More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0617 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007347  Reut_A0703  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  71.77 
 
 
525 aa  735    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0565  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  94.59 
 
 
518 aa  1018    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.470462  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2745  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  66.93 
 
 
513 aa  686    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0617  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  100 
 
 
518 aa  1062    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00814306  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  62.37 
 
 
499 aa  619  1e-176  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4409  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  61.72 
 
 
504 aa  617  1e-175  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.421142  normal  0.735576 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2844  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  62.7 
 
 
499 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758456  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1376  deoxyribodipyrimidine photolyase  60.08 
 
 
492 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  56.76 
 
 
492 aa  567  1e-160  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  55.74 
 
 
490 aa  561  1e-158  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4618  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  59.34 
 
 
515 aa  558  1e-158  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0906  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  58.61 
 
 
493 aa  560  1e-158  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.207875  normal  0.966672 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0704  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  57.95 
 
 
497 aa  550  1e-155  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  57.02 
 
 
481 aa  546  1e-154  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  56.67 
 
 
477 aa  542  1e-153  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3694  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  57.7 
 
 
484 aa  535  1e-151  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  56.39 
 
 
511 aa  534  1e-150  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  57.58 
 
 
493 aa  532  1e-150  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  56.11 
 
 
488 aa  516  1.0000000000000001e-145  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1921  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  55.9 
 
 
488 aa  514  1e-144  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  56.52 
 
 
470 aa  503  1e-141  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4249  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.51 
 
 
442 aa  360  4e-98  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.846588  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0029  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.68 
 
 
438 aa  357  3.9999999999999996e-97  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.919202  normal  0.63493 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1958  deoxyribodipyrimidine photolyase (photoreactivating enzyme)  43.36 
 
 
433 aa  344  2e-93  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0021636 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6960  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.5 
 
 
434 aa  344  2.9999999999999997e-93  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.386716  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.42 
 
 
487 aa  328  2.0000000000000001e-88  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.18 
 
 
479 aa  326  6e-88  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0080  deoxyribodipyrimidine photolyase, cyclobutane pyrimidine dimer-specific  39.31 
 
 
469 aa  322  7e-87  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000198558  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11303  deoxyribodipyrimidine photolyase-class I  37.95 
 
 
434 aa  321  1.9999999999999998e-86  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1479  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.2 
 
 
478 aa  318  1e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2087  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.48 
 
 
434 aa  317  4e-85  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0527605  normal  0.0533895 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001252  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.71 
 
 
471 aa  313  4.999999999999999e-84  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.553687  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.63 
 
 
475 aa  309  6.999999999999999e-83  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1969  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.31 
 
 
486 aa  308  2.0000000000000002e-82  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.6 
 
 
491 aa  306  4.0000000000000004e-82  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0061  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.78 
 
 
431 aa  305  9.000000000000001e-82  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05122  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.02 
 
 
471 aa  305  1.0000000000000001e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0756  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.53 
 
 
473 aa  303  3.0000000000000004e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.645703  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.36 
 
 
499 aa  303  4.0000000000000003e-81  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0817  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.18 
 
 
473 aa  303  5.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0866  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.33 
 
 
473 aa  303  7.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.55052 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.34 
 
 
472 aa  302  9e-81  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  39.34 
 
 
473 aa  301  1e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0769  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.53 
 
 
473 aa  301  1e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.568717 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0831  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.53 
 
 
473 aa  302  1e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.31293  hitchhiker  0.0019608 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.34 
 
 
472 aa  301  1e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.34 
 
 
472 aa  301  1e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2928  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.6 
 
 
472 aa  300  3e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0755  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.6 
 
 
472 aa  300  3e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.391934  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.23 
 
 
481 aa  299  8e-80  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4292  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.58 
 
 
479 aa  299  9e-80  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0798  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.68 
 
 
472 aa  299  1e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.825453  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0729  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.33 
 
 
483 aa  298  1e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.03 
 
 
481 aa  298  1e-79  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0723  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.34 
 
 
472 aa  297  3e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.121356  normal  0.867142 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00657  hypothetical protein  39.19 
 
 
456 aa  295  1e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2777  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.8 
 
 
469 aa  295  2e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.09 
 
 
483 aa  293  5e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0866  deoxyribodipyrimidine photo-lyase (photoreactivating enzyme)  36.91 
 
 
479 aa  291  2e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1212  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.7 
 
 
470 aa  291  2e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.821476  normal  0.0350184 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.17 
 
 
463 aa  291  2e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4704  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.01 
 
 
459 aa  290  5.0000000000000004e-77  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.940834 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  36.17 
 
 
474 aa  290  6e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1112  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.67 
 
 
487 aa  289  7e-77  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.196695  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.33 
 
 
482 aa  289  7e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3586  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.87 
 
 
487 aa  287  4e-76  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0112  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.16 
 
 
484 aa  286  5e-76  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00531501  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1163  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.67 
 
 
487 aa  285  1.0000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0994  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.35 
 
 
462 aa  285  2.0000000000000002e-75  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0810  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.85 
 
 
470 aa  284  3.0000000000000004e-75  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.71 
 
 
483 aa  282  9e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.47 
 
 
475 aa  281  2e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1113  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  33.47 
 
 
474 aa  281  2e-74  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.289495  normal  0.288843 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0998  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.15 
 
 
453 aa  281  2e-74  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2665  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.89 
 
 
501 aa  280  3e-74  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  36.71 
 
 
471 aa  280  6e-74  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3211  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.23 
 
 
499 aa  280  7e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.941968 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1309  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.03 
 
 
499 aa  279  8e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0776  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.29 
 
 
479 aa  279  9e-74  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0436296  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  36.38 
 
 
471 aa  278  1e-73  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1252  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.85 
 
 
476 aa  278  1e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0460072  normal  0.903658 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3068  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.68 
 
 
500 aa  278  2e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.12 
 
 
487 aa  278  2e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3054  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.13 
 
 
505 aa  276  6e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.746759  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1165  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.53 
 
 
493 aa  276  9e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2714  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.13 
 
 
493 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3384  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.27 
 
 
512 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1364  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.42 
 
 
473 aa  275  2.0000000000000002e-72  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1236  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.7 
 
 
493 aa  275  2.0000000000000002e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.08 
 
 
481 aa  274  3e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.19 
 
 
478 aa  273  7e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.53 
 
 
484 aa  273  8.000000000000001e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.21 
 
 
479 aa  271  2e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1166  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.83 
 
 
493 aa  271  2e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3112  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.16 
 
 
492 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.671492  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.36 
 
 
468 aa  270  5.9999999999999995e-71  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1215  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.63 
 
 
477 aa  269  8e-71  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.300983  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00387  DNA photolyase (Eurofung)  35.38 
 
 
567 aa  268  1e-70  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.892479  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.53 
 
 
477 aa  269  1e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0241  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.15 
 
 
475 aa  269  1e-70  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.581458 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>