215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1886 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_1886  ApbE family lipoprotein  100 
 
 		 259 aa  511  1e-144  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00789462  normal  0.699766 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1557  ApbE family lipoprotein  96.53 
 
 		 259 aa  468  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.232124 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2627  putative thiamine biosynthesis lipoprotein APBE transmembrane  40.37 
 
 		 292 aa  135  5e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0956093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1180  ApbE-like lipoprotein  37.36 
 
 		 286 aa  133  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1565  ApbE family lipoprotein  33.33 
 
 		 277 aa  123  2e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1846  ApbE family lipoprotein  35.93 
 
 		 282 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000243371 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5381  ApbE family lipoprotein  35.93 
 
 		 282 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.191484 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0611  thiamine biosynthesis lipoprotein apbE precursor transmembrane  38.89 
 
 		 298 aa  115  7.999999999999999e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.54431 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3433  ApbE family lipoprotein  33.21 
 
 		 287 aa  114  2.0000000000000002e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.216077 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3580  ApbE family protein, putative  34.93 
 
 		 281 aa  111  9e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.169906 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0708  thiamine biosynthesis lipoprotein apbE precursor transmembrane  39.48 
 
 		 287 aa  110  3e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.314159  normal  0.115861 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3457  ApbE family protein, putative  35.4 
 
 		 281 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000973965  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0906  ApbE family protein, putative  35.4 
 
 		 281 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00687299  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3383  ApbE family lipoprotein  35.05 
 
 		 281 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0921  ApbE family protein, putative  34.13 
 
 		 282 aa  108  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0949043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0957  ApbE family protein, putative  34.13 
 
 		 282 aa  107  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.76647  normal  0.566735 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0922  ApbE family protein, putative  33.79 
 
 		 282 aa  105  6e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0767638  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0416  ApbE-like lipoprotein  31.46 
 
 		 277 aa  104  1e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00253803  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2657  ApbE family protein, putative  34.94 
 
 		 273 aa  104  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00549568  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1090  ApbE family protein, putative  31.67 
 
 		 279 aa  103  3e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1499  ApbE family lipoprotein  27.02 
 
 		 380 aa  85.9  5e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000152679  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1387  ApbE-like lipoprotein  31.28 
 
 		 350 aa  85.1  9e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.184425  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1800  ApbE family lipoprotein  33.96 
 
 		 279 aa  84.3  0.000000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000665627  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1825  ApbE family lipoprotein  31.17 
 
 		 336 aa  81.3  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0536  ApbE family lipoprotein  29.43 
 
 		 345 aa  78.2  0.0000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0035  hypothetical protein  32.16 
 
 		 331 aa  77.8  0.0000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5069  ApbE family lipoprotein  29.03 
 
 		 336 aa  75.9  0.0000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14280  ApbE family lipoprotein  27.8 
 
 		 336 aa  71.6  0.00000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.71424e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0552  ApbE family lipoprotein  28.04 
 
 		 351 aa  70.5  0.00000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1874  ApbE family lipoprotein  25.72 
 
 		 317 aa  69.3  0.00000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0211225  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1956  thiamine biosynthesis lipoprotein  25.44 
 
 		 363 aa  68.6  0.00000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2491  ApbE family protein  23.81 
 
 		 342 aa  68.2  0.0000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0237  ApbE family lipoprotein  28.47 
 
 		 335 aa  68.2  0.0000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3569  membrane protein  28.25 
 
 		 336 aa  67.8  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.325217 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3767  ApbE family lipoprotein  29.28 
 
 		 417 aa  67.4  0.0000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.301189  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1954  ApbE family lipoprotein  27.41 
 
 		 337 aa  67  0.0000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.355281  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1097  ApbE family lipoprotein  23.08 
 
 		 339 aa  66.6  0.0000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000910901  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4057  ApbE family lipoprotein  30.48 
 
 		 346 aa  64.7  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.807087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1216  thiamine biosynthesis lipoprotein  27.61 
 
 		 336 aa  64.7  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4169  ApbE family lipoprotein  30.48 
 
 		 346 aa  64.7  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0214  ApbE family protein  31.06 
 
 		 325 aa  64.7  0.000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1878  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  24.91 
 
 		 367 aa  64.3  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2638  ApbE family lipoprotein  27.31 
 
 		 344 aa  64.7  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.489922  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0561  ApbE-like lipoprotein  25.56 
 
 		 348 aa  64.3  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2411  putative thaimine biosynthesis protein  30.74 
 
 		 362 aa  63.9  0.000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1835  ApbE family lipoprotein  43.24 
 
 		 310 aa  63.5  0.000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3187  positive regulator of sigma E, RseC/MucC  32.58 
 
 		 365 aa  63.5  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.600776  normal  0.981913 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2693  ApbE family lipoprotein  27.27 
 
 		 352 aa  62.8  0.000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00390804 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0996  ApbE family protein  29.75 
 
 		 352 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.167823  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2058  ApbE family protein  29.75 
 
 		 370 aa  62  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.673444  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2113  ApbE family protein  29.75 
 
 		 352 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1898  ApbE family lipoprotein  25.95 
 
 		 330 aa  62  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0683316 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4038  ApbE family lipoprotein  28.02 
 
 		 386 aa  61.2  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.618341  normal  0.564525 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0234  ApbE family protein  29.7 
 
 		 325 aa  60.5  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0166965  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1601  ApbE family lipoprotein  25.52 
 
 		 341 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0279572  normal  0.0160847 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14840  ApbE family lipoprotein  25.35 
 
 		 360 aa  60.5  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.173743  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1595  ApbE/NosX family protein  30.14 
 
 		 344 aa  60.1  0.00000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000126725  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1366  thiamine biosynthesis APBE transmembrane protein  30.52 
 
 		 340 aa  60.1  0.00000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4919  membrane-associated ApbE-like lipoprotein  30.23 
 
 		 340 aa  59.7  0.00000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0104223 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2151  ApbE family lipoprotein  28.57 
 
 		 300 aa  60.1  0.00000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0607428  normal  0.340699 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2253  ApbE family protein  29.46 
 
 		 291 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1244  ApbE family lipoprotein  25.12 
 
 		 348 aa  59.3  0.00000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.462864  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1575  ApbE-like lipoprotein  27.69 
 
 		 350 aa  59.3  0.00000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1338  ApbE family lipoprotein  25.81 
 
 		 339 aa  58.9  0.00000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.337899  unclonable  0.00000141849 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1504  ApbE family lipoprotein  26.84 
 
 		 366 aa  58.5  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00453066  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2356  ApbE family lipoprotein  26.56 
 
 		 332 aa  58.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1569  ApbE family protein  27.02 
 
 		 306 aa  57.4  0.0000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.339212  normal  0.0160978 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1484  ApbE family lipoprotein  27.27 
 
 		 369 aa  57.8  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0759035 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0988  ApbE-like lipoprotein  25.27 
 
 		 370 aa  57.8  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000151305  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0353  ApbE family lipoprotein  31.27 
 
 		 350 aa  57.8  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.315811  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1746  thiamine biosynthesis membrane-associated lipoprotein  24.2 
 
 		 308 aa  57.8  0.0000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000000775168  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2533  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  24.51 
 
 		 341 aa  57.8  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3233  ApbE family lipoprotein  28.46 
 
 		 344 aa  57.4  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000188784  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0510  ApbE family lipoprotein  24.8 
 
 		 353 aa  57.8  0.0000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00242012  hitchhiker  0.000000000324218 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2326  ApbE family protein  28.78 
 
 		 352 aa  57  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.211712  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0673  ApbE family lipoprotein  25 
 
 		 345 aa  56.6  0.0000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.38992  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0752  ApbE family lipoprotein  26.27 
 
 		 344 aa  57  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1178  ApbE family protein  23.64 
 
 		 299 aa  56.6  0.0000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00023385 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2906  ApbE family lipoprotein  41.1 
 
 		 347 aa  56.6  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5388  ApbE-like lipoprotein  32.05 
 
 		 329 aa  56.2  0.0000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4467  ApbE family lipoprotein  23.28 
 
 		 309 aa  56.2  0.0000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  26.56 
 
 		 355 aa  55.8  0.0000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1478  thiamine biosynthesis lipoprotein  28.64 
 
 		 357 aa  55.8  0.0000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000175227  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002713  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  24.16 
 
 		 334 aa  55.8  0.0000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3863  ApbE-like lipoprotein  25.32 
 
 		 349 aa  55.5  0.0000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3636  ApbE-like lipoprotein  35.25 
 
 		 340 aa  55.5  0.0000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2084  ApbE family lipoprotein  26.2 
 
 		 275 aa  55.5  0.0000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.107249  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1826  ApbE family lipoprotein  27.65 
 
 		 300 aa  55.5  0.0000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000850306  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1109  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  24.59 
 
 		 347 aa  55.5  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3557  ApbE family lipoprotein  24.9 
 
 		 348 aa  55.1  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0055272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2816  ApbE-like lipoprotein  34.53 
 
 		 338 aa  55.1  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0587  hypotehtical protein  24.35 
 
 		 342 aa  55.1  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3360  ApbE family lipoprotein  24.9 
 
 		 348 aa  55.1  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00766501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3432  ApbE family lipoprotein  24.9 
 
 		 348 aa  55.1  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0771789  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1803  thiamine biosynthesis lipoprotein  22.89 
 
 		 349 aa  55.1  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0930  ApbE family lipoprotein  24.9 
 
 		 348 aa  55.1  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.67844  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1919  ApbE family lipoprotein  27.08 
 
 		 301 aa  54.3  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000213083  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3991  ApbE family lipoprotein  31.25 
 
 		 341 aa  54.3  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1342  ApbE family lipoprotein  30.18 
 
 		 344 aa  54.7  0.000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.00000274029  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1651  ApbE family lipoprotein  27.65 
 
 		 306 aa  54.3  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>