More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1919 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1591  pseudouridine synthase, RluA family  97.84 
 
 
370 aa  724  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  decreased coverage  0.00904495 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 
370 aa  741  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1628  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D protein  86.83 
 
 
358 aa  629  1e-179  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  65.49 
 
 
403 aa  468  1e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  63.27 
 
 
403 aa  458  1e-128  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270637  normal  0.743014 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  61.33 
 
 
400 aa  406  1e-112  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  59.89 
 
 
405 aa  402  1e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  59.78 
 
 
407 aa  400  1e-110  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  60.5 
 
 
402 aa  401  1e-110  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  60.06 
 
 
402 aa  398  1e-110  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  60.06 
 
 
402 aa  398  1e-110  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  63.41 
 
 
391 aa  399  1e-110  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2333  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  62.39 
 
 
395 aa  391  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93917  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1324  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  62.39 
 
 
395 aa  391  1e-108  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0224168  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0967  RluA family pseudouridine synthase  64.76 
 
 
436 aa  392  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1813  RluA family pseudouridine synthase  62.39 
 
 
389 aa  390  1e-107  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.587957  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0083  RluA family pseudouridine synthase  62.39 
 
 
389 aa  390  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2168  RluA family pseudouridine synthase  62.08 
 
 
389 aa  390  1e-107  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2205  RluA family pseudouridine synthase  62.08 
 
 
395 aa  391  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  62.58 
 
 
360 aa  391  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1084  RluA family pseudouridine synthase  62.39 
 
 
389 aa  390  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.346306  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  58.7 
 
 
431 aa  386  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  61.95 
 
 
438 aa  382  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0921  pseudouridine synthase, RluA family  56.05 
 
 
344 aa  330  2e-89  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0921  RluA family pseudouridine synthase  57.33 
 
 
318 aa  326  4e-88  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  52.23 
 
 
318 aa  318  8e-86  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  57.1 
 
 
315 aa  315  1e-84  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  55.56 
 
 
313 aa  315  1e-84  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  55.34 
 
 
318 aa  313  4e-84  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1612  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.39 
 
 
356 aa  305  6e-82  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000933226 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.62 
 
 
318 aa  304  2e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2551  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.38 
 
 
321 aa  301  1e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.682293  hitchhiker  0.00325884 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  53.67 
 
 
327 aa  300  3e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  52.1 
 
 
325 aa  296  3e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4547  RluA family pseudouridine synthase  48.02 
 
 
352 aa  295  9e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  48.31 
 
 
352 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  48.02 
 
 
352 aa  293  3e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  51.23 
 
 
319 aa  290  2e-77  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.16 
 
 
320 aa  288  1e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.587851  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2550  pseudouridine synthase, RluD  50.16 
 
 
319 aa  288  1e-76  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.347335  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11940  Pseudouridine synthase  51.41 
 
 
336 aa  288  1e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  53.07 
 
 
313 aa  287  3e-76  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0726  pseudouridine synthase, RluD  49.53 
 
 
320 aa  286  4e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4836  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.84 
 
 
320 aa  286  5e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1163  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50 
 
 
334 aa  283  3e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3265  pseudouridine synthase, RluA family protein  51.91 
 
 
322 aa  283  3e-75  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0969  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.31 
 
 
324 aa  283  5e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.466312 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1335  RluA family pseudouridine synthase  49.53 
 
 
327 aa  282  7e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  2.57398e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0367  23S rRNA pseudouridine synthase D  48.1 
 
 
321 aa  281  1e-74  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1002  pseudouridine synthase, RluA family  50.63 
 
 
325 aa  281  1e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.550845  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3499  lysozyme  50.31 
 
 
323 aa  280  2e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.847735  normal  0.0395097 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.46 
 
 
325 aa  280  2e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1022  RluA family pseudouridine synthase  50.94 
 
 
324 aa  280  3e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  2.46501e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1083  pseudouridine synthase, RluA family  49.4 
 
 
334 aa  280  3e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0421612  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5026  RluA family pseudouridine synthase  51.23 
 
 
356 aa  279  6e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.257508  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3722  RluA family pseudouridine synthase  49.38 
 
 
323 aa  279  6e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.302376  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1017  RluA family pseudouridine synthase  50.94 
 
 
324 aa  278  2e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  4.95395e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1119  RluA family pseudouridine synthase  50.94 
 
 
324 aa  278  2e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  3.17979e-06  normal  0.0744871 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3272  pseudouridine synthase, RluA family  50.94 
 
 
324 aa  278  2e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  2.67118e-09  normal  0.0414307 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1370  pseudouridine synthase, RluD  49.84 
 
 
352 aa  278  2e-73  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1086  RluA family pseudouridine synthase  50.94 
 
 
324 aa  278  2e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  7.50012e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2950  RluA family pseudouridine synthase  50 
 
 
323 aa  276  3e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00118178  normal  0.148942 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3171  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.63 
 
 
323 aa  276  3e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  2.61033e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.63 
 
 
323 aa  276  5e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  4.5802e-07  normal  0.354843 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3074  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.63 
 
 
323 aa  276  5e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000195279  normal  0.766873 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60210  pseudouridine synthase  49.53 
 
 
320 aa  275  1e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  1.35219e-10 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2605  pseudouridylate synthase  50.31 
 
 
324 aa  273  3e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  2.83334e-06  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3915  23S rRNA pseudouridine synthase D  48.4 
 
 
324 aa  273  4e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2034  pseudouridine synthase, RluA family  50.16 
 
 
340 aa  271  1e-71  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0680786  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3166  RluA family pseudouridine synthase  49.07 
 
 
323 aa  271  2e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.133464  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01005  23S rRNA pseudouridine synthase D  48.57 
 
 
325 aa  271  2e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  51.74 
 
 
329 aa  270  3e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0667  pseudouridine synthase, RluA family protein  48.45 
 
 
324 aa  270  4e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0233551  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2975  23S rRNA pseudouridine synthase D  47.92 
 
 
326 aa  270  4e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0427325  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5183  pseudouridine synthase  48.9 
 
 
320 aa  269  6e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.521194  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3477  23S rRNA pseudouridine synthase D  48.25 
 
 
325 aa  269  6e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.118484  normal  0.239433 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2748  23S rRNA pseudouridine synthase D  48.24 
 
 
326 aa  269  6e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0255935  normal  0.237135 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3351  23S rRNA pseudouridine synthase D  48.25 
 
 
325 aa  269  6e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11955  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3143  23S rRNA pseudouridine synthase D  48.25 
 
 
325 aa  268  8e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3611  RluA family pseudouridine synthase  45.2 
 
 
327 aa  268  9e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.354938  hitchhiker  0.00827113 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2880  23S rRNA pseudouridine synthase D  47.92 
 
 
326 aa  268  1e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0196126  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2858  23S rRNA pseudouridine synthase D  48.24 
 
 
326 aa  268  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0524542 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2879  23S rRNA pseudouridine synthase D  48.24 
 
 
326 aa  268  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.206538 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.57 
 
 
325 aa  268  1e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.530574  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2877  23S rRNA pseudouridine synthase D  48.24 
 
 
326 aa  268  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.673786 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2774  23S rRNA pseudouridine synthase D  48.24 
 
 
326 aa  268  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00023272  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2991  23S rRNA pseudouridine synthase D  48.24 
 
 
326 aa  268  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2752  23S rRNA pseudouridine synthase D  47.6 
 
 
326 aa  267  2e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.25368e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0087  RluA family pseudouridine synthase  48.44 
 
 
344 aa  267  2e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02484  23S rRNA pseudouridine synthase  47.6 
 
 
326 aa  267  2e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.174607  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1078  pseudouridine synthase, RluA family  47.6 
 
 
326 aa  267  2e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0158788  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1087  23S rRNA pseudouridine synthase D  47.6 
 
 
326 aa  267  2e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.097503  decreased coverage  2.84548e-07 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02448  hypothetical protein  47.6 
 
 
326 aa  267  2e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.166137  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1136  23S rRNA pseudouridine synthase D  47.19 
 
 
325 aa  267  2e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.339776  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3835  23S rRNA pseudouridine synthase D  47.6 
 
 
326 aa  266  4e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  6.64381e-05  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2850  pseudouridine synthase, RluA family  48.1 
 
 
325 aa  266  6e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0972  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50 
 
 
334 aa  265  8e-70  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2863  pseudouridine synthase, RluD  47.52 
 
 
324 aa  265  8e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00218841  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2180  pseudouridine synthase, RluA family  50 
 
 
327 aa  265  1e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1865  RluA family pseudouridine synthase  47.88 
 
 
344 aa  265  1e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>