171 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0448 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  100 
 
 		 435 aa  908    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000159098 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1216  restriction modification system DNA specificity subunit  56.44 
 
 		 427 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2009  restriction modification system DNA specificity domain  50 
 
 		 423 aa  388  1e-106  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.999718  normal  0.91224 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2378  type I restriction-modification system, S subunit  49.75 
 
 		 383 aa  362  9e-99  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1960  restriction endonuclease S subunit  33.95 
 
 		 413 aa  229  5e-59  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.323459  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  32.57 
 
 		 427 aa  188  2e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1087  restriction modification system DNA specificity subunit  31.52 
 
 		 437 aa  180  4.999999999999999e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0762586  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  36.53 
 
 		 456 aa  178  2e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  35.43 
 
 		 457 aa  172  7.999999999999999e-42  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2621  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.25 
 
 		 400 aa  169  1e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0446  restriction modification system DNA specificity subunit  31.7 
 
 		 434 aa  167  2.9999999999999998e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000807768  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03150  hypothetical protein  45.76 
 
 		 182 aa  162  1e-38  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.223184  hitchhiker  0.0000000000000424002 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3549  restriction modification system DNA specificity subunit  37.2 
 
 		 296 aa  162  1e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.348533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  32.85 
 
 		 460 aa  159  7e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  31.81 
 
 		 411 aa  149  8e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3717  restriction modification system DNA specificity subunit  32.49 
 
 		 427 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.44 
 
 		 424 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  30.27 
 
 		 417 aa  144  3e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3599  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.89 
 
 		 532 aa  136  9e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.743632  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  28.78 
 
 		 437 aa  132  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5276  restriction modification system DNA specificity subunit  31.61 
 
 		 418 aa  130  3e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0455  restriction modification system DNA specificity subunit  29.74 
 
 		 403 aa  130  5.0000000000000004e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0467  restriction modification system DNA specificity subunit  29.74 
 
 		 403 aa  130  5.0000000000000004e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  38.6 
 
 		 616 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  28.54 
 
 		 425 aa  125  1e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  28 
 
 		 438 aa  124  3e-27  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  26.05 
 
 		 417 aa  124  4e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  35.64 
 
 		 477 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2724  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.02 
 
 		 409 aa  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2722  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.14 
 
 		 385 aa  121  3e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  39.61 
 
 		 520 aa  119  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  26.74 
 
 		 429 aa  117  5e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  29.39 
 
 		 420 aa  117  6e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.38 
 
 		 462 aa  116  8.999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  28.34 
 
 		 374 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0988  type I restriction-modification system, S subunit  27.54 
 
 		 401 aa  115  2.0000000000000002e-24  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.77 
 
 		 620 aa  113  6e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0193  type I restriction-modification system specificity determinant  25.64 
 
 		 416 aa  113  6e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  27.85 
 
 		 422 aa  112  2.0000000000000002e-23  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  34.04 
 
 		 397 aa  109  8.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  34.64 
 
 		 432 aa  109  9.000000000000001e-23  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4083  restriction modification system DNA specificity subunit  25.14 
 
 		 409 aa  109  1e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.12 
 
 		 413 aa  108  2e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4163  restriction modification system DNA specificity subunit  29.34 
 
 		 405 aa  107  3e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.864984  normal  0.0584456 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0149  restriction modification system DNA specificity subunit  26.67 
 
 		 400 aa  108  3e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  32.8 
 
 		 402 aa  106  8e-22  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2086  restriction modification system DNA specificity domain protein  39.33 
 
 		 417 aa  106  9e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000683293 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1842  restriction modification system DNA specificity subunit  27.46 
 
 		 391 aa  102  1e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  33.68 
 
 		 420 aa  100  4e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1307  restriction modification system DNA specificity subunit  26.48 
 
 		 285 aa  95.9  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.186237 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0128  N-6 DNA methylase  31.52 
 
 		 846 aa  95.1  2e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0504  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.34 
 
 		 408 aa  94.7  3e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1954  restriction modification system DNA specificity subunit  36.67 
 
 		 406 aa  92.4  1e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0750  restriction endonuclease S subunit  28.63 
 
 		 387 aa  92.8  1e-17  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0198  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.06 
 
 		 386 aa  89  2e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.719886  decreased coverage  0.000218103 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7555  Restriction endonuclease S subunits-like protein  25.42 
 
 		 402 aa  87.8  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2346  restriction modification system DNA specificity subunit  29.32 
 
 		 392 aa  87.8  3e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104931  normal  0.0105772 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  26.9 
 
 		 442 aa  87  6e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3953  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.65 
 
 		 413 aa  85.1  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2978  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.91 
 
 		 194 aa  84.3  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1195  type II restriction-modification enzyme  30.69 
 
 		 1343 aa  84  0.000000000000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1219  restriction modification system DNA specificity domain  25.27 
 
 		 412 aa  83.6  0.000000000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3129  restriction modification system DNA specificity subunit  25.56 
 
 		 416 aa  80.9  0.00000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.343622  normal  0.0250234 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  25.18 
 
 		 419 aa  80.5  0.00000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1176  restriction modification system DNA specificity subunit  24.62 
 
 		 408 aa  79.7  0.00000000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.882603  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.09 
 
 		 422 aa  77.4  0.0000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  35.24 
 
 		 557 aa  76.6  0.0000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0368  type I restriction-modification system, S subunit, putative  33.33 
 
 		 562 aa  76.3  0.000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  24.19 
 
 		 387 aa  75.9  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3010  restriction modification system DNA specificity subunit  24.8 
 
 		 549 aa  75.9  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  26.53 
 
 		 428 aa  75.1  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0841  type I restriction-modification system, S subunit  24.05 
 
 		 407 aa  74.3  0.000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.629279  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0789  type I restriction-modification system, S subunit  24.05 
 
 		 407 aa  73.9  0.000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.190219  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1064  type I restriction-modification  23.08 
 
 		 453 aa  73.6  0.000000000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000898872  normal  0.027841 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.04 
 
 		 429 aa  73.2  0.000000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01116  hypothetical protein  22.99 
 
 		 400 aa  73.2  0.000000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  26.67 
 
 		 409 aa  72.8  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  23.04 
 
 		 453 aa  72.4  0.00000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  26.67 
 
 		 426 aa  72.8  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.95 
 
 		 388 aa  71.2  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  24.18 
 
 		 426 aa  70.9  0.00000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.08 
 
 		 442 aa  70.5  0.00000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0871  restriction modification system DNA specificity subunit  26.9 
 
 		 211 aa  70.5  0.00000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4462  restriction modification system DNA specificity subunit  25.1 
 
 		 349 aa  70.1  0.00000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3673  restriction modification system DNA specificity subunit  21.4 
 
 		 410 aa  70.1  0.00000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  25.13 
 
 		 511 aa  69.7  0.0000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5244  restriction modification system DNA specificity domain  23.77 
 
 		 422 aa  69.7  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1566  restriction modification system DNA specificity subunit  26.12 
 
 		 403 aa  68.9  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0293394  unclonable  0.0000192379 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0556  type I restriction enzyme, specificity subunit  32.82 
 
 		 183 aa  67.8  0.0000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0239636  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  25.13 
 
 		 393 aa  67.8  0.0000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1859  restriction modification system DNA specificity subunit  26.19 
 
 		 409 aa  67.8  0.0000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.777891  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1894  restriction modification system DNA specificity subunit  26.19 
 
 		 409 aa  67.8  0.0000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.850685  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0750  putative type I restriction-modification system  21.68 
 
 		 436 aa  67  0.0000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.769779  normal  0.272821 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2471  type I restriction-modification system S subunit  23.78 
 
 		 381 aa  66.6  0.0000000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.0091078  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  23.91 
 
 		 393 aa  66.2  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3951  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.13 
 
 		 406 aa  65.9  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17660  restriction endonuclease S subunit  36.63 
 
 		 416 aa  66.2  0.000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1122  restriction endonuclease S subunits-like  26.94 
 
 		 428 aa  65.5  0.000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.878738  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3425  restriction endonuclease S subunits-like  22.85 
 
 		 390 aa  65.5  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.835151  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1914  restriction modification system DNA specificity domain  23.35 
 
 		 386 aa  65.1  0.000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381757 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>