  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1137  transcriptional regulator, MerR family  45.95 
 
 		 159 aa  67.8  0.00000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000328  HTH-type transcriptional regulator CueR  40.3 
 
 		 128 aa  67.4  0.00000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000000737909  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3005  MerR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 144 aa  67.8  0.00000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.44472  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>