More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1034 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009379  Pnuc_1305  UvrD/REP helicase  37.21 
 
 		 1185 aa  674    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.737945  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1190  hypothetical protein  83.35 
 
 		 1177 aa  1921    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1034  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 1173 aa  2341    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0891257  normal  0.693052 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0641  UvrD/REP helicase  36.97 
 
 		 1173 aa  676    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0566745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2114  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  55.1 
 
 		 1197 aa  1127    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1126  UvrD/REP helicase  93.09 
 
 		 1173 aa  2158    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.443367 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2131  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit A  55.86 
 
 		 1187 aa  1120    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.564437  normal  0.516906 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0033  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  38.93 
 
 		 1089 aa  577  1.0000000000000001e-163  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.115384 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2265  UvrD/REP helicase  33.98 
 
 		 1095 aa  473  1.0000000000000001e-131  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1285  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  37.34 
 
 		 1086 aa  468  9.999999999999999e-131  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.196421  normal  0.100578 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2124  UvrD/REP helicase  35.95 
 
 		 1147 aa  469  9.999999999999999e-131  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2193  UvrD/REP helicase  33.11 
 
 		 1103 aa  417  9.999999999999999e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2641  UvrD/REP helicase  33.28 
 
 		 1168 aa  414  1e-114  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0136938 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2325  UvrD/REP helicase  31.88 
 
 		 1087 aa  416  1e-114  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293004  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1503  UvrD/REP helicase  33.62 
 
 		 1101 aa  391  1e-107  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.699543  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0648  UvrD/REP helicase  32.92 
 
 		 1140 aa  381  1e-104  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.464664  normal  0.326348 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2355  UvrD/REP helicase  33.7 
 
 		 1101 aa  378  1e-103  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2896  UvrD/REP helicase  33.71 
 
 		 1165 aa  379  1e-103  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.522615  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3242  double-strand break repair helicase AddA  30.79 
 
 		 1189 aa  254  7e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2020  double-strand break repair helicase AddA  27.99 
 
 		 1180 aa  254  1e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.411715  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2103  UvrD/Rep family helicase  27.91 
 
 		 1180 aa  251  6e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.664576  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0138  double-strand break repair helicase AddA  28.09 
 
 		 1156 aa  244  5e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.727377 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0817  double-strand break repair helicase AddA  28.66 
 
 		 1180 aa  244  5e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3434  UvrD/REP helicase  29.85 
 
 		 1187 aa  241  6.999999999999999e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0056  ATP-dependant DNA helicase  29.4 
 
 		 1182 aa  240  9e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1357  double-strand break repair helicase AddA  27.43 
 
 		 1155 aa  235  4.0000000000000004e-60  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2794  UvrD-like DNA helicase domain-containing protein  30.5 
 
 		 1124 aa  232  4e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.370193 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3959  double-strand break repair helicase AddA  27.7 
 
 		 1183 aa  231  6e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3581  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  28.29 
 
 		 1177 aa  231  6e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4286  double-strand break repair helicase AddA  28.01 
 
 		 1183 aa  230  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.564831 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0086  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  27.88 
 
 		 1183 aa  227  1e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0090  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  28.17 
 
 		 1156 aa  226  2e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195606  normal  0.386807 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2175  double-strand break repair helicase AddA  27.38 
 
 		 1164 aa  223  1.9999999999999999e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.997727 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0058  UvrD/REP helicase  27.21 
 
 		 1162 aa  220  1e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.106754  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1527  UvrD/Rep family helicase  28.44 
 
 		 1106 aa  219  2.9999999999999998e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.529663  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1412  double-strand break repair helicase AddA  27.58 
 
 		 1151 aa  218  5.9999999999999996e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0077  double-strand break repair helicase AddA  30.44 
 
 		 1161 aa  217  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.458203  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0202  UvrD/REP helicase  28.58 
 
 		 1159 aa  214  5.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2951  UvrD-like DNA helicase, C terminal  28.33 
 
 		 1119 aa  214  7.999999999999999e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0785704  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0387  UvrD/REP helicase  29.93 
 
 		 1164 aa  211  7e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.625573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4853  double-strand break repair helicase AddA  28.37 
 
 		 1157 aa  210  1e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.744046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0629  UvrD/REP helicase  27.85 
 
 		 1161 aa  210  1e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.590503 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0178  UvrD-like DNA helicase, C terminal  28.31 
 
 		 1106 aa  206  2e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.124424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2846  UvrD/REP helicase  28.21 
 
 		 1121 aa  204  8e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.347056 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0157  UvrD/REP helicase  27.77 
 
 		 1166 aa  196  2e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.271961  normal  0.551574 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3438  double-strand break repair helicase AddA  26.75 
 
 		 1125 aa  195  4e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4954  double-strand break repair helicase AddA  29.34 
 
 		 1147 aa  194  8e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.218744 
 
 
-
 
NC_002978  WD0359  UvrD/Rep/AddA family helicase  23.3 
 
 		 1089 aa  185  5.0000000000000004e-45  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1997  UvrD/REP helicase  27.51 
 
 		 1161 aa  180  2e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283179  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1295  double-strand break repair helicase AddA  29.72 
 
 		 1185 aa  179  3e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4904  double-strand break repair helicase AddA  28.33 
 
 		 1147 aa  174  1e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.921527 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1322  hypothetical protein  26.85 
 
 		 1057 aa  173  2e-41  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1610  double-strand break repair helicase AddA  29.27 
 
 		 1157 aa  172  4e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4440  double-strand break repair helicase AddA  28.77 
 
 		 1147 aa  171  5e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.548671  normal  0.292809 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1997  UvrD/REP helicase  26.37 
 
 		 1110 aa  166  2.0000000000000002e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469294  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1498  UvrD/REP helicase  30.87 
 
 		 1080 aa  165  6e-39  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3105  UvrD/REP helicase  27 
 
 		 1047 aa  165  6e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.224612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0387  ATP-dependent DNA helicase UvrD  21.64 
 
 		 860 aa  164  1e-38  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0629  UvrD/REP helicase  21.64 
 
 		 854 aa  154  7e-36  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1708  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  30 
 
 		 1118 aa  149  3e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0037  UvrD/REP helicase  26.57 
 
 		 1115 aa  149  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1357  UvrD/REP helicase  33.92 
 
 		 1196 aa  148  6e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1805  UvrD/REP helicase  30.15 
 
 		 1184 aa  148  6e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1375  UvrD/REP helicase family protein  24.44 
 
 		 1110 aa  146  2e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.134048  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5412  UvrD/REP helicase  28.34 
 
 		 1117 aa  144  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1315  ATP-dependent nuclease subunit A  24.34 
 
 		 1110 aa  143  1.9999999999999998e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2985  UvrD/REP helicase  26.72 
 
 		 1131 aa  143  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.105436  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0025  recombination helicase AddA  22.45 
 
 		 1270 aa  143  1.9999999999999998e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0025  ATP-dependent nuclease, subunit A  22.54 
 
 		 1271 aa  140  1e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0551  UvrD/REP helicase  26.46 
 
 		 1149 aa  139  2e-31  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0345301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0988  UvrD/REP helicase  29.78 
 
 		 1146 aa  139  4e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.181635  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2039  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  23.01 
 
 		 1251 aa  134  1.0000000000000001e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0004  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  23.01 
 
 		 1203 aa  134  1.0000000000000001e-29  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1751  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  31.33 
 
 		 1129 aa  133  2.0000000000000002e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.910924 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1855  recombination helicase AddA  25.07 
 
 		 1282 aa  130  2.0000000000000002e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0546193 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1481  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  26.99 
 
 		 1230 aa  129  3e-28  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1774  recombination helicase AddA  23.14 
 
 		 1248 aa  128  6e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0910  putative recombination protein RecB  27.07 
 
 		 933 aa  127  2e-27  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.646697  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1341  UvrD/REP helicase  31.7 
 
 		 1195 aa  126  3e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.638227  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1248  Exodeoxyribonuclease V  30.02 
 
 		 833 aa  125  5e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.637879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1893  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.14 
 
 		 1200 aa  125  7e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000174869 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1041  recombination helicase AddA  25.85 
 
 		 1241 aa  122  3e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.552246  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1681  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  23.97 
 
 		 1217 aa  123  3e-26  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0874  exonuclease RexA  23.41 
 
 		 1207 aa  122  3.9999999999999996e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.149314  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3377  double-strand break repair helicase AddA  29.57 
 
 		 1165 aa  122  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.291395  normal  0.767589 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2832  recombination helicase AddA  25.8 
 
 		 1392 aa  121  7e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0782  UvrD/REP helicase  28.08 
 
 		 1107 aa  119  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.685172  normal  0.12668 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1061  ATP-dependent nuclease subunit A  25.5 
 
 		 1241 aa  119  3.9999999999999997e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1142  ATP-dependent nuclease subunit A  25.5 
 
 		 1241 aa  119  3.9999999999999997e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1157  hypothetical protein  26.25 
 
 		 1061 aa  119  3.9999999999999997e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1220  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.38 
 
 		 1240 aa  118  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1245  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.5 
 
 		 1241 aa  118  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1041  ATP-dependent nuclease, subunit A  26.13 
 
 		 1241 aa  118  7.999999999999999e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1193  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.21 
 
 		 1241 aa  118  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4180  Exodeoxyribonuclease V  25.21 
 
 		 1073 aa  117  1.0000000000000001e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0648836 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0085  ATP-dependent DNA helicase UvrD  25.84 
 
 		 1139 aa  117  1.0000000000000001e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1039  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.83 
 
 		 1241 aa  117  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1297  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.46 
 
 		 1241 aa  117  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1697  UvrD/REP helicase  28.1 
 
 		 1182 aa  116  3e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1757  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.54 
 
 		 1320 aa  115  4.0000000000000004e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>