More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0684 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_0684  translocation protein TolB  100 
 
 		 434 aa  882    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.672983  normal  0.603997 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0735  translocation protein TolB  87.04 
 
 		 432 aa  771    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9087  normal  0.380909 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0795  translocation protein TolB  77.48 
 
 		 450 aa  650    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0728  translocation protein TolB  98.39 
 
 		 434 aa  867    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00650912  normal  0.160751 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2675  translocation protein TolB  79.56 
 
 		 446 aa  665    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.202485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2455  translocation protein TolB  68.81 
 
 		 430 aa  610  1e-173  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328002  normal  0.860267 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0759  translocation protein TolB  70.24 
 
 		 430 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.397862  normal  0.413932 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3920  translocation protein TolB  70 
 
 		 430 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0501302 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0769  translocation protein TolB  67.29 
 
 		 431 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.103724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0694  translocation protein TolB  66.28 
 
 		 431 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.125399  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0317  translocation protein TolB  67.06 
 
 		 431 aa  581  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0520547  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0800  translocation protein TolB  67.29 
 
 		 431 aa  584  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.665253  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3889  translocation protein TolB  66.59 
 
 		 431 aa  579  1e-164  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.53422  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2587  translocation protein TolB  67.29 
 
 		 431 aa  580  1e-164  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0677  translocation protein TolB  66.28 
 
 		 431 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.814489  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3256  translocation protein TolB  65.81 
 
 		 463 aa  565  1e-160  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1373  translocation protein TolB  66.04 
 
 		 463 aa  565  1e-160  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2081  translocation protein TolB  65.57 
 
 		 433 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3203  translocation protein TolB  65.81 
 
 		 430 aa  564  1.0000000000000001e-159  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.95129  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0827  translocation protein TolB  65.57 
 
 		 463 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3241  translocation protein TolB  65.81 
 
 		 430 aa  564  1.0000000000000001e-159  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.786429  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1949  translocation protein TolB  65.57 
 
 		 433 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2661  translocation protein TolB  65.57 
 
 		 431 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.622452  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0275  translocation protein TolB  57.6 
 
 		 436 aa  521  1e-146  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00839364  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0303  translocation protein TolB  59.2 
 
 		 403 aa  500  1e-140  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.307961  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1723  translocation protein TolB  55.45 
 
 		 443 aa  492  9.999999999999999e-139  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0502645 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3406  translocation protein TolB  56.91 
 
 		 438 aa  491  9.999999999999999e-139  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.569267 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3394  translocation protein TolB  56.44 
 
 		 441 aa  492  9.999999999999999e-139  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0076717 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1981  translocation protein TolB  57.71 
 
 		 440 aa  485  1e-136  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2092  translocation protein TolB  54.59 
 
 		 425 aa  484  1e-135  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.626129  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1011  translocation protein TolB  57.28 
 
 		 421 aa  478  1e-134  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1984  translocation protein TolB  54.12 
 
 		 426 aa  474  1e-132  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.517365  normal  0.378967 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2050  translocation protein TolB  53.74 
 
 		 429 aa  471  1.0000000000000001e-131  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4053  translocation protein TolB  56.93 
 
 		 437 aa  466  9.999999999999999e-131  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1346  translocation protein TolB  55.72 
 
 		 421 aa  462  1e-129  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0782  translocation protein TolB  56.36 
 
 		 425 aa  461  9.999999999999999e-129  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0181245  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2692  translocation protein TolB  54.55 
 
 		 408 aa  460  9.999999999999999e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2339  TolB-like protein  55.18 
 
 		 415 aa  448  1e-125  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000041462  normal  0.0677463 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2714  translocation protein TolB  53.54 
 
 		 441 aa  436  1e-121  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0459045  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2206  translocation protein TolB  52.49 
 
 		 427 aa  430  1e-119  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00281817 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1944  translocation protein TolB  53.3 
 
 		 427 aa  424  1e-117  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.526613 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0145  translocation protein TolB  45.1 
 
 		 434 aa  355  1e-96  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1229  translocation protein TolB  46.94 
 
 		 424 aa  352  5e-96  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2229  translocation protein TolB  45.22 
 
 		 435 aa  346  4e-94  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3119  translocation protein TolB  43.12 
 
 		 439 aa  337  2.9999999999999997e-91  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01564  translocation protein TolB  44.09 
 
 		 439 aa  336  5e-91  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.188797  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1853  translocation protein TolB  42.18 
 
 		 428 aa  334  2e-90  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2529  translocation protein TolB  41.8 
 
 		 445 aa  333  4e-90  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000320948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2939  translocation protein TolB  40 
 
 		 451 aa  331  1e-89  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00432408  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1415  translocation protein TolB  41.51 
 
 		 433 aa  325  7e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00100672  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3972  tolB protein  41.74 
 
 		 433 aa  325  8.000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0956227  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0566  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  42.52 
 
 		 428 aa  323  3e-87  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.22163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1785  translocation protein TolB  41.7 
 
 		 442 aa  320  3.9999999999999996e-86  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000978843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1746  translocation protein TolB  41.7 
 
 		 442 aa  320  3.9999999999999996e-86  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000149314  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1742  translocation protein TolB  41.7 
 
 		 442 aa  320  3.9999999999999996e-86  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000714613  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2194  translocation protein TolB  38.71 
 
 		 432 aa  319  5e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.246481  normal  0.294233 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2538  translocation protein TolB  41.7 
 
 		 442 aa  319  5e-86  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000186682  hitchhiker  0.0000162747 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0242  translocation protein TolB  42.52 
 
 		 428 aa  319  7e-86  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1222  translocation protein TolB  41.15 
 
 		 433 aa  318  1e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1462  translocation protein TolB  41.08 
 
 		 442 aa  318  2e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000134108  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1699  translocation protein TolB  41.18 
 
 		 442 aa  317  4e-85  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.182328  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0898  TolB-like  40.43 
 
 		 432 aa  315  9.999999999999999e-85  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000336659  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1898  translocation protein TolB  38.1 
 
 		 450 aa  314  1.9999999999999998e-84  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1607  translocation protein TolB  41.03 
 
 		 442 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000108344  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0727  TolB domain-containing protein  39.91 
 
 		 437 aa  313  3.9999999999999997e-84  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.162759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1251  translocation protein TolB  41.41 
 
 		 423 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0936092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4196  translocation protein TolB  41.18 
 
 		 423 aa  313  4.999999999999999e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1277  translocation protein TolB  40.98 
 
 		 432 aa  312  5.999999999999999e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.154906  normal  0.476044 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2731  translocation protein TolB  41.22 
 
 		 442 aa  311  1e-83  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00144802  decreased coverage  0.0000043993 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4402  translocation protein TolB  43.11 
 
 		 414 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.145947  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1454  TolB protein  40.79 
 
 		 419 aa  310  4e-83  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2748  translocation protein TolB  40.09 
 
 		 442 aa  308  9e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1529  TolB protein  40.79 
 
 		 419 aa  308  9e-83  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1527  translocation protein TolB  40.55 
 
 		 441 aa  308  9e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000832022  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3993  translocation protein TolB  40.47 
 
 		 423 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.213865  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0175  TolB protein  39.81 
 
 		 437 aa  307  2.0000000000000002e-82  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.313268  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2368  translocation protein TolB  40.27 
 
 		 442 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000751795  normal  0.188875 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2440  translocation protein TolB  40.27 
 
 		 442 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000137237  normal  0.263362 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2019  TolB  39.81 
 
 		 440 aa  308  2.0000000000000002e-82  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.636869  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2531  translocation protein TolB  40.27 
 
 		 442 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000171266  normal  0.044306 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1394  translocation protein TolB  39.64 
 
 		 442 aa  306  4.0000000000000004e-82  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000203609  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1857  translocation protein TolB  40.32 
 
 		 442 aa  306  5.0000000000000004e-82  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00113428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1068  translocation protein TolB  41.82 
 
 		 439 aa  305  1.0000000000000001e-81  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.360403  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0949  translocation protein TolB  41.82 
 
 		 474 aa  303  3.0000000000000004e-81  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.400419  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2564  translocation protein TolB  40.32 
 
 		 440 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000866572  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2086  translocation protein TolB  39.77 
 
 		 441 aa  303  4.0000000000000003e-81  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000540509  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51720  translocation protein TolB  41.6 
 
 		 432 aa  301  1e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000109745  hitchhiker  0.0000339249 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4536  translocation protein TolB  41.6 
 
 		 432 aa  301  2e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1731  translocation protein TolB  38.55 
 
 		 449 aa  298  1e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.693647  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36640  translocation protein TolB  41.6 
 
 		 430 aa  296  4e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.239695  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02684  translocation protein TolB  37.67 
 
 		 451 aa  296  5e-79  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0273488  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1429  translocation protein TolB  37.36 
 
 		 450 aa  296  7e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000134537  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2217  translocation protein TolB  39.16 
 
 		 436 aa  294  3e-78  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0536  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  38.46 
 
 		 435 aa  293  5e-78  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00175631  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01610  translocation protein TolB  36.02 
 
 		 442 aa  292  1e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003913  TolB protein precursor  36.16 
 
 		 442 aa  286  4e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.26371  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0067  tol-pal system beta propeller repeat protein TolB  38.98 
 
 		 422 aa  285  1.0000000000000001e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.518188  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0068  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  38.98 
 
 		 422 aa  285  1.0000000000000001e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2868  translocation protein TolB  38.89 
 
 		 430 aa  280  5e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000034107  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2956  translocation protein TolB  38.89 
 
 		 430 aa  280  5e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000231645  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>