182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0084 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_0084  transcriptional activator domain  100 
 
 		 1071 aa  2165    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3523  transcriptional activator domain  30.41 
 
 		 1055 aa  478  1e-133  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0766  tetratricopeptide TPR_4  31.47 
 
 		 1000 aa  474  1e-132  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106648  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3460  transcriptional activator domain-containing protein  30.46 
 
 		 1061 aa  459  1e-127  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1110  transcriptional activator domain-containing protein  29.77 
 
 		 1082 aa  455  1.0000000000000001e-126  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1633  tetratricopeptide TPR_4  29.97 
 
 		 1031 aa  342  2e-92  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.720693  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0284  transcriptional regulator, SARP family  28.47 
 
 		 689 aa  229  1e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0173  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein  22.56 
 
 		 1111 aa  140  1e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20540  regulatory protein LuxR  23.9 
 
 		 887 aa  108  4e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0140  ATP-dependent transcriptional regulator  22.67 
 
 		 977 aa  102  5e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3658  regulatory protein, LuxR  29.44 
 
 		 914 aa  98.2  8e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3125  transcriptional activator domain-containing protein  26.91 
 
 		 1068 aa  97.8  1e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1446  LuxR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 921 aa  93.2  2e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.308791  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0037  transcriptional regulator MalT  26.23 
 
 		 901 aa  92.8  3e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3322  transcriptional activator domain-containing protein  27.79 
 
 		 1204 aa  92.4  4e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.11039  normal  0.190141 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1186  transcriptional regulator  29.33 
 
 		 906 aa  91.7  7e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5287  two component response regulator  26.43 
 
 		 896 aa  91.7  7e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.318061  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0996  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.27 
 
 		 930 aa  91.3  9e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13150  putative transcriptional regulator  29.67 
 
 		 906 aa  90.9  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.697366  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1151  transcriptional regulator, LuxR family  28.35 
 
 		 910 aa  88.2  8e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2354  transcriptional activator domain-containing protein  26.97 
 
 		 1070 aa  85.9  0.000000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.607566  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0993  regulatory protein, LuxR  28.17 
 
 		 920 aa  85.1  0.000000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.962183  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4706  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.83 
 
 		 911 aa  85.1  0.000000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.157543 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0763  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  29.01 
 
 		 919 aa  84.3  0.00000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.422144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5436  LuxR family LuxR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 904 aa  83.6  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0060  transcriptional activator domain-containing protein  25.32 
 
 		 1145 aa  82.8  0.00000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4815  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.82 
 
 		 924 aa  82  0.00000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2376  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  26.51 
 
 		 897 aa  80.9  0.0000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000225223  hitchhiker  0.000754758 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4422  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.55 
 
 		 905 aa  79  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3046  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.84 
 
 		 922 aa  79  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0253  response regulator receiver and SARP domain protein  30.22 
 
 		 661 aa  78.6  0.0000000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.52601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3384  regulatory protein, LuxR  26.76 
 
 		 913 aa  77.8  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.425044  normal  0.0489433 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1393  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.76 
 
 		 913 aa  77  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0926  regulatory protein, LuxR  27.43 
 
 		 878 aa  76.6  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.289088  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2864  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  27.55 
 
 		 766 aa  76.6  0.000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.155264  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0366  transcriptional activator domain protein  24.89 
 
 		 1097 aa  76.3  0.000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.37715 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0794  regulatory protein, LuxR  28.41 
 
 		 905 aa  76.3  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.23816 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0808  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.69 
 
 		 905 aa  74.7  0.000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1678  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  26.19 
 
 		 910 aa  74.3  0.00000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0120  transcriptional regulator MalT  26.08 
 
 		 921 aa  73.6  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0767  LuxR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 905 aa  73.2  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0338  transcriptional regulator  27.82 
 
 		 1193 aa  72.8  0.00000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.497277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0162  ATP-dependent transcriptional regulator-like  24.5 
 
 		 756 aa  72  0.00000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1995  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.75 
 
 		 1019 aa  72  0.00000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.686742  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1633  regulatory protein, LuxR  27.4 
 
 		 732 aa  71.6  0.00000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.162775 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6753  ATP-dependent transcription regulator LuxR  23.95 
 
 		 932 aa  70.5  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.449288 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04848  transcriptional regulator MalT  23.8 
 
 		 902 aa  70.1  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0921  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein  25.57 
 
 		 881 aa  68.9  0.0000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.54574  normal  0.164383 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3827  transcriptional regulator domain-containing protein  26.65 
 
 		 1102 aa  68.9  0.0000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0262799 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4327  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.78 
 
 		 1021 aa  68.6  0.0000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001102  transcriptional activator of maltose regulon MalT  23.96 
 
 		 902 aa  68.6  0.0000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2524  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.62 
 
 		 914 aa  68.2  0.0000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.9975  normal  0.793034 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1210  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.04 
 
 		 889 aa  67.8  0.0000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.603589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0063  transcriptional regulator  26.8 
 
 		 1190 aa  68.2  0.0000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.82825  normal  0.766346 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4031  ATP-dependent transcription regulator LuxR  23.47 
 
 		 896 aa  67.4  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.924331  normal  0.36139 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0423  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  25.07 
 
 		 1003 aa  67  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3289  SARP family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 1116 aa  67  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.16943  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4892  transcriptional activator domain-containing protein  25.4 
 
 		 597 aa  67.4  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.123982 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4809  regulatory protein, LuxR  26.71 
 
 		 717 aa  66.6  0.000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.17127 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1911  transcriptional regulator domain protein  25.8 
 
 		 990 aa  65.9  0.000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.345318  decreased coverage  0.000588756 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1244  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  25.93 
 
 		 312 aa  65.5  0.000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.125554  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3347  transcriptional activator domain-containing protein  28.02 
 
 		 1109 aa  65.5  0.000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0605  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  27.15 
 
 		 758 aa  64.3  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.841569 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5027  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.81 
 
 		 921 aa  63.5  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.381332  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5833  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.81 
 
 		 921 aa  63.5  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4346  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.81 
 
 		 921 aa  63.5  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.815962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1148  regulatory protein LuxR  24.38 
 
 		 921 aa  63.9  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.108504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1524  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  26.59 
 
 		 907 aa  62.8  0.00000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.179507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2538  regulatory protein, LuxR  26.54 
 
 		 907 aa  62.8  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.896851  normal  0.0163895 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2600  transcriptional activator domain protein  22.48 
 
 		 1108 aa  62.8  0.00000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4637  transcriptional regulator MalT  24.93 
 
 		 904 aa  63.2  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3477  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.74 
 
 		 877 aa  62.4  0.00000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5822  LuxR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 914 aa  62  0.00000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3831  transcriptional regulator MalT  24.36 
 
 		 901 aa  62  0.00000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.219593  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2932  regulatory protein, LuxR  25.9 
 
 		 919 aa  62  0.00000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.104407  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0954  TPR repeat-containing protein  27.21 
 
 		 993 aa  62  0.00000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.656775  normal  0.653362 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3129  transcriptional regulator MalT  25.87 
 
 		 914 aa  61.6  0.00000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0535917  decreased coverage  0.00386402 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1506  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.8 
 
 		 876 aa  61.6  0.00000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2916  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  27.01 
 
 		 905 aa  60.8  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.725762  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3459  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  24.02 
 
 		 901 aa  60.1  0.0000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000984222  hitchhiker  0.00326143 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4133  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  23.26 
 
 		 749 aa  60.5  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3823  transcriptional regulator MalT  23.96 
 
 		 901 aa  60.1  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268029  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2694  response regulator receiver and SARP domain protein  23.55 
 
 		 435 aa  60.5  0.0000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0709  transcriptional regulator, SARP family  27.56 
 
 		 379 aa  60.1  0.0000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.122417  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0699  transcriptional activator domain-containing protein  29.88 
 
 		 1094 aa  60.5  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00060152 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1895  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.07 
 
 		 867 aa  60.1  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.283939  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3789  transcriptional regulator MalT  23.96 
 
 		 901 aa  59.3  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2534  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.16 
 
 		 925 aa  59.7  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.41261  normal  0.169149 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3717  transcriptional regulator MalT  23.96 
 
 		 901 aa  59.3  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3408  transcriptional activator domain protein  26.75 
 
 		 1118 aa  59.7  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3885  transcriptional regulator MalT  23.96 
 
 		 902 aa  59.3  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3714  transcriptional regulator MalT  23.96 
 
 		 901 aa  59.3  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2246  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.65 
 
 		 914 aa  58.9  0.0000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.220145  normal  0.0496967 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3364  transcriptional activator domain  26.75 
 
 		 1118 aa  59.3  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4759  regulatory protein, LuxR  26.44 
 
 		 913 aa  58.9  0.0000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3701  SARP family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 1064 aa  58.9  0.0000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000037794 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1728  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.32 
 
 		 870 aa  58.5  0.0000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2887  transcriptional regulator domain protein  25.32 
 
 		 997 aa  58.2  0.0000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0904649  normal  0.154883 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3547  transcriptional regulator  24.59 
 
 		 907 aa  58.2  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0892  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  24.57 
 
 		 896 aa  57.4  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.311866  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>