More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0546 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0533  diguanylate cyclase  95.63 
 
 		 480 aa  894    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5179  diguanylate cyclase  67.07 
 
 		 504 aa  654    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.466605 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0546  diguanylate cyclase  100 
 
 		 499 aa  1013    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6666  diguanylate cyclase  63.04 
 
 		 502 aa  611  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6431  diguanylate cyclase  63.04 
 
 		 502 aa  611  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6264  diguanylate cyclase  63.24 
 
 		 502 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.291677  normal  0.150603 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5514  diguanylate cyclase  62.06 
 
 		 493 aa  610  1e-173  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.333875  normal  0.197216 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6345  diguanylate cyclase  59.4 
 
 		 506 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6048  diguanylate cyclase  60.16 
 
 		 506 aa  584  1.0000000000000001e-165  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.423069 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1127  GGDEF domain-containing protein  60.08 
 
 		 572 aa  554  1e-156  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00567617  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0638  diguanylate cyclase  44.7 
 
 		 524 aa  380  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0484455 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  41.65 
 
 		 516 aa  347  3e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  40.17 
 
 		 492 aa  342  1e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  39.96 
 
 		 492 aa  339  5.9999999999999996e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  39.96 
 
 		 492 aa  339  5.9999999999999996e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  39.75 
 
 		 492 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  39.96 
 
 		 492 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4694  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 492 aa  338  1.9999999999999998e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 507 aa  333  3e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  38.08 
 
 		 492 aa  330  3e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4944  diguanylate cyclase  41.05 
 
 		 520 aa  327  4.0000000000000003e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0582678 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3188  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 529 aa  325  9e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.210299 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5496  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 520 aa  325  9e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414779  hitchhiker  0.000876281 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4565  diguanylate cyclase  40.79 
 
 		 521 aa  325  1e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267028  normal  0.0465187 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 522 aa  325  1e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0028  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 527 aa  320  3e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5189  diguanylate cyclase  40.13 
 
 		 521 aa  319  6e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5670  diguanylate cyclase  40.13 
 
 		 521 aa  319  6e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0236259 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4503  diguanylate cyclase  38.08 
 
 		 492 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4045  diguanylate cyclase  38.08 
 
 		 492 aa  311  2e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  38.38 
 
 		 487 aa  307  3e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  38.17 
 
 		 487 aa  306  6e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  37.63 
 
 		 528 aa  306  8.000000000000001e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04801  hypothetical protein  38.99 
 
 		 505 aa  305  1.0000000000000001e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0299872 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0097  GGDEF domain-containing protein  38.17 
 
 		 487 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  38.17 
 
 		 487 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  38.17 
 
 		 487 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  39.96 
 
 		 510 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  38.17 
 
 		 487 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5084  diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 503 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.494089  normal  0.0445442 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 510 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 510 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 510 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3991  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 505 aa  303  6.000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.613369 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4104  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 505 aa  303  6.000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.340706 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  39.83 
 
 		 516 aa  300  3e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  38.84 
 
 		 507 aa  298  1e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  39.96 
 
 		 510 aa  297  3e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  39.66 
 
 		 488 aa  294  2e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 510 aa  294  3e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  37.89 
 
 		 509 aa  294  3e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 501 aa  292  1e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0518  diguanylate cyclase  39.96 
 
 		 506 aa  290  3e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  36.88 
 
 		 502 aa  290  4e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3598  diguanylate cyclase  39.96 
 
 		 510 aa  286  5e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 532 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  36.74 
 
 		 506 aa  283  6.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  36.74 
 
 		 499 aa  282  1e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  36.74 
 
 		 499 aa  282  1e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  36.74 
 
 		 499 aa  282  1e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  36.74 
 
 		 489 aa  282  1e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  37.68 
 
 		 474 aa  281  2e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  38.14 
 
 		 498 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  36.74 
 
 		 489 aa  280  3e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  37.02 
 
 		 484 aa  281  3e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  36.53 
 
 		 506 aa  279  8e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1243  diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 510 aa  279  1e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.624606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0821  diguanylate cyclase  36.76 
 
 		 496 aa  276  5e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.605291  normal  0.227561 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0832  diguanylate cyclase  37.37 
 
 		 496 aa  276  5e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0798  GGDEF domain-containing protein  36.76 
 
 		 496 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.412232  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  37.26 
 
 		 508 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  38.24 
 
 		 512 aa  271  2e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0985  diguanylate cyclase  35.54 
 
 		 508 aa  266  5.999999999999999e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  37.19 
 
 		 502 aa  263  6.999999999999999e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4536  diguanylate cyclase  33.19 
 
 		 503 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221207  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2597  diguanylate cyclase  38.05 
 
 		 506 aa  249  7e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.938839 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3328  GGDEF  31.52 
 
 		 548 aa  244  3e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00921167 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0766  diguanylate cyclase  34.86 
 
 		 501 aa  243  6e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0954  diguanylate cyclase  34.14 
 
 		 502 aa  239  6.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0641916  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0868  GGDEF domain-containing protein  34.51 
 
 		 494 aa  238  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.796056  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  33.13 
 
 		 512 aa  231  2e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  34.59 
 
 		 494 aa  223  9e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  32.99 
 
 		 503 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  30.16 
 
 		 516 aa  209  1e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  31.14 
 
 		 533 aa  208  2e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4491  diguanylate cyclase  32.61 
 
 		 531 aa  205  1e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  31.54 
 
 		 522 aa  201  3e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  30.7 
 
 		 553 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  30.66 
 
 		 534 aa  194  4e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  33.27 
 
 		 518 aa  190  5.999999999999999e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  29.84 
 
 		 555 aa  189  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1348  diguanylate cyclase  27.03 
 
 		 515 aa  188  2e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  30.08 
 
 		 528 aa  187  3e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2930  diguanylate cyclase  27.88 
 
 		 515 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.827018  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  30.88 
 
 		 522 aa  181  4e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3242  GGDEF domain-containing protein  30.52 
 
 		 522 aa  179  8e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564089  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  28.86 
 
 		 495 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3174  diguanylate cyclase  32.44 
 
 		 530 aa  166  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.258431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  48.81 
 
 		 630 aa  156  9e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0948  EAL/GGDEF domain-containing protein  30.15 
 
 		 786 aa  150  5e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.239012  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>