More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0042 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0036  exodeoxyribonuclease III Xth  100 
 
 
261 aa  548  1e-155  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0042  exodeoxyribonuclease III Xth  100 
 
 
261 aa  548  1e-155  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.169682 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0140  putative exodeoxyribonuclease III protein  93.46 
 
 
261 aa  517  1e-146  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0057  exodeoxyribonuclease III Xth  82.95 
 
 
259 aa  462  1e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0331  exodeoxyribonuclease III Xth  81.4 
 
 
259 aa  457  9.999999999999999e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4393  exodeoxyribonucleaseiii xth  81.4 
 
 
259 aa  456  1e-127  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.599259  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3043  exodeoxyribonuclease III Xth  77.91 
 
 
257 aa  437  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3102  exodeoxyribonuclease III Xth  78.91 
 
 
256 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3160  exodeoxyribonuclease III Xth  77.91 
 
 
257 aa  437  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0485064  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3121  exodeoxyribonuclease III Xth  78.91 
 
 
257 aa  434  1e-121  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.918757 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0151  exodeoxyribonuclease III  77.52 
 
 
256 aa  435  1e-121  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2491  exodeoxyribonuclease III (xth)  78.91 
 
 
257 aa  434  1e-121  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.510804  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3105  exodeoxyribonuclease III Xth  78.91 
 
 
257 aa  434  1e-121  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0186  exodeoxyribonuclease III  77.52 
 
 
256 aa  433  1e-120  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0167  exodeoxyribonuclease III  77.52 
 
 
256 aa  433  1e-120  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.580227  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2780  exodeoxyribonuclease III  77.52 
 
 
256 aa  433  1e-120  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0371  exodeoxyribonuclease III  77.52 
 
 
256 aa  433  1e-120  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2299  exodeoxyribonuclease III  77.52 
 
 
256 aa  433  1e-120  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.87728  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6456  exodeoxyribonuclease III xth  78.29 
 
 
257 aa  433  1e-120  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0175  exodeoxyribonuclease III  77.52 
 
 
256 aa  433  1e-120  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2379  exodeoxyribonuclease III  77.52 
 
 
256 aa  433  1e-120  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.124522  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0194  AP endonuclease  76.56 
 
 
258 aa  410  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0149  exodeoxyribonuclease III (xth)  76.56 
 
 
258 aa  398  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2008  exodeoxyribonuclease III Xth  68.46 
 
 
260 aa  375  1e-103  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1725  exodeoxyribonuclease III Xth  67.69 
 
 
260 aa  372  1e-102  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.569641  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0254  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  65.76 
 
 
259 aa  351  7e-96  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0123  AP endonuclease  64.5 
 
 
259 aa  350  2e-95  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2484  exodeoxyribonuclease III (xth)  65.37 
 
 
257 aa  347  9e-95  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0109  exodeoxyribonuclease III Xth  61.18 
 
 
261 aa  345  5e-94  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0626468  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0685  exodeoxyribonuclease III Xth  60.85 
 
 
260 aa  337  9.999999999999999e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0070  exodeoxyribonuclease III Xth  63.18 
 
 
257 aa  337  9.999999999999999e-92  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0224  exodeoxyribonuclease III  61.96 
 
 
259 aa  335  2.9999999999999997e-91  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.465844  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4050  exodeoxyribonuclease III Xth  62.07 
 
 
262 aa  328  7e-89  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000121179 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0321  exodeoxyribonuclease III  57.65 
 
 
257 aa  323  2e-87  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.323864  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3929  exodeoxyribonuclease III  60.31 
 
 
263 aa  322  3e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0277  exodeoxyribonuclease III Xth  57.52 
 
 
267 aa  314  9e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0273673  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0339  exodeoxyribonuclease III Xth  57.46 
 
 
267 aa  310  2e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0403  exodeoxyribonuclease III  55.29 
 
 
259 aa  307  1.0000000000000001e-82  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0233  exodeoxyribonuclease III Xth  56.34 
 
 
267 aa  305  5.0000000000000004e-82  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0227  exodeoxyribonuclease III Xth  56.34 
 
 
267 aa  305  6e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1784  exodeoxyribonuclease III  54.9 
 
 
259 aa  304  9.000000000000001e-82  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0288  exodeoxyribonuclease III Xth  57.79 
 
 
264 aa  303  1.0000000000000001e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.923056 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0167  exodeoxyribonuclease III Xth  50.95 
 
 
319 aa  298  5e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201775  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0702  hypothetical protein  52.94 
 
 
260 aa  293  2e-78  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0684  hypothetical protein  52.94 
 
 
260 aa  293  2e-78  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0039  exodeoxyribonuclease III Xth  54.51 
 
 
256 aa  293  2e-78  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0089  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  60.31 
 
 
263 aa  290  2e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.499029 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0295  exodeoxyribonuclease III Xth  52.63 
 
 
266 aa  285  5.999999999999999e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.049779 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02934  exodeoxyribonuclease III  54.14 
 
 
266 aa  279  3e-74  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.636028  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1619  exodeoxyribonuclease III Xth  53.93 
 
 
266 aa  273  2.0000000000000002e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.8373 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0121  exodeoxyribonuclease III Xth  51.88 
 
 
266 aa  268  5.9999999999999995e-71  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00155792  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1541  AP endonuclease  49.24 
 
 
267 aa  264  1e-69  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.241112  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0138  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  51.13 
 
 
266 aa  263  2e-69  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.287048  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3225  exodeoxyribonuclease III Xth  46.39 
 
 
265 aa  252  4.0000000000000004e-66  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.103281  hitchhiker  0.00000209509 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05100  exodeoxyribonuclease III  47.92 
 
 
265 aa  248  1e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2193  exodeoxyribonuclease III Xth  46.47 
 
 
267 aa  245  4e-64  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000941808  hitchhiker  0.000239022 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5745  exodeoxyribonuclease III Xth  43.94 
 
 
294 aa  241  1e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321792  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6475  exodeoxyribonuclease III Xth  45.45 
 
 
264 aa  236  4e-61  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4271  exodeoxyribonuclease III Xth  44.19 
 
 
256 aa  221  7e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3497  exodeoxyribonuclease III  43.08 
 
 
254 aa  219  5e-56  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.570342 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0618  exodeoxyribonuclease III Xth  38.91 
 
 
258 aa  216  2e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  unclonable  0.00000000000157128 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0890  exodeoxyribonuclease III Xth  42.86 
 
 
254 aa  216  2e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0216  exodeoxyribonuclease III (xth)  55.38 
 
 
349 aa  216  2e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0269  exodeoxyribonuclease III  41.5 
 
 
254 aa  213  1.9999999999999998e-54  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3205  exodeoxyribonuclease III  40.15 
 
 
255 aa  210  2e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70390  catabolite repression control protein  38.04 
 
 
259 aa  207  1e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6108  catabolite repression control protein  38.04 
 
 
259 aa  207  1e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0466604  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0180  exodeoxyribonuclease III Xth  37.65 
 
 
259 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.101584  hitchhiker  0.00000710685 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2986  exodeoxyribonuclease III Xth  40.55 
 
 
254 aa  204  1e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5292  exodeoxyribonuclease III Xth  38.04 
 
 
259 aa  203  2e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.328538 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5341  exodeoxyribonuclease III Xth  38.04 
 
 
259 aa  203  2e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.11599  hitchhiker  0.00893933 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5200  exodeoxyribonuclease III Xth  38.04 
 
 
259 aa  203  2e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  0.425377 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01760  exodeoxyribonuclease  41.41 
 
 
254 aa  202  3e-51  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4384  exodeoxyribonuclease III Xth  36.47 
 
 
259 aa  202  4e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.465503  normal  0.053083 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5545  exodeoxyribonuclease III xth  37.25 
 
 
259 aa  202  6e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1734  exodeoxyribonuclease III  40.77 
 
 
256 aa  201  9.999999999999999e-51  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00350824  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0215  exodeoxyribonuclease III xth  36.86 
 
 
259 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3242  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  38.34 
 
 
258 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0851525 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0079  exodeoxyribonuclease III, putative  36.86 
 
 
259 aa  199  3e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0948  exodeoxyribonuclease III Xth  42.32 
 
 
272 aa  199  5e-50  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.875165  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02870  catabolite repression control protein; Crc  36.47 
 
 
259 aa  198  7e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0832  exodeoxyribonuclease III Xth  39.37 
 
 
253 aa  197  1.0000000000000001e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.808552  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0547  exodeoxyribonuclease III Xth  38.2 
 
 
268 aa  197  2.0000000000000003e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0254  exodeoxyribonuclease III Xth  37.65 
 
 
249 aa  195  5.000000000000001e-49  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.345857  normal  0.41311 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2145  exodeoxyribonuclease III  39.02 
 
 
251 aa  195  6e-49  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0377  exodeoxyribonuclease III Xth  40.32 
 
 
255 aa  193  2e-48  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0823  exodeoxyribonuclease III  36.86 
 
 
255 aa  193  2e-48  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1247  exodeoxyribonuclease III Xth  37.01 
 
 
255 aa  192  6e-48  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0582  exodeoxyribonuclease III Xth  36.82 
 
 
249 aa  191  8e-48  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.24337  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0258  exonuclease III  40.7 
 
 
286 aa  191  1e-47  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.209471  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1258  exodeoxyribonuclease III Xth  37.84 
 
 
257 aa  190  2e-47  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1647  exodeoxyribonuclease III Xth  36.11 
 
 
249 aa  189  2.9999999999999997e-47  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1451  exodeoxyribonuclease III Xth  39.13 
 
 
254 aa  189  5e-47  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.991336  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27900  exodeoxyribonuclease III Xth  40.67 
 
 
266 aa  188  9e-47  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.408548  normal  0.79978 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1497  exodeoxyribonuclease III Xth  39.76 
 
 
253 aa  187  1e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1195  exodeoxyribonuclease III Xth  38.66 
 
 
277 aa  187  2e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000488572 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0339  exodeoxyribonuclease III Xth  36.76 
 
 
257 aa  187  2e-46  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.361272  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0461  exodeoxyribonuclease III (xth)  40 
 
 
267 aa  186  4e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.25576  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0130  exodeoxyribonuclease III  37.74 
 
 
257 aa  183  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0392835 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3671  histidine kinase  33.33 
 
 
261 aa  182  4.0000000000000006e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.148225 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>