278 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0023 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_0023  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 		 232 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.781949 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0018  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  98.28 
 
 		 232 aa  464  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4309  cyclic nucleotide-binding  83.62 
 
 		 232 aa  388  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5767  putative HTH Crp family transcriptional regulator  81.36 
 
 		 253 aa  368  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6768  cyclic nucleotide-binding protein  61.11 
 
 		 248 aa  267  1e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.1826  normal  0.270362 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1687  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  58.6 
 
 		 299 aa  265  4e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.535238  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0992  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  58.14 
 
 		 289 aa  265  7e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0799157  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1075  cyclic nucleotide-binding protein  58.14 
 
 		 281 aa  264  8e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.179519  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2305  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  58.14 
 
 		 309 aa  264  8e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2783  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  60.19 
 
 		 248 aa  264  8e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.778441  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1395  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  57.67 
 
 		 304 aa  263  2e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.553188  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0137  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  57.67 
 
 		 284 aa  263  2e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0510  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  57.67 
 
 		 284 aa  263  2e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1475  cyclic nucleotide-binding protein  57.67 
 
 		 284 aa  263  2e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3223  cyclic nucleotide-binding protein  58.8 
 
 		 247 aa  261  6.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.319468 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4072  cyclic nucleotide-binding protein  58.8 
 
 		 247 aa  260  1e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.426596  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4294  cyclic nucleotide-binding protein  58.8 
 
 		 247 aa  260  1e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.803161  normal  0.987027 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1725  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  54.94 
 
 		 251 aa  254  6e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.134143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4190  cyclic nucleotide-binding protein  56.94 
 
 		 262 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.456577  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3712  cyclic nucleotide-binding protein  56.94 
 
 		 259 aa  253  3e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4311  cyclic nucleotide-binding protein  56.02 
 
 		 285 aa  245  3e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0853188  normal  0.342841 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0213  cyclic nucleotide-binding protein  47.17 
 
 		 259 aa  213  1.9999999999999998e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0248  cyclic nucleotide-binding  46.95 
 
 		 224 aa  211  9e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0259  cyclic nucleotide-binding protein  44.81 
 
 		 222 aa  202  5e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4295  Crp/FNR family transcriptional regulator  48.91 
 
 		 265 aa  192  3e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5944  cyclic nucleotide-binding  43.64 
 
 		 228 aa  189  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0464  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  44.8 
 
 		 272 aa  187  1e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0498511  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1160  Crp/FNR family transcriptional regulator  45.25 
 
 		 242 aa  186  2e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0473  Crp/FNR family transcriptional regulator  45.25 
 
 		 272 aa  186  3e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.144164 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0605  Crp/FNR family transcriptional regulator  44.8 
 
 		 252 aa  184  8e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00101565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4026  cyclic nucleotide-binding protein  42.92 
 
 		 234 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4138  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.92 
 
 		 234 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.60462  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5005  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  43.56 
 
 		 261 aa  184  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.62031  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.4 
 
 		 230 aa  183  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3543  Crp/FNR family transcriptional regulator  43.44 
 
 		 236 aa  181  6e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5713  transcriptional regulator  43.6 
 
 		 224 aa  181  7e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.590376  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6150  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  43.96 
 
 		 226 aa  177  1e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3605  CRP/FNR family transcriptional regulator  42.08 
 
 		 235 aa  176  2e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.391558 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0681  Crp/FNR family transcriptional regulator  42.92 
 
 		 234 aa  175  6e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0670228  normal  0.546641 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3433  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.74 
 
 		 251 aa  172  5.999999999999999e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00135571 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0075  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  43.18 
 
 		 236 aa  164  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2580  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 231 aa  152  2.9999999999999998e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2132  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 231 aa  128  8.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00647195  normal  0.364317 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0608  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.75 
 
 		 161 aa  121  7e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2394  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 255 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0405792  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.67 
 
 		 239 aa  84.7  0.000000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 239 aa  84.7  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 239 aa  84  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 239 aa  83.6  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4994  cyclic nucleotide-binding protein  29.33 
 
 		 247 aa  84.3  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103725  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.82 
 
 		 239 aa  81.6  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1913  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 241 aa  81.3  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.205993  normal  0.953786 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  25.84 
 
 		 239 aa  80.9  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 239 aa  79.3  0.00000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 241 aa  79.3  0.00000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3781  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.73 
 
 		 230 aa  77.4  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4858  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.73 
 
 		 230 aa  77.4  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.748285 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1058  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 258 aa  75.9  0.0000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0976  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.19 
 
 		 258 aa  75.9  0.0000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.859751  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003082  transcriptional regulator Crp/Fnr family  25 
 
 		 231 aa  74.3  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00863529  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  26.67 
 
 		 226 aa  72  0.000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 228 aa  71.6  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1169  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 227 aa  68.6  0.00000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0303416  normal  0.0506186 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 237 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  26.05 
 
 		 228 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3129  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.63 
 
 		 224 aa  66.2  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0256895  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 234 aa  66.2  0.0000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.1084 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3511  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 233 aa  65.9  0.0000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0428  Crp family transcriptional regulator  22.48 
 
 		 201 aa  65.9  0.0000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 227 aa  65.5  0.0000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 235 aa  65.1  0.0000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.027549  normal  0.149867 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0528  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.9 
 
 		 244 aa  64.7  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  24.42 
 
 		 266 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 229 aa  64.7  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  24.07 
 
 		 251 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  24.07 
 
 		 251 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4353  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 227 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  24.07 
 
 		 251 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  24.07 
 
 		 251 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  24.07 
 
 		 251 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  25.12 
 
 		 228 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.65 
 
 		 237 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 226 aa  62.8  0.000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01902  putative transcription regulator protein  27.11 
 
 		 239 aa  61.2  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980965  normal  0.145891 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2085  cyclic nucleotide binding protein  23.58 
 
 		 238 aa  61.2  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4881  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 278 aa  60.5  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.484233  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01198  cyclic nucleotide-binding protein  25.12 
 
 		 229 aa  60.5  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  24.2 
 
 		 243 aa  60.8  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2514  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 231 aa  60.1  0.00000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.619242 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4243  Crp/Fnr family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 305 aa  60.1  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.286118 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.4 
 
 		 225 aa  59.3  0.00000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.71 
 
 		 223 aa  59.7  0.00000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2665  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 239 aa  58.5  0.00000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0675619  normal  0.290328 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.77 
 
 		 235 aa  58.5  0.00000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1092  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.36 
 
 		 234 aa  58.5  0.00000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.04 
 
 		 235 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2978  Crp/FNR family transcriptional regulator  19.91 
 
 		 235 aa  58.2  0.0000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.04 
 
 		 235 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5872  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.5 
 
 		 235 aa  57  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.142608  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.53 
 
 		 243 aa  57.4  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>