More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1323 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_1323  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 300 aa  609  1e-173  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1387  transcriptional regulator, LysR family  96.33 
 
 		 300 aa  587  1e-167  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0754648  normal  0.547143 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3252  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  67.79 
 
 		 302 aa  424  1e-118  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000563268 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0969  LysR family substrate binding transcriptional regulator  67.79 
 
 		 302 aa  424  1e-118  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1021  LysR family transcriptional regulator  67.79 
 
 		 302 aa  424  1e-117  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3839  LysR family transcriptional regulator  67.24 
 
 		 302 aa  419  1e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3488  transcriptional regulator, LysR family  64.31 
 
 		 302 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3627  transcriptional regulator, LysR family  64.12 
 
 		 305 aa  403  1e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  64.51 
 
 		 317 aa  396  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.929586 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2447  transcriptional regulator, LysR family  66.55 
 
 		 294 aa  390  1e-107  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.707294  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0056  putative transcriptional regulator  62.08 
 
 		 306 aa  365  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00680  LysR family transcriptional regulator  61.74 
 
 		 306 aa  364  1e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2349  transcriptional regulator, LysR family  60.75 
 
 		 302 aa  355  5e-97  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  57.88 
 
 		 309 aa  344  8.999999999999999e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3163  LysR family transcriptional regulator  54.69 
 
 		 314 aa  343  2e-93  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1207  transcriptional regulator, LysR family  54.69 
 
 		 314 aa  342  5.999999999999999e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3307  LysR family transcriptional regulator  54.69 
 
 		 314 aa  341  7e-93  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0110166 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3164  LysR family transcriptional regulator  54.69 
 
 		 314 aa  341  8e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2782  LysR family transcriptional regulator  54.37 
 
 		 320 aa  339  2.9999999999999998e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0196765  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1091  LysR family transcriptional regulator  55.78 
 
 		 307 aa  337  9.999999999999999e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1157  LysR family transcriptional regulator  55.78 
 
 		 307 aa  337  9.999999999999999e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.24522 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1091  LysR family transcriptional regulator  55.12 
 
 		 307 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.93926 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  55.03 
 
 		 301 aa  333  2e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3473  LysR family transcriptional regulator  53.8 
 
 		 307 aa  332  4e-90  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  57.58 
 
 		 299 aa  332  6e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  54.95 
 
 		 320 aa  331  7.000000000000001e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  56.9 
 
 		 299 aa  329  3e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  56.9 
 
 		 299 aa  329  3e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  56.9 
 
 		 299 aa  329  3e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  56.57 
 
 		 299 aa  329  4e-89  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  56.57 
 
 		 299 aa  329  4e-89  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  56.57 
 
 		 299 aa  329  4e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  56.57 
 
 		 299 aa  329  4e-89  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1031  LysR family transcriptional regulator  54.36 
 
 		 302 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  53.36 
 
 		 302 aa  324  1e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  53.36 
 
 		 302 aa  323  2e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  52.86 
 
 		 302 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  53.24 
 
 		 309 aa  311  1e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1852  transcriptional regulator, LysR family  50.87 
 
 		 296 aa  288  1e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.387981  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1264  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  47.4 
 
 		 335 aa  281  7.000000000000001e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4777  LysR family transcriptional regulator  45.27 
 
 		 299 aa  260  2e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2042  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 297 aa  258  6e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.579809 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1807  LysR family transcriptional regulator  45.73 
 
 		 305 aa  236  4e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.625247  normal  0.540771 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000935  LysR-family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 295 aa  235  8e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0375861  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8728  transcriptional regulator, LysR family  45.33 
 
 		 304 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3037  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 299 aa  213  1.9999999999999998e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.585683 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  41.44 
 
 		 293 aa  206  3e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 335 aa  202  5e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 309 aa  202  6e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 306 aa  201  9e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  40.34 
 
 		 306 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 303 aa  199  3e-50  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5143  transcriptional regulator, LysR family  40.4 
 
 		 305 aa  199  6e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 303 aa  198  9e-50  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 322 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  38.44 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 306 aa  196  3e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 303 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  37.04 
 
 		 302 aa  195  9e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.9 
 
 		 307 aa  192  5e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5787  transcriptional regulator, LysR family  39.2 
 
 		 308 aa  191  9e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.59 
 
 		 295 aa  191  9e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0186  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 307 aa  190  2e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 297 aa  191  2e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 313 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  38.16 
 
 		 309 aa  189  5e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 313 aa  189  7e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3304  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 306 aa  188  7e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0406781  hitchhiker  0.00949003 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 322 aa  188  8e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3303  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 298 aa  188  1e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  35.55 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3222  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 302 aa  186  4e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  34.92 
 
 		 300 aa  186  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  37.58 
 
 		 299 aa  186  4e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 305 aa  186  5e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4929  transcriptional regulator, LysR family  36.55 
 
 		 301 aa  185  7e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00665073  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 303 aa  185  7e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 297 aa  185  1.0000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11490  Transcriptional regulator, LysR family  40.79 
 
 		 327 aa  184  2.0000000000000003e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.135778  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2449  transcriptional regulator, LysR family  36.91 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00856544  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3332  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0789426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 304 aa  183  3e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3630  transcriptional regulator, LysR family  37.85 
 
 		 300 aa  183  3e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0606  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 300 aa  183  3e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1865  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 313 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000631239 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3953  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 300 aa  182  5.0000000000000004e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3688  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 300 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1113  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 318 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.293194 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1428  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 313 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.986267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1450  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 313 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.135059  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0968  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 313 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4595  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 313 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.489457  normal  0.672145 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3512  transcriptional regulator  37.72 
 
 		 300 aa  181  9.000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 299 aa  181  9.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  35.17 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2893  LysR, substrate-binding  35.99 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3812  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3160  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 316 aa  181  2e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>