44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0940 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1005  Peptidoglycan-binding LysM  94.99 
 
 		 559 aa  1067    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0784845  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1074  signal peptide protein  69.11 
 
 		 568 aa  789    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.107534  normal  0.60277 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0940  Peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 		 559 aa  1116    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.147374 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4163  hypothetical protein  41.92 
 
 		 556 aa  370  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.868125  normal  0.304031 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4942  peptidoglycan-binding LysM  43.57 
 
 		 558 aa  365  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2915  Peptidoglycan-binding LysM  28.96 
 
 		 566 aa  189  1e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5417  peptidoglycan-binding LysM  28.8 
 
 		 591 aa  172  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1169  peptidoglycan-binding LysM  30.56 
 
 		 554 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000824633  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0431  peptidoglycan-binding LysM  28.07 
 
 		 543 aa  164  5.0000000000000005e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000410197  normal  0.723763 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0955  peptidoglycan-binding LysM  30.43 
 
 		 453 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.310452  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1437  peptidoglycan-binding LysM  30.43 
 
 		 453 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1415  peptidoglycan-binding LysM  30.19 
 
 		 453 aa  146  9e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1878  peptidoglycan-binding LysM  30.98 
 
 		 446 aa  146  1e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0622625 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4581  peptidoglycan-binding LysM  30.46 
 
 		 453 aa  143  9e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0994346  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1317  peptidoglycan-binding LysM  30.46 
 
 		 453 aa  138  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1356  peptidoglycan-binding LysM  30.12 
 
 		 453 aa  138  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.53849  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2531  peptidoglycan-binding LysM  25.25 
 
 		 548 aa  139  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.796598  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2637  LysM domain-containing protein  29.4 
 
 		 454 aa  139  2e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1665  lysM domain-containing protein  28.72 
 
 		 454 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0923  LysM domain-containing protein  28.72 
 
 		 454 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1687  lysM domain-containing protein  28.72 
 
 		 454 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.482886  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0426  LysM domain-containing protein  28.72 
 
 		 448 aa  137  4e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.718442  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1456  LysM domain-containing protein  28.72 
 
 		 448 aa  137  4e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0737  LysM domain-containing protein  28.72 
 
 		 448 aa  137  4e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.990238  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1842  LysM domain-containing protein  28.72 
 
 		 454 aa  137  4e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4992  putative peptidoglycan-binding LysM  30.49 
 
 		 484 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.911035  normal  0.0172735 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0582  hypothetical protein  26.7 
 
 		 463 aa  114  7.000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000319564  normal  0.0200907 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1660  putative peptidoglycan-binding LysM  29.51 
 
 		 484 aa  113  8.000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0342216 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4741  peptidoglycan-binding LysM  27.7 
 
 		 394 aa  100  8e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11650  hypothetical protein  29.34 
 
 		 333 aa  82.4  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1070  hypothetical protein  28.02 
 
 		 335 aa  78.6  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4449  peptidoglycan-binding LysM  40.26 
 
 		 407 aa  53.5  0.00001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.315015 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0012  hypothetical protein  29.6 
 
 		 717 aa  52  0.00003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4963  peptidoglycan-binding LysM  42.42 
 
 		 380 aa  51.6  0.00004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.867782  normal  0.121696 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1985  hypothetical protein  25.7 
 
 		 924 aa  49.7  0.0001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.063002  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1405  hypothetical protein  35.63 
 
 		 155 aa  47.8  0.0006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0621  fibronectin, type III domain-containing protein  20 
 
 		 318 aa  46.6  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0839934  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0889  peptidoglycan-binding LysM  33.7 
 
 		 333 aa  46.6  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000030411  hitchhiker  0.00000000000323717 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0038  putative periplasmic protein  29.57 
 
 		 290 aa  45.8  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0958409  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0334  hypothetical protein  24.24 
 
 		 664 aa  45.8  0.002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18170  hypothetical protein  27.74 
 
 		 378 aa  46.2  0.002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000581203  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26580  LysM domain-containing protein  44.68 
 
 		 219 aa  45.1  0.004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0191471  normal  0.545642 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2551  LysM domain-containing protein  37.29 
 
 		 335 aa  44.3  0.006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.551976  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1052  Peptidoglycan-binding LysM  40 
 
 		 219 aa  43.9  0.008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>