More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0083 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_0083  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 240 aa  473  1e-132  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0091  transcriptional regulator, AraC family  96.25 
 
 		 240 aa  458  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.994797 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0234  transcription regulator protein  74.39 
 
 		 248 aa  355  2.9999999999999997e-97  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.942813 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1906  putative transcriptional regulator  37.85 
 
 		 254 aa  123  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22580  AraC family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 254 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000567306  hitchhiker  0.000118862 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0910  helix-turn-helix, AraC type  33.6 
 
 		 243 aa  116  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1474  AraC family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 254 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.705391  normal  0.109317 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1747  transcriptional regulator, AraC family  34.58 
 
 		 231 aa  114  1.0000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.49476  normal  0.0537138 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4017  AraC family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 255 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00173287 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6428  AraC family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 243 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.980502 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6085  AraC family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 243 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1820  AraC family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 248 aa  101  9e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.167781  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5558  AraC family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 255 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3735  AraC family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 255 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.724419  normal  0.587123 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4719  AraC family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 255 aa  99  6e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3690  AraC family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 257 aa  99  7e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.278242 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4528  AraC family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 257 aa  99  7e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3835  AraC family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 257 aa  99  7e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0110424  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4511  AraC family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 255 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0764519  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3800  AraC family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 257 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000600898 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0553  AraC family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 255 aa  96.7  3e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.169968  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2613  AraC family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 255 aa  96.7  3e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2475  AraC family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 255 aa  96.3  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4906  AraC family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 256 aa  95.5  6e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.209639  hitchhiker  0.0012176 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0908  hypothetical protein  31.08 
 
 		 255 aa  95.5  6e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1400  helix-turn-helix domain-containing protein  34.14 
 
 		 255 aa  95.5  7e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.113749  normal  0.478615 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4383  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 257 aa  90.5  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.122442  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1250  AraC family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 263 aa  90.5  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2262  AraC family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 257 aa  88.2  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.302077  normal  0.0338598 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4427  helix-turn-helix domain-containing protein  27.53 
 
 		 257 aa  87.4  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54190  proline utilization regulator  31.06 
 
 		 250 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4739  proline utilization regulator  31.06 
 
 		 250 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.284133  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0773  AraC family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 237 aa  86.3  4e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2872  AraC family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 259 aa  85.5  6e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.895019 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1225  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 249 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.615855  normal  0.0441463 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6833  transcriptional regulator, AraC family  30.59 
 
 		 259 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.540277 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0168  AraC/XylS family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 287 aa  82  0.000000000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000293268  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  32 
 
 		 291 aa  81.3  0.00000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4042  helix-turn-helix domain-containing protein  31.51 
 
 		 263 aa  79.7  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4881  AraC family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 263 aa  79.7  0.00000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000645238  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1506  helix-turn-helix domain-containing protein  22.78 
 
 		 240 aa  79  0.00000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001016  transcriptional regulator AraC/XylS family  25.21 
 
 		 270 aa  77.4  0.0000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0540486  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3309  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 239 aa  76.6  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4999  AraC family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 279 aa  76.6  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.329946  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0820  HTH-type transcriptional regulator, AraC-family  23.63 
 
 		 259 aa  74.7  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3653  helix-turn-helix domain-containing protein  24.49 
 
 		 240 aa  72.4  0.000000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  44.57 
 
 		 327 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3159  AraC family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 296 aa  71.2  0.00000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1806  helix-turn-helix domain-containing protein  24.9 
 
 		 243 aa  71.6  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.851329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2193  AraC family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 323 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00215033 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  31.28 
 
 		 284 aa  70.5  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0862  transcriptional regulator, AraC family  37 
 
 		 318 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000330517  normal  0.0669751 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0975  transcriptional regulator, AraC family  29.28 
 
 		 271 aa  70.1  0.00000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2200  AraC family transcriptional regulator  52.44 
 
 		 345 aa  68.9  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  39.22 
 
 		 295 aa  68.9  0.00000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1861  helix-turn-helix domain-containing protein  27.54 
 
 		 259 aa  68.2  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0711253  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1670  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  41.49 
 
 		 314 aa  68.2  0.0000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.622556  normal  0.155323 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1627  transcriptional regulator, AraC family  22.17 
 
 		 273 aa  67.8  0.0000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000116038  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0628  AraC family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 319 aa  67.8  0.0000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.000338841  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5894  AraC family transcriptional regulator  51.22 
 
 		 345 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2183  AraC family transcriptional regulator  51.22 
 
 		 345 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0019  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 314 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07095  hypothetical protein  23.11 
 
 		 270 aa  67.8  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3696  helix-turn-helix domain-containing protein  32.86 
 
 		 188 aa  67.8  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1909  AraC family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 315 aa  67  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.190572  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2046  AraC family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 291 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0173792  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0867  AraC family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 315 aa  67  0.0000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000394258  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4298  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 271 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.552158  normal  0.269124 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5500  AraC family transcriptional regulator  50 
 
 		 345 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1502  AraC family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 115 aa  67  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.182478  normal  0.0194008 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2701  AraC family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 315 aa  67  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.137316  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4979  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 271 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3181  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 271 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3218  AraC family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 678 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000051538  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1405  AraC family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 251 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000697123  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1816  transcriptional regulator, AraC family  31.79 
 
 		 333 aa  66.6  0.0000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100464 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6272  AraC family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 143 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0908996 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6062  AraC family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 151 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0235  AraC family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 263 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2634  DNA-binding transcriptional regulator AraC  30.15 
 
 		 294 aa  65.9  0.0000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3203  AraC family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 315 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.10279  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3159  AraC family transcriptional regulator  38 
 
 		 334 aa  65.9  0.0000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0609208 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 278 aa  65.5  0.0000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3164  AraC family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 332 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0245945  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0782  AraC family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 131 aa  65.5  0.0000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0066  AraC family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 290 aa  65.9  0.0000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6439  AraC family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 143 aa  65.5  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.937218  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6674  AraC family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 143 aa  65.5  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  39.56 
 
 		 306 aa  65.5  0.0000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2113  two component AraC family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 548 aa  65.5  0.0000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 311 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2222  AraC family transcriptional regulator  48.78 
 
 		 345 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.844007  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 311 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2146  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 325 aa  65.1  0.0000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.536281  normal  0.441975 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0895  AraC family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 315 aa  65.1  0.000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3588  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 325 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0511949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0182  helix-turn-helix domain-containing protein  37.23 
 
 		 326 aa  64.7  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0556726  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3996  helix-turn-helix domain-containing protein  35.64 
 
 		 289 aa  64.7  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3317  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 327 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.672566 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3940  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 325 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>