More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0879 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  98.84 
 
 
346 aa  688  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 
346 aa  693  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  90.21 
 
 
347 aa  607  1e-172  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  62.97 
 
 
343 aa  427  1e-119  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  62.97 
 
 
343 aa  427  1e-119  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  63.27 
 
 
343 aa  426  1e-118  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  63.16 
 
 
343 aa  425  1e-118  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  62.97 
 
 
343 aa  427  1e-118  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  63.27 
 
 
343 aa  426  1e-118  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  63.8 
 
 
343 aa  425  1e-118  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  63.27 
 
 
343 aa  426  1e-118  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  62.61 
 
 
343 aa  424  1e-117  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  62.61 
 
 
343 aa  423  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  62.61 
 
 
343 aa  423  1e-117  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  62.61 
 
 
343 aa  423  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  62.35 
 
 
337 aa  415  1e-115  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  62.24 
 
 
346 aa  412  1e-114  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  61.72 
 
 
346 aa  412  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  63.39 
 
 
340 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  62.02 
 
 
340 aa  405  1e-112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  61.61 
 
 
340 aa  405  1e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  62.91 
 
 
339 aa  406  1e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  61.18 
 
 
337 aa  403  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  61.61 
 
 
340 aa  404  1e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  59.71 
 
 
338 aa  395  1e-109  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  60.88 
 
 
338 aa  396  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  50.14 
 
 
353 aa  315  6e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  51.76 
 
 
357 aa  310  2e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  48.06 
 
 
332 aa  302  6e-81  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  44.84 
 
 
333 aa  285  1e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  40.95 
 
 
342 aa  275  1e-72  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  9.20501e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  44.35 
 
 
334 aa  273  3e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  39.76 
 
 
336 aa  270  3e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  42.61 
 
 
342 aa  269  6e-71  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  45.66 
 
 
336 aa  269  7e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  43.15 
 
 
334 aa  267  2e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000337  ribose operon repressor  39.76 
 
 
340 aa  266  4e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  46.25 
 
 
333 aa  266  5e-70  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  41.25 
 
 
336 aa  265  9e-70  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  39.88 
 
 
334 aa  264  2e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  41 
 
 
337 aa  263  4e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  39.58 
 
 
333 aa  262  8e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  42.43 
 
 
331 aa  261  9e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  40.77 
 
 
333 aa  261  1e-68  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  43.92 
 
 
333 aa  258  8e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  7.82419e-07 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1862  DNA-binding transcriptional repressor PurR  43.23 
 
 
341 aa  257  2e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.171232  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2572  DNA-binding transcriptional repressor PurR  43.23 
 
 
341 aa  257  2e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.407544  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1755  DNA-binding transcriptional repressor PurR  43.23 
 
 
341 aa  257  2e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00265778  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1683  DNA-binding transcriptional repressor PurR  44.34 
 
 
341 aa  257  2e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  42.9 
 
 
337 aa  255  6e-67  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  41.59 
 
 
348 aa  254  1e-66  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  39.55 
 
 
334 aa  253  3e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2699  transcriptional regulator, LacI family  44.67 
 
 
339 aa  253  3e-66  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  41.74 
 
 
352 aa  252  6e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  41.32 
 
 
328 aa  252  7e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1873  DNA-binding transcriptional repressor PurR  42.65 
 
 
341 aa  252  8e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  3.26079e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1857  DNA-binding transcriptional repressor PurR  42.65 
 
 
341 aa  251  2e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  4.6163e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2372  DNA-binding transcriptional repressor PurR  42.65 
 
 
341 aa  251  2e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  2.203e-08  normal  0.181026 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1789  DNA-binding transcriptional repressor PurR  42.65 
 
 
341 aa  251  2e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0286691 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01618  hypothetical protein  42.65 
 
 
341 aa  251  2e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.850711  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  40.88 
 
 
332 aa  250  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1738  DNA-binding transcriptional repressor PurR  42.65 
 
 
341 aa  251  2e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.20958e-17  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1982  transcriptional regulator, LacI family  42.65 
 
 
341 aa  251  2e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0168569  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01629  DNA-binding transcriptional repressor, hypoxanthine-binding  42.65 
 
 
341 aa  251  2e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.847977  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1971  DNA-binding transcriptional repressor PurR  42.65 
 
 
341 aa  251  2e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  9.94316e-05 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1538  DNA-binding transcriptional repressor PurR  42.65 
 
 
341 aa  251  2e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0686294  normal  0.0781462 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0519  LacI family transcription regulator  41.46 
 
 
334 aa  250  3e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  40.88 
 
 
332 aa  249  4e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  40.88 
 
 
332 aa  249  4e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  40.88 
 
 
332 aa  249  5e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2388  DNA-binding transcriptional repressor PurR  43.04 
 
 
341 aa  249  6e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  41.52 
 
 
338 aa  249  6e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1715  DNA-binding transcriptional repressor PurR  42.06 
 
 
341 aa  248  8e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.117715  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  40.59 
 
 
332 aa  248  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2672  DNA-binding transcriptional repressor PurR  43.04 
 
 
341 aa  246  3e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.807137  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2195  DNA-binding transcriptional repressor PurR  41.47 
 
 
341 aa  244  1e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.578042  hitchhiker  6.79153e-06 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1563  DNA-binding transcriptional repressor PurR  41.5 
 
 
341 aa  244  1e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00208837  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1526  DNA-binding transcriptional repressor PurR  41.5 
 
 
341 aa  244  1e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580264  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1913  DNA-binding transcriptional repressor PurR  41.5 
 
 
341 aa  244  1e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000592501  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1744  DNA-binding transcriptional repressor PurR  41.21 
 
 
341 aa  243  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  2.85436e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1540  DNA-binding transcriptional repressor PurR  41.21 
 
 
341 aa  243  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  6.5632e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  40.59 
 
 
333 aa  242  5e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  36.55 
 
 
340 aa  241  1e-62  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0525  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.42 
 
 
356 aa  241  1e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  39.49 
 
 
341 aa  241  2e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  1.81496e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.17 
 
 
330 aa  239  6e-62  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  39.07 
 
 
334 aa  239  6e-62  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  40.18 
 
 
330 aa  238  1e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  40.18 
 
 
330 aa  238  1e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  40.18 
 
 
330 aa  238  1e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  38.51 
 
 
331 aa  238  1e-61  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4165  transcriptional repressor RbsR  39.88 
 
 
330 aa  237  2e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0172446  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4241  transcriptional repressor RbsR  40.18 
 
 
330 aa  236  4e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.327464  hitchhiker  0.00680444 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0226  LacI family transcription regulator  37.86 
 
 
336 aa  235  8e-61  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  37.2 
 
 
335 aa  234  1e-60  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  44.05 
 
 
333 aa  234  1e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  1.8406e-05 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  39.47 
 
 
329 aa  234  1e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03639  DNA-binding transcriptional repressor of ribose metabolism  39.88 
 
 
330 aa  234  2e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00237415  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  40.77 
 
 
337 aa  234  2e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03584  hypothetical protein  39.88 
 
 
330 aa  234  2e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00148852  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>