More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0945 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  100 
 
 
251 aa  502  1e-141  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1010  GntR domain protein  93.63 
 
 
251 aa  474  1e-133  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  73.66 
 
 
255 aa  352  5e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  57.09 
 
 
247 aa  262  4e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  56.28 
 
 
247 aa  259  3e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  57.59 
 
 
253 aa  257  2e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2141  GntR domain-containing protein  54.51 
 
 
253 aa  253  2e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4276  GntR family transcriptional regulator  54.1 
 
 
253 aa  251  8e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0786169  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1043  GntR domain-containing protein  54.1 
 
 
253 aa  249  2e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1046  GntR domain-containing protein  54.1 
 
 
253 aa  249  3e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1164  GntR domain-containing protein  53.14 
 
 
249 aa  243  2e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0685  GntR-like  53.14 
 
 
249 aa  243  2e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1140  GntR domain-containing protein  53.14 
 
 
249 aa  243  2e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2589  GntR family transcriptional regulator  53.69 
 
 
270 aa  238  6e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000313005  normal  0.0123827 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  49.8 
 
 
249 aa  236  3e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  50.84 
 
 
249 aa  233  3e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3305  GntR family transcriptional regulator  52.19 
 
 
251 aa  227  1e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0823  GntR family transcriptional regulator  50.85 
 
 
274 aa  227  1e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691508  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1795  GntR domain protein  53.54 
 
 
272 aa  227  2e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.02855  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1995  GntR family transcriptional regulator  53.04 
 
 
268 aa  226  3e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00626171  normal  0.663234 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  51.77 
 
 
273 aa  223  2e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  9.57079e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2313  GntR domain-containing protein  49.16 
 
 
249 aa  219  4e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146544  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3603  GntR family transcriptional regulator  49.15 
 
 
254 aa  218  8e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180217  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3102  GntR domain-containing protein  49.15 
 
 
249 aa  218  9e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  46.8 
 
 
268 aa  217  1e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2818  GntR domain-containing protein  48.73 
 
 
249 aa  215  5e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325191  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0833  GntR family transcriptional regulator  51.23 
 
 
272 aa  211  9e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0464324 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3714  GntR family transcriptional regulator  49.6 
 
 
247 aa  208  6e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421261  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4100  GntR domain protein  49.12 
 
 
236 aa  204  8e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05190  Transcriptional regulatory protein, GntR family  48.93 
 
 
252 aa  202  3e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1590  GntR domain-containing protein  45.85 
 
 
273 aa  200  2e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.884635  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0253  GntR domain-containing protein  47.62 
 
 
262 aa  197  1e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6565  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1885  GntR domain-containing protein  44.17 
 
 
248 aa  195  7e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0971  GntR family transcriptional regulator  45.57 
 
 
248 aa  192  6e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0558982  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3254  transcriptional regulator, GntR family  43.88 
 
 
244 aa  190  2e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.785  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1116  GntR domain-containing protein  48.35 
 
 
244 aa  170  2e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0661  GntR domain-containing protein  41.35 
 
 
232 aa  165  6e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2652  normal  0.118681 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3283  transcriptional regulator, GntR family  42.26 
 
 
237 aa  165  6e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3118  transcriptional regulator GntR  41.32 
 
 
237 aa  165  7e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3539  regulatory protein GntR, HTH  43.6 
 
 
260 aa  164  1e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3719  GntR family transcriptional regulator  43.3 
 
 
237 aa  161  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.589527 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5082  GntR domain-containing protein  40.89 
 
 
250 aa  157  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.992616  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4633  GntR domain-containing protein  41.96 
 
 
233 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.320715  hitchhiker  0.000883916 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4768  GntR domain-containing protein  41.96 
 
 
233 aa  153  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.907496  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4759  GntR family transcriptional regulator  41.52 
 
 
259 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  8.56086e-05  hitchhiker  0.00798136 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5703  transcriptional regulator GntR family  38.66 
 
 
246 aa  147  2e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5664  GntR domain protein  37.39 
 
 
248 aa  146  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0098751  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1948  GntR family transcriptional regulator  40.97 
 
 
255 aa  145  5e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0263216  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6605  GntR domain protein  37.18 
 
 
246 aa  145  7e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00449422 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0031  GntR family transcriptional regulator  42.41 
 
 
230 aa  141  1e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1886  GntR domain-containing protein  40.87 
 
 
242 aa  136  3e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0037  GntR domain protein  41.07 
 
 
234 aa  134  1e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  37.89 
 
 
245 aa  134  2e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  37.6 
 
 
247 aa  133  3e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5903  GntR family transcriptional regulator  40.09 
 
 
288 aa  133  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210517  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4745  GntR domain-containing protein  37.17 
 
 
249 aa  132  7e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00100625 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4447  GntR family transcriptional regulator  39.5 
 
 
252 aa  128  7e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.614266  normal  0.249195 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2473  GntR family transcriptional regulator  39.19 
 
 
240 aa  125  6e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5064  regulatory protein GntR HTH  37.78 
 
 
242 aa  123  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3372  GntR domain-containing protein  35.39 
 
 
299 aa  123  3e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3321  GntR domain-containing protein  36.68 
 
 
240 aa  121  9e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.580884  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4518  GntR family transcriptional regulator  36.24 
 
 
234 aa  121  9e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  36.12 
 
 
264 aa  121  9e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5344  GntR domain protein  36.68 
 
 
242 aa  121  1e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.509013 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  35.83 
 
 
251 aa  120  1e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1877  GntR domain protein  36.61 
 
 
236 aa  120  2e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380896  normal  0.264595 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1691  GntR domain protein  36.61 
 
 
236 aa  120  2e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.148925  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  34.89 
 
 
238 aa  119  5e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3829  GntR domain-containing protein  33.05 
 
 
237 aa  119  6e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.710957  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26860  GntR family regulatory protein  35.24 
 
 
241 aa  118  8e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  34.06 
 
 
245 aa  118  1e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.85286e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5113  GntR family transcriptional regulator  36.02 
 
 
274 aa  117  1e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7351  transcriptional regulator GntR family  38.5 
 
 
284 aa  117  1e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2173  GntR family transcriptional regulator  36.64 
 
 
234 aa  117  2e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.727858  normal  0.299603 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4031  GntR domain-containing protein  36.61 
 
 
243 aa  117  2e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5932  GntR domain protein  36.64 
 
 
234 aa  116  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4435  GntR domain-containing protein  34.36 
 
 
229 aa  115  7e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3408  GntR domain protein  37.55 
 
 
253 aa  114  2e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3401  GntR domain-containing protein  40.35 
 
 
233 aa  113  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.334761  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3731  GntR domain protein  37.77 
 
 
238 aa  112  4e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3405  GntR family transcriptional regulator  34.82 
 
 
239 aa  110  1e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3664  GntR family transcriptional regulator  39.91 
 
 
249 aa  111  1e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.514259  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3050  GntR domain-containing protein  34.82 
 
 
239 aa  110  1e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0593714 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4274  GntR domain protein  34.06 
 
 
229 aa  111  1e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.556367 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3757  GntR domain-containing protein  33.62 
 
 
235 aa  110  2e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.560097  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6767  GntR domain protein  35.71 
 
 
240 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0749  GntR family transcriptional regulator  35.81 
 
 
236 aa  109  5e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3048  GntR-family transcriptional regulator  37.73 
 
 
260 aa  108  6e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.168987  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  34.76 
 
 
250 aa  108  8e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0447  GntR-like  35.04 
 
 
264 aa  107  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0020  GntR family transcriptional regulator  32.74 
 
 
256 aa  107  2e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.321852  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5148  GntR domain protein  37.29 
 
 
258 aa  105  5e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.178203  n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0035  GntR family transcriptional regulator  33.47 
 
 
233 aa  105  7e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.840145  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1975  GntR domain protein  35.02 
 
 
233 aa  105  7e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.64094  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  36.05 
 
 
233 aa  104  1e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1362  GntR domain protein  35.43 
 
 
231 aa  103  3e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.971171  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5490  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  34.41 
 
 
256 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.290272  hitchhiker  0.000168771 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4937  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  34.57 
 
 
256 aa  102  5e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.100111 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0563  GntR domain protein  33.91 
 
 
241 aa  102  7e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3345  DNA-binding transcriptional repressor LldR  32.07 
 
 
268 aa  102  7e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.956466  normal  0.392938 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>