89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1778 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_1778  copper resistance B precursor  100 
 
 
332 aa  679    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.104151  normal  0.145157 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5337  copper resistance B precursor  90.66 
 
 
324 aa  617  1e-176  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.931181  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1720  copper resistance B precursor  90.96 
 
 
324 aa  620  1e-176  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.099384  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1839  copper resistance B precursor  80.94 
 
 
429 aa  478  1e-134  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.425584  hitchhiker  0.0000315743 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0657  copper resistance protein B  73.51 
 
 
346 aa  477  1e-133  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5101  copper resistance B precursor  79.86 
 
 
421 aa  470  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.082477 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6113  Cu(II)/Cu(I) resistance outer membrane protein CopB  74.82 
 
 
495 aa  452  1.0000000000000001e-126  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.109399  normal  0.679723 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5670  copper resistance protein B  71.23 
 
 
360 aa  424  1e-117  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.366564  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2488  copper resistance B precursor  60.88 
 
 
337 aa  393  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.519855  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2339  copper resistance B precursor  66.67 
 
 
343 aa  342  5e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.254235  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1234  copper resistance B precursor  56.21 
 
 
326 aa  340  2e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0449  copper resistance B precursor  55.9 
 
 
326 aa  338  9.999999999999999e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.835872  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1325  copper resistance protein B  58.36 
 
 
288 aa  317  2e-85  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.282385  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3256  copper resistance B precursor  48.44 
 
 
318 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.27948  normal  0.22863 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1946  putative copper resistance protein B  51.7 
 
 
287 aa  281  1e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.300672  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1267  copper resistance B precursor  50.59 
 
 
303 aa  243  1.9999999999999999e-63  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00955945  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0013  copper resistance B precursor  45.16 
 
 
371 aa  232  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.188743  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0015  copper resistance B precursor  45.16 
 
 
371 aa  232  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0966383  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0013  copper resistance B precursor  45.16 
 
 
371 aa  232  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.001908  normal  0.0882664 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5379  copper resistance B precursor  45.68 
 
 
369 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.486591 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1494  copper resistance B precursor  44.44 
 
 
312 aa  226  3e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.196943  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5182  copper resistance B precursor  43.77 
 
 
371 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.336515  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3811  copper resistance B precursor  43.93 
 
 
301 aa  223  4e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.992888  normal  0.848683 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2217  copper resistance B precursor  41.89 
 
 
363 aa  218  1e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0429936  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37810  copper resistance protein B precursor  41.06 
 
 
351 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0815776  normal  0.208347 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0573  copper resistance B precursor  42.8 
 
 
311 aa  215  8e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.972949 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3232  copper resistance protein B  40.19 
 
 
397 aa  212  7e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.197761  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0273  copper resistance B precursor  46.67 
 
 
274 aa  209  4e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.500422  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5375  copper resistance B precursor  42.18 
 
 
306 aa  203  3e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.357667 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1712  copper resistance B precursor  41.95 
 
 
288 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.322874  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2457  copper resistance B precursor  40.6 
 
 
323 aa  200  3e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.379097  normal  0.733317 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1970  copper resistance B precursor  47.32 
 
 
237 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4288  copper resistance B precursor  47.32 
 
 
237 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.28688  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0250  copper resistance B precursor  47.32 
 
 
237 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3545  copper resistance B precursor  52.46 
 
 
237 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0320075  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3106  copper resistance B precursor  41.32 
 
 
341 aa  194  1e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.37471  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3915  copper resistance protein B  41.44 
 
 
258 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1482  copper resistance B precursor  48.83 
 
 
272 aa  193  3e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000648661 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1570  copper resistance B precursor  39.48 
 
 
302 aa  188  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.729928  normal  0.0120943 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3415  copper resistance B precursor  46.12 
 
 
298 aa  183  3e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0202  copper resistance B precursor  46.83 
 
 
260 aa  181  1e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00270  Copper resistance B precursor  37.32 
 
 
323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03131  copper resistance protein B  37.61 
 
 
368 aa  172  5e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2930  copper resistance B precursor  35.28 
 
 
347 aa  166  6.9999999999999995e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1827  copper resistance B precursor  36.4 
 
 
291 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.193991  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1708  copper resistance B precursor  39.82 
 
 
237 aa  163  3e-39  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00160337  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2220  copper resistance B precursor  38.99 
 
 
341 aa  162  9e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.205984  normal  0.780487 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2205  copper resistance B precursor  42.67 
 
 
262 aa  160  3e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1376  copper resistance B precursor  39.37 
 
 
247 aa  159  6e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.379919  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0381  copper resistance B precursor  37.61 
 
 
353 aa  158  9e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2204  copper resistance protein B, putative  41.06 
 
 
294 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2630  copper resistance B precursor  39.53 
 
 
313 aa  158  1e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.879879  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0189  putative copper resistance protein CopB precursor  38.79 
 
 
260 aa  155  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2351  copper resistance B precursor  39.51 
 
 
398 aa  154  2e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2135  copper resistance B precursor  33.81 
 
 
351 aa  151  1e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2421  copper resistance B precursor  31.7 
 
 
403 aa  151  2e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.754821 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1574  copper resistance B precursor  44.69 
 
 
235 aa  149  7e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2115  copper resistance B precursor  40.58 
 
 
235 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0696  putative copper-resistance protein CopB  35.59 
 
 
384 aa  145  8.000000000000001e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000706782  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0093  copper resistance B precursor  31.8 
 
 
314 aa  144  2e-33  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0785  copper resistance B precursor  36.82 
 
 
321 aa  143  4e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.969863  normal  0.401852 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0711  copper resistance B precursor  33.77 
 
 
354 aa  142  9.999999999999999e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.136599 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4396  copper resistance B precursor  36.36 
 
 
256 aa  141  1.9999999999999998e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.523353  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2491  copper resistance B precursor  35.02 
 
 
305 aa  139  6e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.853934 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3622  copper resistance B precursor  35.02 
 
 
305 aa  139  6e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0109  copper resistance protein B precursor  36.59 
 
 
289 aa  136  5e-31  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4266  copper resistance B precursor  38.94 
 
 
249 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.852956  decreased coverage  0.00992965 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00404  hypothetical protein  36.74 
 
 
235 aa  133  3.9999999999999996e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0347  copper resistance B precursor  36.02 
 
 
236 aa  132  1.0000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.515255 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1590  copper-resistance protein CopB  35.27 
 
 
339 aa  117  3e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000266353  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0127  copper resistance B precursor  36.69 
 
 
246 aa  110  3e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2219  CopA family copper resistance protein  79.41 
 
 
604 aa  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00411811  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0014  hypothetical protein  77.78 
 
 
113 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00739134  normal  0.0662412 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0016  hypothetical protein  77.78 
 
 
107 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.157597  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0014  hypothetical protein  77.78 
 
 
113 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.204027  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5181  hypothetical protein  69.7 
 
 
107 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.385313  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5180  CopA family copper resistance protein  70.97 
 
 
605 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.116065  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0015  CopA family copper resistance protein  77.78 
 
 
671 aa  46.2  0.0007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.156592  normal  0.0651456 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2345  hypothetical protein  22.68 
 
 
1064 aa  46.6  0.0007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0574  CopA family copper resistance protein  80.77 
 
 
619 aa  46.2  0.0008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.906058 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0015  CopA family copper resistance protein  77.78 
 
 
652 aa  46.2  0.0008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.275431  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0017  CopA family copper resistance protein  77.78 
 
 
652 aa  46.2  0.0008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0816359  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3999  multicopper oxidase  75 
 
 
539 aa  45.4  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2338  CopA family copper resistance protein  76.92 
 
 
626 aa  45.4  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5380  copper resistance protein A  74.07 
 
 
669 aa  45.1  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.537951 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1713  CopA family copper resistance protein  70.37 
 
 
580 aa  45.1  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.476004  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0126  CopA family copper resistance protein  62.16 
 
 
569 aa  44.7  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0800  copper resistance protein B  22.4 
 
 
803 aa  43.9  0.004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1493  twin-arginine translocation pathway signal:copper-resistance protein CopA  57.89 
 
 
606 aa  43.9  0.004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>