More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0540 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_0540  protein of unknown function UPF0118  100 
 
 		 349 aa  689    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2289  hypothetical protein  82.76 
 
 		 353 aa  586  1e-166  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.864507  normal  0.333993 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4556  hypothetical protein  84.2 
 
 		 398 aa  574  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.173549  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3807  hypothetical protein  84.2 
 
 		 353 aa  574  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.911463  normal  0.300572 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3717  hypothetical protein  84.2 
 
 		 350 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0661403  normal  0.22421 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3708  hypothetical protein  83.33 
 
 		 355 aa  570  1e-161  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.860776  normal  0.168874 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5533  hypothetical protein  83.33 
 
 		 355 aa  569  1e-161  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4931  hypothetical protein  83.38 
 
 		 353 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.850306  normal  0.602485 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1436  hypothetical protein  80.46 
 
 		 352 aa  528  1e-149  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0253  hypothetical protein  80.46 
 
 		 352 aa  528  1e-149  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.077494  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2503  hypothetical protein  80.46 
 
 		 352 aa  528  1e-149  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2642  hypothetical protein  80.46 
 
 		 352 aa  528  1e-149  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00776691  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0289  hypothetical protein  80.46 
 
 		 352 aa  528  1e-149  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.700262  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1633  hypothetical protein  80.46 
 
 		 352 aa  528  1e-149  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0937  PerM family permease  80.46 
 
 		 374 aa  526  1e-148  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0529  hypothetical protein  80.46 
 
 		 352 aa  527  1e-148  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2549  hypothetical protein  65.34 
 
 		 352 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.705186  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29820  hypothetical protein  64.42 
 
 		 352 aa  433  1e-120  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0125581  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0987  hypothetical protein  57.06 
 
 		 394 aa  399  9.999999999999999e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.89372 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3492  hypothetical protein  59.82 
 
 		 387 aa  400  9.999999999999999e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.705437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1226  hypothetical protein  59.94 
 
 		 352 aa  396  1e-109  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3980  hypothetical protein  58.21 
 
 		 352 aa  391  1e-108  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0869717 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0737  hypothetical protein  56.61 
 
 		 356 aa  392  1e-108  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.203827  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1821  hypothetical protein  63.12 
 
 		 381 aa  382  1e-105  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.693161 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1907  protein of unknown function UPF0118  63.12 
 
 		 352 aa  382  1e-105  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.492921  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2083  hypothetical protein  53.3 
 
 		 356 aa  381  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.84015  normal  0.251587 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4053  hypothetical protein  59.18 
 
 		 361 aa  378  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.920687 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3717  hypothetical protein  54.15 
 
 		 353 aa  377  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.396811  normal  0.610069 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1855  hypothetical protein  53.87 
 
 		 354 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0258165 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1830  hypothetical protein  54.44 
 
 		 354 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2207  hypothetical protein  53.49 
 
 		 354 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3249  hypothetical protein  60.42 
 
 		 350 aa  370  1e-101  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.691639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3531  hypothetical protein  53.78 
 
 		 354 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.43917  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3950  protein of unknown function UPF0118  53.43 
 
 		 360 aa  366  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3210  hypothetical protein  55.69 
 
 		 354 aa  362  7.0000000000000005e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.212604 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0338  hypothetical protein  50.15 
 
 		 365 aa  356  2.9999999999999997e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.88474  normal  0.474349 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3378  hypothetical protein  54.46 
 
 		 354 aa  355  5e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1653  hypothetical protein  52.87 
 
 		 362 aa  348  9e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.212682  normal  0.81767 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0549  protein of unknown function UPF0118  49.42 
 
 		 384 aa  346  4e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0941477  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0020  hypothetical protein  53.37 
 
 		 358 aa  343  2e-93  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2050  hypothetical protein  49.13 
 
 		 373 aa  340  2e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0488  hypothetical protein  49.28 
 
 		 371 aa  331  1e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.131577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0826  hypothetical protein  48.07 
 
 		 369 aa  330  2e-89  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.981363  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4411  protein of unknown function UPF0118  46.78 
 
 		 389 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11000  hypothetical protein  48.08 
 
 		 346 aa  327  1.0000000000000001e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4130  hypothetical protein  46.49 
 
 		 406 aa  326  4.0000000000000003e-88  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.189132  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2425  hypothetical protein  50 
 
 		 363 aa  315  5e-85  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2998  hypothetical protein  52.48 
 
 		 359 aa  315  7e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3427  hypothetical protein  47.08 
 
 		 355 aa  311  1e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7289  hypothetical protein  50.15 
 
 		 353 aa  309  5e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.815912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2868  hypothetical protein  47.77 
 
 		 358 aa  308  1.0000000000000001e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.838475  normal  0.0422213 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4931  hypothetical protein  46.4 
 
 		 351 aa  306  3e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0400  hypothetical protein  46.65 
 
 		 372 aa  300  2e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.413713  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0460  hypothetical protein  47.2 
 
 		 352 aa  300  3e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.353952  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0901  protein of unknown function UPF0118  49.69 
 
 		 365 aa  300  3e-80  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4988  hypothetical protein  43.47 
 
 		 347 aa  290  2e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1267  protein of unknown function UPF0118  39.24 
 
 		 371 aa  241  1e-62  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0792338  normal  0.0741439 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2012  protein of unknown function UPF0118  33.02 
 
 		 363 aa  181  2e-44  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.578603 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0203  hypothetical protein  31.87 
 
 		 362 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0338  protein of unknown function UPF0118  31.48 
 
 		 363 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1154  hypothetical protein  30.46 
 
 		 358 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000550105  normal  0.0344505 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0491  hypothetical protein  30.09 
 
 		 359 aa  163  3e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000229793  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1563  hypothetical protein  32.38 
 
 		 398 aa  163  3e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.78708  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0783  hypothetical protein  30.23 
 
 		 353 aa  160  3e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2238  protein of unknown function UPF0118  31.06 
 
 		 379 aa  158  1e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.605073  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2181  protein of unknown function UPF0118  30.29 
 
 		 376 aa  152  1e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00612132  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0292  hypothetical protein  28.06 
 
 		 391 aa  150  3e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0228  hypothetical protein  30.98 
 
 		 356 aa  149  5e-35  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4731  hypothetical protein  31.45 
 
 		 359 aa  149  9e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.226742  hitchhiker  0.00240822 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0152  putative lipoprotein  29.41 
 
 		 361 aa  145  9e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1102  hypothetical protein  33.82 
 
 		 365 aa  142  7e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00400546  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0854  membrane protein  32.18 
 
 		 363 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0563046  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2369  hypothetical protein  32.12 
 
 		 357 aa  140  3e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00120754  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2764  hypothetical protein  29.62 
 
 		 346 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.327799  normal  0.0566584 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2311  protein of unknown function UPF0118  29.36 
 
 		 393 aa  133  3.9999999999999996e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0560  protein of unknown function UPF0118  27.51 
 
 		 339 aa  133  3.9999999999999996e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2229  hypothetical protein  30.87 
 
 		 392 aa  132  6.999999999999999e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2413  hypothetical protein  25.32 
 
 		 345 aa  130  3e-29  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.480547  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2679  hypothetical protein  33.33 
 
 		 352 aa  130  5.0000000000000004e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0689913  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2573  membrane protein  29.66 
 
 		 361 aa  129  8.000000000000001e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002589  predicted permease  29.43 
 
 		 361 aa  122  9.999999999999999e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00334796  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2294  hypothetical protein  30.29 
 
 		 360 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0268  protein of unknown function UPF0118  30.84 
 
 		 363 aa  119  9e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2709  hypothetical protein  27.19 
 
 		 362 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2212  protein of unknown function UPF0118  26.27 
 
 		 355 aa  116  6.9999999999999995e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000181482  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4026  hypothetical protein  27.5 
 
 		 360 aa  116  6.9999999999999995e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1578  protein of unknown function UPF0118  30.12 
 
 		 373 aa  115  7.999999999999999e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.373133  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03420  hypothetical protein  30.54 
 
 		 361 aa  115  8.999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1950  protein of unknown function UPF0118  27.12 
 
 		 346 aa  115  8.999999999999998e-25  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.863146  normal  0.537489 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3189  protein of unknown function UPF0118  26.3 
 
 		 361 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000846761  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2610  protein of unknown function UPF0118  25.55 
 
 		 370 aa  115  1.0000000000000001e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0398  protein of unknown function UPF0118  32.83 
 
 		 425 aa  115  1.0000000000000001e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  decreased coverage  0.0034127  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0582  hypothetical protein  28.02 
 
 		 367 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0275552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0916  protein of unknown function UPF0118  26.27 
 
 		 355 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.116301  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0940  protein of unknown function UPF0118  27.95 
 
 		 345 aa  113  6e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.726387  normal  0.96935 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2601  hypothetical protein  30.28 
 
 		 352 aa  112  8.000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.99204  normal  0.455316 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2676  hypothetical protein  27.53 
 
 		 388 aa  108  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2448  hypothetical protein  25.38 
 
 		 415 aa  108  1e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0466557  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1881  hypothetical protein  24.73 
 
 		 367 aa  108  1e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000322257  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0336  hypothetical protein  23.65 
 
 		 372 aa  108  2e-22  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000000639163  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>