More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0018 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_0018  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  100 
 
 
244 aa  475  1e-133  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0013  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  96.31 
 
 
244 aa  390  1e-108  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.38894  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2104  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  94.09 
 
 
248 aa  361  5.0000000000000005e-99  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0210  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  88.6 
 
 
228 aa  353  2e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0229  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  89.95 
 
 
242 aa  349  2e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0297  amino acid ABC transporter permease  67.42 
 
 
221 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0305  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  70.14 
 
 
221 aa  303  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1917  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  66.52 
 
 
221 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.182238  normal  0.18588 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5460  amino acid ABC transporter permease  68.66 
 
 
226 aa  301  7.000000000000001e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0202698 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5246  amino acid ABC transporter, permease protein  66.82 
 
 
221 aa  299  2e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5266  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  60.36 
 
 
223 aa  235  4e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5542  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  60.09 
 
 
223 aa  231  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.645563 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6714  ABC amino acid transporter, inner membrane subunit  56.17 
 
 
254 aa  230  1e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3210  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  56.68 
 
 
225 aa  230  2e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1687  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  55.02 
 
 
248 aa  229  4e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0763978  normal  0.68129 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4963  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  53.81 
 
 
248 aa  228  6e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0584906  normal  0.053215 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2074  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  59.15 
 
 
224 aa  226  2e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.288979 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1497  amino acid ABC transporter permease  59.2 
 
 
228 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.732768  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6332  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  59.2 
 
 
228 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.587938  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6997  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  59.2 
 
 
228 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0515813 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3248  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  56.33 
 
 
248 aa  223  2e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.350579  normal  0.268323 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0878  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  53.46 
 
 
221 aa  221  9.999999999999999e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.105888  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3312  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  52.78 
 
 
221 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3468  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.61 
 
 
222 aa  218  5e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0933  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.61 
 
 
221 aa  216  2.9999999999999998e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.118003  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0908  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  53.62 
 
 
222 aa  214  8e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.258464  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3473  amino acid ABC transporter permease  50.89 
 
 
220 aa  213  1.9999999999999998e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3668  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  55.3 
 
 
218 aa  211  1e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.165555  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1512  ABC transporter membrane spanning protein  56.16 
 
 
223 aa  207  9e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.438204  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1744  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.89 
 
 
223 aa  204  1e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3127  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.51 
 
 
227 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0256845 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0162  amino acid ABC transporter permease  51.58 
 
 
220 aa  198  5e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.269477  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3671  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.88 
 
 
223 aa  196  3e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4064  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.54 
 
 
218 aa  195  6e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.160055  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3189  amino acid ABC transporter, permease protein  49.54 
 
 
222 aa  194  9e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3448  amino acid ABC transporter permease  49.54 
 
 
222 aa  194  9e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3328  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.54 
 
 
222 aa  194  9e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2074  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.06 
 
 
227 aa  193  2e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1032  amino acid ABC transporter permease  43.61 
 
 
227 aa  189  4e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000000922275  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1502  amino acid ABC transporter permease  51.13 
 
 
220 aa  187  1e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.895393  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0174  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.6 
 
 
227 aa  186  2e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.904151 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2598  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.32 
 
 
223 aa  186  3e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.670046  normal  0.181167 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5079  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.25 
 
 
222 aa  186  3e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0506194  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4512  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.7 
 
 
226 aa  186  4e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.194375  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3335  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.84 
 
 
223 aa  185  5e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.274195 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2431  ABC polar amino acid transporter inner membrane protein  46.67 
 
 
222 aa  183  2.0000000000000003e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.460682  normal  0.0698059 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3990  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.36 
 
 
222 aa  180  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126445 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2439  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.52 
 
 
234 aa  178  5.999999999999999e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.917675  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3748  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.78 
 
 
222 aa  178  7e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1708  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.74 
 
 
227 aa  178  8e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0448  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.99 
 
 
220 aa  174  9.999999999999999e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3976  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.84 
 
 
234 aa  169  3e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.66874  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3975  amino acid ABC transporter permease  44.86 
 
 
233 aa  166  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.208629  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3461  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.13 
 
 
222 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4670  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.6 
 
 
226 aa  164  9e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.991129  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7089  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.89 
 
 
222 aa  162  6e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.107258  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5949  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.89 
 
 
222 aa  161  7e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.426102  normal  0.0201858 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1601  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.2 
 
 
227 aa  161  9e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3419  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.36 
 
 
223 aa  160  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.705038  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5459  ABC transporter membrane spanning protein (amino acid)  39.81 
 
 
222 aa  154  1e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4924  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.55 
 
 
251 aa  150  2e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.69133  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3109  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.27 
 
 
245 aa  138  7.999999999999999e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1057  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.19 
 
 
216 aa  137  2e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000168875  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1492  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.45 
 
 
223 aa  136  4e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6678  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.67 
 
 
241 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1092  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.79 
 
 
227 aa  135  7.000000000000001e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.972278  normal  0.0193849 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0469  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter, permease protein EhuC  36.68 
 
 
216 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0343  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.73 
 
 
216 aa  132  3e-30  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0325  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.24 
 
 
216 aa  132  6.999999999999999e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0727  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.73 
 
 
503 aa  127  1.0000000000000001e-28  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000479447  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1045  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  37.81 
 
 
216 aa  127  2.0000000000000002e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3091  amino acid ABC transporter permease  35.45 
 
 
220 aa  125  5e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.832424  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0167  amino acid ABC transporter permease  36.67 
 
 
251 aa  125  6e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0359  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.15 
 
 
260 aa  125  7e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0716  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.5 
 
 
216 aa  124  1e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.267737  normal  0.0337978 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1155  glutamine ABC transporter permease protein  38.19 
 
 
218 aa  124  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0692  amino acid ABC transporter permease  36.15 
 
 
222 aa  124  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.194775  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0568  amino acid ABC transporter permease  29.3 
 
 
223 aa  124  2e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3698  glutamine ABC transporter permease protein  38.19 
 
 
218 aa  122  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.143034  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0214  ABC-type amino acid transport system, permease and periplasmic component  33.02 
 
 
516 aa  122  4e-27  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.002492  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0582  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  30.32 
 
 
223 aa  122  5e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2879  glutamine ABC transporter permease protein  35.35 
 
 
219 aa  122  6e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0618158  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4703  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.43 
 
 
492 aa  121  9e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3164  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.96 
 
 
493 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.296252  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0684  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  34.98 
 
 
221 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0799785  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4751  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.27 
 
 
224 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.73498e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0226  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  34.92 
 
 
222 aa  119  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00679283 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0241  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.92 
 
 
222 aa  119  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.213346 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3886  amino acid ABC transporter permease  35.5 
 
 
501 aa  119  3.9999999999999996e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1297  glutamine ABC transporter permease protein  35.35 
 
 
219 aa  119  6e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0712519  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4986  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.39 
 
 
222 aa  118  7e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.86981 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00777  glutamine ABC transporter permease protein  35.05 
 
 
219 aa  118  9e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2832  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.05 
 
 
219 aa  118  9e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.137324  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00794  hypothetical protein  35.05 
 
 
219 aa  118  9e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2833  glutamine ABC transporter permease protein  35.05 
 
 
219 aa  118  9e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.2982  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0959  glutamine ABC transporter permease protein  35.05 
 
 
219 aa  118  9e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000482918  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0834  glutamine ABC transporter permease protein  35.05 
 
 
219 aa  118  9e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000546906  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0879  glutamine ABC transporter permease protein  35.05 
 
 
219 aa  118  9e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000000563749  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3994  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.5 
 
 
219 aa  118  9e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0526601  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0469  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.18 
 
 
220 aa  118  9e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000402789  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>