46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1039 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2536  Carbohydrate-selective porin OprB  71.1 
 
 		 498 aa  652    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.761533 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1131  Carbohydrate-selective porin OprB  98.88 
 
 		 446 aa  902    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.778341 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1195  hypothetical protein  80 
 
 		 501 aa  709    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.282348  normal  0.538855 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1039  Carbohydrate-selective porin OprB  100 
 
 		 462 aa  944    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.661938 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4992  Carbohydrate-selective porin OprB  70.86 
 
 		 498 aa  650    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000230615  hitchhiker  0.00966153 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7274  hypothetical protein  55.93 
 
 		 693 aa  461  1e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1454  hypothetical protein  52.29 
 
 		 665 aa  449  1e-125  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3415  putative outer membrane protein of unknown function  52.3 
 
 		 680 aa  441  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154801  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4249  Carbohydrate-selective porin OprB  50.48 
 
 		 670 aa  424  1e-117  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3564  carbohydrate-selective porin OprB  48.57 
 
 		 724 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  47.78 
 
 		 710 aa  392  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  47.92 
 
 		 661 aa  388  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  47.8 
 
 		 689 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1552  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  46.65 
 
 		 598 aa  377  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0187168  normal  0.160619 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  46.62 
 
 		 662 aa  372  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0329  carbohydrate-selective porin OprB  45.45 
 
 		 674 aa  365  1e-100  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  45.89 
 
 		 692 aa  355  7.999999999999999e-97  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1665  Carbohydrate-selective porin OprB  44.79 
 
 		 482 aa  347  3e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2951  Carbohydrate-selective porin OprB  44.79 
 
 		 482 aa  347  3e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3166  Carbohydrate-selective porin OprB  44.79 
 
 		 482 aa  344  2e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.390986  hitchhiker  0.000000000149961 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1590  Carbohydrate-selective porin OprB  41.99 
 
 		 476 aa  344  2e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0352  carbohydrate-selective porin OprB  40.73 
 
 		 492 aa  341  1e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0411  hypothetical protein  41.63 
 
 		 499 aa  342  1e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3804  carbohydrate-selective porin OprB  43.27 
 
 		 708 aa  336  5.999999999999999e-91  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0335542 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1331  carbohydrate-selective porin OprB  41.59 
 
 		 494 aa  331  2e-89  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2010  carbohydrate-selective porin OprB  44.21 
 
 		 703 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.10211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1972  Carbohydrate-selective porin OprB  44.42 
 
 		 703 aa  327  3e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0983998 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2286  Carbohydrate-selective porin OprB  44.21 
 
 		 703 aa  325  7e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.725177 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3545  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  44 
 
 		 437 aa  320  1.9999999999999998e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.339839 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6797  Carbohydrate-selective porin OprB  38.93 
 
 		 458 aa  298  2e-79  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0647  Carbohydrate-selective porin OprB  41.29 
 
 		 472 aa  296  5e-79  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4280  carbohydrate-selective porin OprB  40.94 
 
 		 478 aa  296  6e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0703  carbohydrate-selective porin OprB  39.57 
 
 		 471 aa  293  5e-78  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2120  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  34.93 
 
 		 490 aa  242  1e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0794  Carbohydrate-selective porin OprB  29.89 
 
 		 473 aa  170  6e-41  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.00000000000421873  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1395  Carbohydrate-selective porin OprB  29.5 
 
 		 471 aa  169  8e-41  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.567539  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS06177  hypothetical protein  43.94 
 
 		 116 aa  57  0.0000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3768  Carbohydrate-selective porin OprB  22.42 
 
 		 476 aa  52.4  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4912  Carbohydrate-selective porin OprB  24.12 
 
 		 456 aa  50.4  0.00006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00363735  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3835  Carbohydrate-selective porin OprB  24.12 
 
 		 456 aa  50.4  0.00006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.899229 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1632  putative porin B precursor outer (glucose porin) transmembrane protein  27.46 
 
 		 456 aa  49.7  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3661  Carbohydrate-selective porin OprB  23.08 
 
 		 476 aa  48.9  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2156  carbohydrate-selective porin OprB  30.56 
 
 		 478 aa  47  0.0008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0904  Carbohydrate-selective porin OprB  28.36 
 
 		 481 aa  45.4  0.002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0673705 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1112  hypothetical protein  20.75 
 
 		 490 aa  45.4  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.503741  normal  0.220663 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2998  Carbohydrate-selective porin OprB  27.87 
 
 		 534 aa  44.3  0.005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0740005 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>