175 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0574 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_0574  cytochrome B561  100 
 
 
243 aa  489  1e-137  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.599646  normal  0.211296 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6334  cytochrome B561  62.81 
 
 
242 aa  284  9e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.741666 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6225  cytochrome B561  58.37 
 
 
245 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414079  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0502  cytochrome B561  54.89 
 
 
237 aa  262  3e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.677446  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0067  CybP  57.14 
 
 
349 aa  258  4e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5867  cytochrome B561  57.55 
 
 
245 aa  249  3e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3010  cytochrome B561  57.96 
 
 
236 aa  229  4e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2200  cytochrome c' family protein  46.22 
 
 
239 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1764  cytochrome B561  46.86 
 
 
212 aa  173  1.9999999999999998e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.432878  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2814  cytochrome B561  48.22 
 
 
201 aa  171  6.999999999999999e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.395552  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0744  cytochrome B561  42.25 
 
 
387 aa  165  5.9999999999999996e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0597147  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1534  cytochrome B561  41 
 
 
254 aa  152  4e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3204  cytochrome B561  45.16 
 
 
192 aa  150  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6192  cytochrome B561  44.12 
 
 
195 aa  142  6e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1882  cytochrome B561  44.05 
 
 
182 aa  137  2e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0244  cytochrome B561  41.4 
 
 
198 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000989788 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0245  cytochrome B561  42.25 
 
 
198 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000164919 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3716  cytochrome B561  39.09 
 
 
229 aa  135  5e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.254842  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4935  cytochrome B561  43.45 
 
 
187 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.43888 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3777  cytochrome B561  42.25 
 
 
198 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6037  cytochrome B561  46.24 
 
 
181 aa  133  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.151215  normal  0.371454 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3424  cytochrome B561  35.81 
 
 
218 aa  133  3e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4483  cytochrome b, putative  40.32 
 
 
198 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3286  cytochrome B561  43.01 
 
 
210 aa  131  1.0000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0957495 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2422  cytochrome B561  47.25 
 
 
204 aa  129  3e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.308564  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2494  cytochrome b561  36.97 
 
 
214 aa  128  9.000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0361  cytochrome B561  42.93 
 
 
195 aa  125  7e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.471527  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0246  cytochrome B561  41.44 
 
 
195 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0249  cytochrome B561  41.44 
 
 
195 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000458311 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0243  cytochrome B561  41.44 
 
 
195 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0243  cytochrome B561  41.44 
 
 
195 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2219  cytochrome B561  31.84 
 
 
229 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.916384  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0691  cytochrome B561  38.15 
 
 
202 aa  120  1.9999999999999998e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.731454  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2075  putative nickel-dependent hydrogenase cytochrome b-type subunit  38.37 
 
 
202 aa  119  3.9999999999999996e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00002288  normal  0.934611 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1341  cytochrome B561  31.33 
 
 
226 aa  119  3.9999999999999996e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000605388 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5579  cytochrome b561 family protein  40.23 
 
 
184 aa  119  6e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.851973  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2354  putative transmembrane hydrogenase cytochrome B- type subunit  41.07 
 
 
175 aa  118  7.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.678128 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0473  cytochrome B561  32.17 
 
 
226 aa  118  9.999999999999999e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.323429  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0586  cytochrome B561  44.26 
 
 
203 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2807  putative cytochrome b  43.58 
 
 
212 aa  114  8.999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1491  cytochrome B561  43.58 
 
 
182 aa  114  8.999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.268011 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02246  cytochrome b561 family protein  32.76 
 
 
231 aa  114  2.0000000000000002e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.516708  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3658  cytochrome B561  40.12 
 
 
179 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.76446 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3906  cytochrome B561  39.56 
 
 
219 aa  113  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0526  cytochrome B561  41.08 
 
 
190 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.815272  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2796  cytochrome b561 family protein  35.68 
 
 
228 aa  109  4.0000000000000004e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.255284  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0510  cytochrome B561  40.54 
 
 
190 aa  109  5e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0112107 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0109  cytochrome B561  38.38 
 
 
226 aa  107  2e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1227  cytochrome B561  37.13 
 
 
175 aa  107  2e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.168026 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1304  putative cytochrome b561 family protein  36.26 
 
 
255 aa  107  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2690  cytochrome B561  40.32 
 
 
221 aa  105  5e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.117812  normal  0.0669549 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1243  cytochrome B561  36.06 
 
 
222 aa  104  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.822746  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4627  cytochrome B561  41.76 
 
 
172 aa  101  8e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.176901  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4513  cytochrome B561  35.67 
 
 
177 aa  101  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.299836  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2042  cytochrome B561  34.16 
 
 
236 aa  101  1e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0005809  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0215  cytochrome B561  33.33 
 
 
228 aa  101  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4949  cytochrome B561  39.67 
 
 
207 aa  101  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5695  putative cytochrome b561 family protein  37.85 
 
 
193 aa  101  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.101845  normal  0.510651 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0599  cytochrome B561  33.16 
 
 
221 aa  100  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1784  cytochrome B561  37.19 
 
 
241 aa  100  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0144913 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1896  cytochrome b561 family protein  34.83 
 
 
181 aa  99.8  3e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.832729  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3134  cytochrome B561  34.34 
 
 
265 aa  99.8  3e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0316  cytochrome B561  31.25 
 
 
191 aa  99.4  4e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0326  cytochrome B561  34.57 
 
 
227 aa  99.8  4e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3509  cytochrome B561  35.06 
 
 
181 aa  99  5e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.722049  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3536  cytochrome B561  36.27 
 
 
219 aa  99  7e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0164152 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1061  cytochrome B561  35.83 
 
 
230 aa  98.2  9e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.114177  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1299  cytochrome B561  38.59 
 
 
230 aa  97.1  2e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000118155  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3091  cytochrome B561  38.02 
 
 
230 aa  97.1  2e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000179659  normal  0.0155451 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1324  cytochrome B561  37.7 
 
 
219 aa  97.4  2e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1222  cytochrome B561  38.59 
 
 
230 aa  97.1  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000994109  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1266  cytochrome B561  38.59 
 
 
230 aa  96.7  3e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000046168  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1211  cytochrome B561  38.46 
 
 
178 aa  95.5  7e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1265  cytochrome B561  31.89 
 
 
222 aa  95.1  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00348769 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3588  cytochrome B561  34.62 
 
 
249 aa  95.1  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.509691  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2745  cytochrome B561  34.69 
 
 
231 aa  95.1  1e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0268  cytochrome B561  36.51 
 
 
227 aa  93.2  3e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2739  cytochrome B561  31.58 
 
 
230 aa  93.2  3e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00196146  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0113  cytochrome B561  30.99 
 
 
241 aa  91.3  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.224549 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0475  cytochrome b  37.36 
 
 
199 aa  90.1  2e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1811  cytochrome B561  36.9 
 
 
184 aa  90.5  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2127  cytochrome B561  37.36 
 
 
199 aa  90.1  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.906544 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2214  cytochrome B561  25.73 
 
 
247 aa  89.7  4e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.312058  hitchhiker  0.00138122 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2911  cytochrome B561  29.77 
 
 
221 aa  89.4  5e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1276  cytochrome B561  36.5 
 
 
225 aa  88.6  8e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.37979  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0590  cytochrome B561  34.72 
 
 
266 aa  87.8  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1074  cytochrome B561  30 
 
 
231 aa  87.8  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0236841  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1170  cytochrome b561  31.11 
 
 
222 aa  85.1  8e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3282  cytochrome B561  32.43 
 
 
231 aa  84.7  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00209273  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10120  cytochrome b561 family protein  40.35 
 
 
175 aa  84.7  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0000000220125  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0285  cytochrome B561  34.41 
 
 
222 aa  84.7  0.000000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0260456  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1933  cytochrome B561  40.72 
 
 
185 aa  84.3  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.132475  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0403  cytochrome B561  34.87 
 
 
252 aa  83.6  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0290  cytochrome B561  35.33 
 
 
222 aa  83.6  0.000000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000341868 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2397  cytochrome B561  33.86 
 
 
198 aa  82.4  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0117421  normal  0.865597 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2388  cytochrome b561  27.15 
 
 
255 aa  82.8  0.000000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0733  cytochrome B561  37.31 
 
 
363 aa  82.4  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.104984  normal  0.400495 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2545  cytochrome B561  35.45 
 
 
193 aa  82.4  0.000000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4699  cytochrome B561  34.78 
 
 
200 aa  80.9  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.399998  normal  0.327083 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0655  hypothetical protein  35.47 
 
 
178 aa  80.9  0.00000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>