More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1443 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_1443  gluconate 5-dehydrogenase  100 
 
 
260 aa  519  1e-146  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325951  normal  0.0253033 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1484  gluconate 5-dehydrogenase  99.23 
 
 
260 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0155973  normal  0.0417322 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1763  gluconate 5-dehydrogenase  95.38 
 
 
260 aa  498  1e-140  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.262128 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1409  gluconate 5-dehydrogenase  85.38 
 
 
260 aa  457  9.999999999999999e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1851  gluconate 5-dehydrogenase  83.08 
 
 
260 aa  446  1.0000000000000001e-124  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.198252 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.12 
 
 
259 aa  389  1e-107  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2493  gluconate 5-dehydrogenase  73.26 
 
 
274 aa  386  1e-106  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2567  gluconate 5-dehydrogenase  72.09 
 
 
267 aa  385  1e-106  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0700463  normal  0.82906 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1844  gluconate 5-dehydrogenase  70.93 
 
 
263 aa  380  1e-104  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.250447  normal  0.553466 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2873  gluconate 5-dehydrogenase  69.38 
 
 
263 aa  367  1e-100  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2353  gluconate 5-dehydrogenase  68.99 
 
 
262 aa  363  1e-99  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2919  gluconate 5-dehydrogenase  67.05 
 
 
264 aa  360  1e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1695  gluconate 5-dehydrogenase  69.77 
 
 
263 aa  353  1e-96  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.443892 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2008  gluconate 5-dehydrogenase  69.77 
 
 
263 aa  353  1e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.30693  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3360  gluconate 5-dehydrogenase  69.77 
 
 
263 aa  352  2.9999999999999997e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.319469  normal  0.757652 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.26 
 
 
258 aa  331  9e-90  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.18 
 
 
257 aa  328  4e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0441783  normal  0.700268 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.38 
 
 
258 aa  317  1e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.063344  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2403  gluconate 5-dehydrogenase  61.09 
 
 
258 aa  314  7e-85  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.525317  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.59 
 
 
257 aa  301  1e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4004  gluconate 5-dehydrogenase  56.37 
 
 
267 aa  280  2e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  50.4 
 
 
259 aa  260  2e-68  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2306  gluconate 5-dehydrogenase  55.29 
 
 
262 aa  257  1e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00833457 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  48.4 
 
 
260 aa  254  8e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.79 
 
 
257 aa  240  2e-62  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000174096  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2333  gluconate 5-dehydrogenase  45.38 
 
 
259 aa  218  7.999999999999999e-56  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.885017  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2231  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 
257 aa  209  5e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000702714  hitchhiker  0.00000000852913 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1322  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.83 
 
 
249 aa  206  3e-52  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.293946 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.75 
 
 
255 aa  202  5e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.3 
 
 
257 aa  196  3e-49  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.85 
 
 
255 aa  193  2e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000026464  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2389  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.86 
 
 
255 aa  192  3e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.75 
 
 
264 aa  192  4e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0246  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.4 
 
 
255 aa  190  2e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6105  short-chain dehydrogenase/reductase  40.54 
 
 
265 aa  189  2.9999999999999997e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.542291  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.91 
 
 
284 aa  189  4e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.795257  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.91 
 
 
284 aa  189  4e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.459641  normal  0.940814 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2652  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.91 
 
 
284 aa  189  5e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.690053  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07750  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  38.85 
 
 
252 aa  189  5.999999999999999e-47  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.370743 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.77 
 
 
255 aa  186  4e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.157032 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
256 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  41.34 
 
 
254 aa  182  6e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.94 
 
 
254 aa  181  1e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.61 
 
 
255 aa  181  1e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
257 aa  179  5.999999999999999e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1575  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.02 
 
 
263 aa  178  7e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.993819  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
259 aa  177  1e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1591  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.53 
 
 
265 aa  177  2e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.222007  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.15 
 
 
253 aa  177  2e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.044107  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3982  short chain dehydrogenase  39.25 
 
 
260 aa  176  3e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0357942 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3842  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
260 aa  176  3e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0083213  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.67 
 
 
247 aa  175  5e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0947  gluconate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  40.16 
 
 
258 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.815693 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.74 
 
 
248 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.23 
 
 
258 aa  174  9.999999999999999e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0894  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.87 
 
 
266 aa  174  9.999999999999999e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1187  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
256 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.206395 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  36.68 
 
 
257 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.45 
 
 
260 aa  174  1.9999999999999998e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.379733  normal  0.717658 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.54 
 
 
257 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29820  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  40.38 
 
 
261 aa  172  3.9999999999999995e-42  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3003  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.3 
 
 
257 aa  172  5e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.605713  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.93 
 
 
256 aa  171  7.999999999999999e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
259 aa  171  9e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
254 aa  171  1e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.87 
 
 
255 aa  170  2e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710312  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.48 
 
 
246 aa  170  2e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00784  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_1G14540)  36.94 
 
 
281 aa  169  3e-41  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1050  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.67 
 
 
253 aa  169  3e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.150046 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7084  gluconate 5-dehydrogenase  38.43 
 
 
255 aa  169  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13330  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  41.06 
 
 
263 aa  170  3e-41  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.350601  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05637  short chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_4G13550)  36.54 
 
 
262 aa  169  4e-41  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.35699  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3893  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.08 
 
 
246 aa  169  4e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3865  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.08 
 
 
246 aa  169  5e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.78131e-47 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3702  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.08 
 
 
246 aa  169  5e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.852261  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3592  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.08 
 
 
246 aa  169  5e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3610  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.08 
 
 
246 aa  169  5e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2503  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.1 
 
 
246 aa  169  5e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000353478  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3989  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.08 
 
 
246 aa  169  5e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0408742  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.01 
 
 
257 aa  169  6e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.313012  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
252 aa  168  7e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
252 aa  168  7e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1283  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  36.61 
 
 
258 aa  168  8e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000166105  normal  0.890214 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3674  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.29 
 
 
246 aa  167  1e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.119797  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1293  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.29 
 
 
246 aa  167  1e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.252649  hitchhiker  0.0000000000000846656 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0751  putative short-chain dehydrogenase/reductase (SDR)  41.7 
 
 
269 aa  167  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3899  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.68 
 
 
246 aa  167  1e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000498723  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3568  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
253 aa  167  2e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_61314  peroxisomal 2,4- dienoyl-CoA reductase  36.68 
 
 
269 aa  167  2e-40  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.35804  normal  0.723211 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.71 
 
 
245 aa  167  2e-40  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3950  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.29 
 
 
246 aa  167  2e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9124  gluconate 5-dehydrogenase  37.45 
 
 
256 aa  166  2e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.991877  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
257 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.105018 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0099  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.25 
 
 
257 aa  166  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.338158 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4511  gluconate 5-dehydrogenase  35.27 
 
 
254 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46750  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.02 
 
 
257 aa  165  5e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.658343  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0246  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.54 
 
 
268 aa  165  5e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0330322 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20270  beta-ketoacyl reductase  39.38 
 
 
256 aa  166  5e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.483952 
 
 
-
 
NC_002936  DET1277  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  38.43 
 
 
247 aa  165  6.9999999999999995e-40  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.038158  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3524  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.23 
 
 
272 aa  165  9e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.382394  normal  0.103507 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>