103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0438 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_0438  phage integrase  100 
 
 		 533 aa  1100    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0285557  unclonable  0.0000000000000141533 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3316  Phage integrase  31.37 
 
 		 566 aa  216  5.9999999999999996e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1072  hypothetical protein  37.29 
 
 		 401 aa  162  2e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.175611  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6546  hypothetical protein  34.49 
 
 		 441 aa  156  8e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.207505  hitchhiker  0.00680658 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5416  integrase family protein  34.93 
 
 		 588 aa  136  8e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.659753  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4340  lambda integrase-like/DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core  30.56 
 
 		 540 aa  134  5e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1486  integrase domain-containing protein  26.69 
 
 		 515 aa  128  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1802  phage integrase family protein  28.96 
 
 		 538 aa  124  6e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6757  lambda integrase-like/ DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core  29.66 
 
 		 618 aa  122  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6399  integrase family protein  30.92 
 
 		 509 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.346311 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0349  integrase family protein  27.07 
 
 		 560 aa  113  7.000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3007  integrase family protein  32.63 
 
 		 436 aa  113  7.000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3590  integrase family protein  34.4 
 
 		 441 aa  113  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1749  integrase family protein  28.67 
 
 		 434 aa  111  3e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000110171  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0462  integrase family protein  27.18 
 
 		 439 aa  110  5e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.853167  normal  0.68742 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0674  Phage integrase  28.68 
 
 		 386 aa  110  6e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0967  putative phage-related integrase  32.57 
 
 		 412 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.158008  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003902  integrase  29.47 
 
 		 566 aa  108  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2130  phage integrase  26.82 
 
 		 563 aa  108  3e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0808  phage integrase family site specific recombinase  32.57 
 
 		 452 aa  108  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531832  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0646  integrase family protein  29.43 
 
 		 456 aa  107  4e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0135958  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0888  integrase family protein  25.97 
 
 		 687 aa  107  4e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00241878  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1953  putative integrase  31.47 
 
 		 662 aa  103  6e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0157061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4261  hypothetical protein  25.05 
 
 		 564 aa  103  9e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.157557  hitchhiker  0.00000000178827 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2100  putative integrase  32.32 
 
 		 529 aa  101  3e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1730  hypothetical protein  34.22 
 
 		 616 aa  101  4e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1447  integrase family protein  28.22 
 
 		 430 aa  100  8e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4527  phage integrase family site specific recombinase  32.97 
 
 		 649 aa  99.8  1e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.259982  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5789  site-specific recombinase, phage integrase family  32.97 
 
 		 556 aa  99.8  1e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.171322  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4718  integrase family protein  34.16 
 
 		 602 aa  98.6  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.23108 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2361  putative integrase/resolvase recombinase protein phage-related integrase  29.12 
 
 		 605 aa  98.2  3e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3997  integrase family protein  25.65 
 
 		 581 aa  97.8  4e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4098  integrase family protein  33.19 
 
 		 589 aa  96.7  9e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.535062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2641  phage integrase family protein  30.3 
 
 		 426 aa  95.1  3e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.466932 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0154  phage integrase family protein  32.41 
 
 		 568 aa  94.4  5e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06825  integrase  26.48 
 
 		 386 aa  92.8  1e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1321  hypothetical protein  29.11 
 
 		 588 aa  92.8  1e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3428  integrase family protein  28.51 
 
 		 646 aa  92.4  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0346151  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0348  integrase family protein  23.48 
 
 		 635 aa  90.9  5e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0818  integrase family protein  26.71 
 
 		 529 aa  90.5  7e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1505  phage integrase family protein  30.23 
 
 		 582 aa  88.6  2e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0668751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1302  Phage integrase  30.95 
 
 		 565 aa  87  7e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.542121 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2470  phage integrase  25.48 
 
 		 564 aa  86.3  0.000000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4247  integrase family protein  28.19 
 
 		 567 aa  83.6  0.000000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2460  phage integrase family protein  28.57 
 
 		 593 aa  81.6  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0793889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0243  integrase family protein  25.24 
 
 		 509 aa  80.9  0.00000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3526  Phage integrase  31.22 
 
 		 559 aa  80.9  0.00000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00532036  hitchhiker  0.00586759 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0954  integrase family protein  29.96 
 
 		 388 aa  80.9  0.00000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2367  integrase family protein  29.85 
 
 		 602 aa  79.7  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.211693  normal  0.0605063 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0215  integrase family protein  32.28 
 
 		 550 aa  79.3  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356388 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2466  hypothetical protein  26.67 
 
 		 430 aa  79  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.150601  normal  0.0506751 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1478  integrase family protein  26.37 
 
 		 529 aa  79.3  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1344  phage integrase family site specific recombinase  26.69 
 
 		 358 aa  78.2  0.0000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3046  Phage integrase  25.89 
 
 		 548 aa  77.8  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2468  integrase family protein  35.06 
 
 		 651 aa  77  0.0000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.475545 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1333  hypothetical protein  35.25 
 
 		 381 aa  75.9  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0100601  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5385  integrase family protein  25.95 
 
 		 599 aa  75.1  0.000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.449593 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0048  phage integrase  35.88 
 
 		 692 aa  73.6  0.000000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.404651 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7504  integrase family protein  25.16 
 
 		 538 aa  72.8  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3951  hypothetical protein  26.86 
 
 		 472 aa  72.8  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0236614 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0804  prolidase (Xaa-Pro dipeptidase; PepQ)  25.58 
 
 		 651 aa  70.5  0.00000000007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2524.1  hypothetical protein  34.31 
 
 		 308 aa  67.4  0.0000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.547452  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43140  phage integrase-like protein  23.18 
 
 		 602 aa  67  0.0000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0284  phage integrase  27.63 
 
 		 563 aa  66.6  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4249  phage integrase  31.52 
 
 		 587 aa  65.1  0.000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.184605  hitchhiker  0.00000000381529 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1030  integrase family protein  23.35 
 
 		 424 aa  63.2  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1796  phage integrase family protein  24.79 
 
 		 499 aa  62  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0699  phage integrase family protein  28.26 
 
 		 720 aa  62.4  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.976552  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1029  integrase family protein  28.68 
 
 		 657 aa  62.4  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0725  phage integrase  32.28 
 
 		 619 aa  61.6  0.00000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0011564  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3302  putative integrase  28.86 
 
 		 535 aa  59.7  0.0000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1569  hypothetical protein  28 
 
 		 348 aa  60.1  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0868  integrase family protein  26.48 
 
 		 498 aa  58.9  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0638  phage integrase family protein  35.19 
 
 		 687 aa  58.5  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2667  integrase  27.7 
 
 		 337 aa  58.2  0.0000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.320055  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2410  putative phage-related integrase  27.7 
 
 		 331 aa  58.2  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0023  hypothetical protein  27.7 
 
 		 331 aa  58.2  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0896  hypothetical protein  29.55 
 
 		 549 aa  54.7  0.000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1078  phage integrase family site specific recombinase  25.71 
 
 		 414 aa  54.3  0.000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4959  integrase family protein  25.16 
 
 		 490 aa  53.9  0.000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.133736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1653  phage integrase family protein  24.88 
 
 		 482 aa  53.9  0.000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000510818  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3029  hypothetical protein  28.72 
 
 		 146 aa  53.5  0.00001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.355709  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002228  putative integrase  25.34 
 
 		 431 aa  51.2  0.00004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2359  integrase family protein  25 
 
 		 398 aa  50.4  0.00008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.522134  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0882  hypothetical protein  27.59 
 
 		 692 aa  49.7  0.0001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2561  phage integrase  22.65 
 
 		 458 aa  49.3  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.190993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4889  integrase family protein  25.63 
 
 		 441 aa  48.1  0.0004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.467938  normal  0.240701 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3658  phage integrase  23.43 
 
 		 470 aa  47.4  0.0007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0190  hypothetical protein  21.39 
 
 		 558 aa  47  0.0009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0673  hypothetical protein  37.18 
 
 		 101 aa  46.6  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4174  integrase family protein  28.1 
 
 		 480 aa  46.6  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1633  Phage integrase  22.88 
 
 		 368 aa  45.4  0.002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.576304  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2069  phage integrase  28.85 
 
 		 359 aa  45.8  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.244007  hitchhiker  0.000737798 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2661  phage integrase  24.43 
 
 		 347 aa  45.8  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0446  phage integrase family protein  24.43 
 
 		 347 aa  45.8  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.286621  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4209  integrase domain-containing protein  22.93 
 
 		 310 aa  45.8  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.50745 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3201  integrase family protein  24.05 
 
 		 351 aa  45.8  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.689071 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0956  site-specific recombinase, phage integrase family  20.98 
 
 		 323 aa  45.8  0.002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2183  integrase family protein  27.33 
 
 		 508 aa  45.1  0.004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.608923  hitchhiker  0.000529496 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2942  integrase family protein  27.33 
 
 		 508 aa  45.1  0.004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0692889 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>