More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0727 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0780  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  88.55 
 
 		 568 aa  1053    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.324898  decreased coverage  0.00366167 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0727  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  100 
 
 		 568 aa  1184    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0737822  normal  0.538259 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0823  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  76.5 
 
 		 571 aa  929    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0594953  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0904  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.96 
 
 		 559 aa  665    Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3663  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  60.25 
 
 		 565 aa  722    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.717786  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3157  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  60.07 
 
 		 569 aa  720    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.61239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3469  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.69 
 
 		 559 aa  703    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2635  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  75.58 
 
 		 566 aa  891    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000204928  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5034  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.18 
 
 		 565 aa  650    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.449206  normal  0.69733 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0797  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  97.71 
 
 		 568 aa  1162    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.058688  normal  0.254571 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4457  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  57.42 
 
 		 563 aa  666    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.346578  hitchhiker  0.00901661 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4545  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  60.64 
 
 		 564 aa  705    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.18473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0878  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  59.82 
 
 		 567 aa  716    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0253772  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1943  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.57 
 
 		 560 aa  618  1e-176  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6849  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.89 
 
 		 586 aa  617  1e-175  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2339  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.91 
 
 		 553 aa  613  9.999999999999999e-175  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3549  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.89 
 
 		 575 aa  602  1.0000000000000001e-171  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.918334  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2341  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.87 
 
 		 560 aa  596  1e-169  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4502  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.16 
 
 		 564 aa  593  1e-168  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.404  normal  0.065196 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4155  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.99 
 
 		 584 aa  562  1.0000000000000001e-159  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5773  AMP-dependent synthetase and ligase  51.45 
 
 		 563 aa  556  1e-157  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.120445  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17370  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.19 
 
 		 551 aa  553  1e-156  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0381221  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0330  AMP-dependent synthetase and ligase  45.7 
 
 		 559 aa  539  9.999999999999999e-153  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.648816  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2519  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.91 
 
 		 562 aa  505  1e-141  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5508  long-chain-fatty-acid-CoA ligase  45.37 
 
 		 675 aa  458  1e-127  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.35 
 
 		 561 aa  386  1e-106  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.18 
 
 		 561 aa  382  1e-105  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.49 
 
 		 582 aa  384  1e-105  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.49 
 
 		 563 aa  383  1e-105  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.18 
 
 		 561 aa  381  1e-104  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.31 
 
 		 563 aa  382  1e-104  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38 
 
 		 561 aa  379  1e-104  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.31 
 
 		 563 aa  377  1e-103  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.31 
 
 		 563 aa  377  1e-103  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.31 
 
 		 582 aa  377  1e-103  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.08 
 
 		 561 aa  375  1e-102  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  36.38 
 
 		 557 aa  367  1e-100  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  36.77 
 
 		 559 aa  357  3.9999999999999996e-97  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  36.94 
 
 		 561 aa  355  2e-96  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  36.05 
 
 		 566 aa  352  8e-96  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  38.24 
 
 		 549 aa  347  3e-94  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2382  AMP-dependent synthetase and ligase  35.7 
 
 		 561 aa  347  5e-94  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  37.17 
 
 		 565 aa  341  2e-92  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1072  AMP-dependent synthetase and ligase  36.53 
 
 		 532 aa  340  5e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.334483 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2867  AMP-dependent synthetase and ligase  37.08 
 
 		 552 aa  340  5.9999999999999996e-92  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0839  AMP-dependent synthetase and ligase  36.64 
 
 		 577 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  34.28 
 
 		 551 aa  337  3.9999999999999995e-91  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0455  AMP-dependent synthetase and ligase  36.64 
 
 		 579 aa  331  2e-89  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1435  AMP-dependent synthetase and ligase  35.59 
 
 		 577 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0654989  normal  0.0257553 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4454  long-chain-fatty-acid-CoA ligase  37.03 
 
 		 555 aa  326  9e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.100007 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1238  AMP-dependent synthetase and ligase  35.68 
 
 		 555 aa  325  2e-87  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  36.6 
 
 		 521 aa  324  3e-87  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  34.38 
 
 		 583 aa  322  9.000000000000001e-87  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  34.09 
 
 		 569 aa  322  9.000000000000001e-87  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  37.52 
 
 		 512 aa  321  1.9999999999999998e-86  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0337  AMP-dependent synthetase and ligase  34.57 
 
 		 577 aa  319  1e-85  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.238028  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  35.47 
 
 		 539 aa  317  4e-85  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1683  AMP-dependent synthetase and ligase  35.66 
 
 		 535 aa  316  9e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4793  AMP-dependent synthetase and ligase  37.13 
 
 		 537 aa  315  9.999999999999999e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0662  AMP-dependent synthetase and ligase  36.79 
 
 		 548 aa  313  5.999999999999999e-84  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.27921  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  34.91 
 
 		 585 aa  309  1.0000000000000001e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3097  AMP-dependent synthetase and ligase  35.15 
 
 		 536 aa  308  2.0000000000000002e-82  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.329407  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1609  AMP-dependent synthetase and ligase  35.96 
 
 		 527 aa  306  6e-82  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3115  AMP-dependent synthetase and ligase  33.39 
 
 		 584 aa  306  7e-82  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.04 
 
 		 514 aa  305  2.0000000000000002e-81  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3734  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.78 
 
 		 560 aa  303  4.0000000000000003e-81  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.862355  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3685  AMP-dependent synthetase and ligase  35.66 
 
 		 562 aa  303  4.0000000000000003e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.354972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1784  AMP-dependent synthetase and ligase  32.87 
 
 		 590 aa  302  1e-80  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.682843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2975  AMP-dependent synthetase and ligase  35.12 
 
 		 551 aa  301  3e-80  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  32.14 
 
 		 591 aa  300  7e-80  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3898  AMP-dependent synthetase and ligase  35.58 
 
 		 553 aa  299  8e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5859  AMP-dependent synthetase and ligase  33.86 
 
 		 567 aa  298  1e-79  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2375  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.1 
 
 		 572 aa  298  1e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0394  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 559 aa  298  2e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2407  AMP-dependent synthetase and ligase  33.83 
 
 		 498 aa  298  2e-79  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.676828  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3995  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 537 aa  294  3e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000737641  normal  0.189989 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2432  AMP-dependent synthetase and ligase  35.71 
 
 		 508 aa  294  4e-78  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2684  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.14 
 
 		 567 aa  293  5e-78  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.503393 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3362  AMP-dependent synthetase and ligase  34.67 
 
 		 562 aa  293  8e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4056  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.21 
 
 		 565 aa  293  8e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.602751  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1838  AMP-dependent synthetase and ligase  32.59 
 
 		 583 aa  292  1e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0025116  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1828  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.59 
 
 		 583 aa  292  1e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.325094 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2065  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.04 
 
 		 561 aa  292  1e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01775  acyl-CoA synthase  33.04 
 
 		 561 aa  291  2e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1936  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.47 
 
 		 572 aa  291  2e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.451048  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1383  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.04 
 
 		 561 aa  291  2e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0924473  normal  0.838722 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2031  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.04 
 
 		 561 aa  291  2e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1893  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.04 
 
 		 561 aa  291  2e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01763  hypothetical protein  33.04 
 
 		 561 aa  291  2e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0424  AMP-dependent synthetase and ligase  33.63 
 
 		 561 aa  291  2e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3844  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.5 
 
 		 565 aa  291  3e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4549  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.86 
 
 		 565 aa  290  4e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.835945  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2685  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.57 
 
 		 557 aa  290  4e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0867888  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1472  hypothetical protein  32.87 
 
 		 569 aa  290  4e-77  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2902  AMP-dependent synthetase and ligase  33.39 
 
 		 523 aa  290  5.0000000000000004e-77  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.475075  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  35.17 
 
 		 495 aa  290  5.0000000000000004e-77  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1323  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.85 
 
 		 561 aa  290  5.0000000000000004e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1727  AMP-dependent synthetase and ligase  34.63 
 
 		 551 aa  290  6e-77  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00049699  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3148  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.08 
 
 		 560 aa  289  7e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1340  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.86 
 
 		 565 aa  289  7e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0671762 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>