More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0004 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_0004  N-6 DNA methylase  100 
 
 		 710 aa  1451    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.702722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0430  restriction enzyme, alpha subunit  26.81 
 
 		 656 aa  159  2e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.727595  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3269  N-6 DNA methylase  34.58 
 
 		 630 aa  153  8e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000126055  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0537  N-6 DNA methylase  31.85 
 
 		 669 aa  122  1.9999999999999998e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0850  N-6 DNA methylase  33.46 
 
 		 496 aa  106  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20250  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  24.83 
 
 		 650 aa  103  1e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.174498  normal  0.244948 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3178  N-6 DNA methylase  31.58 
 
 		 498 aa  97.4  8e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0125713  hitchhiker  0.0000000000157011 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1724  type I restriction-modification system, M subunit  25.22 
 
 		 494 aa  97.1  1e-18  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4819  N-6 DNA methylase  27.82 
 
 		 499 aa  95.9  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3155  N-6 DNA methylase  30 
 
 		 498 aa  95.5  3e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2599  type I restriction-modification system, M subunit  24.75 
 
 		 505 aa  95.9  3e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0274218  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3610  N-6 DNA methylase  31.3 
 
 		 500 aa  94.7  5e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.578876  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1259  N-6 DNA methylase  26.45 
 
 		 490 aa  93.6  1e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.624489  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0805  N-6 DNA methylase  28.66 
 
 		 484 aa  91.7  5e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.614419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3981  N-6 DNA methylase  26.42 
 
 		 499 aa  91.7  5e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.625863  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0990  type I restriction-modification system, M subunit  25.27 
 
 		 501 aa  90.5  9e-17  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.555022  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4043  N-6 DNA methylase  27.12 
 
 		 824 aa  90.5  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0188  N-6 DNA methylase  28.09 
 
 		 775 aa  90.1  1e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.113729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1130  N-6 DNA methylase  26.04 
 
 		 553 aa  90.1  1e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1254  N-6 DNA methylase  28.63 
 
 		 484 aa  89.4  2e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0713487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3429  type I restriction-modification system, M subunit  27.24 
 
 		 505 aa  89.4  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05613  type I restriction-modification system specificity subunit  25.08 
 
 		 873 aa  89.4  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2413  N-6 DNA methylase  29.32 
 
 		 494 aa  89.7  2e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.228533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2725  N-6 DNA methylase  25.44 
 
 		 554 aa  87.8  6e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1454  N-6 DNA methylase  26.48 
 
 		 553 aa  87.4  9e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.330488  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1036  N-6 DNA methylase  25.19 
 
 		 527 aa  86.7  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00552327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3772  N-6 DNA methylase  29.47 
 
 		 429 aa  86.7  0.000000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3845  N-6 DNA methylase  29.47 
 
 		 429 aa  86.7  0.000000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3192  N-6 DNA methylase  25.94 
 
 		 605 aa  85.5  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0353  N-6 DNA methylase  27.94 
 
 		 488 aa  85.5  0.000000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1896  N-6 DNA methylase  26.77 
 
 		 511 aa  85.1  0.000000000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.836046  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4623  type I restriction-modification system, M subunit  25.19 
 
 		 810 aa  84.7  0.000000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.218097 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5009  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  27.38 
 
 		 860 aa  84.3  0.000000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.235997 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0097  type I restriction-modification system M subunit  26.1 
 
 		 822 aa  84.7  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.836051  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2927  type I restriction-modification system, M subunit  28.43 
 
 		 504 aa  84.3  0.000000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1525  type I restriction modification enzyme methylase subunit  25.07 
 
 		 579 aa  84.7  0.000000000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1133  N-6 DNA methylase  27.74 
 
 		 490 aa  84.7  0.000000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.813419  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2651  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  27.47 
 
 		 484 aa  84.7  0.000000000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0553747  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0807  DNA-methyltransferase, type I restriction-modification enzyme subunit M  24.75 
 
 		 486 aa  84.3  0.000000000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.444408  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5275  N-6 DNA methylase  27.08 
 
 		 623 aa  84  0.000000000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4612  N-6 DNA methylase  26.81 
 
 		 489 aa  83.2  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000590691 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0895  N-6 DNA methylase  26.03 
 
 		 834 aa  83.6  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04440  type I restriction-modification system, M subunit  24.03 
 
 		 495 aa  83.2  0.00000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1535  N-6 DNA methylase  26.12 
 
 		 486 aa  82.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4741  type I restriction-modification system, M subunit  27.17 
 
 		 489 aa  82.8  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4455  N-6 DNA methylase  24.92 
 
 		 492 aa  83.2  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.435107  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5860  type I restriction-modification system, M subunit  26.07 
 
 		 493 aa  82.8  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.822857 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0508  type I restriction-modification system, M subunit  23.43 
 
 		 814 aa  82.8  0.00000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04061  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  26.8 
 
 		 703 aa  82.8  0.00000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1195  type II restriction-modification enzyme  24.66 
 
 		 1343 aa  82  0.00000000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1092  N-6 DNA methylase  27.04 
 
 		 505 aa  82  0.00000000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.299691  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3200  N-6 DNA methylase  24.07 
 
 		 545 aa  82  0.00000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2087  N-6 DNA methylase  28.97 
 
 		 509 aa  81.6  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000122296 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0786  N-6 DNA methylase  28.74 
 
 		 710 aa  81.6  0.00000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.798778  normal  0.467887 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2258  type I restriction-modification system, M subunit  24.81 
 
 		 891 aa  81.3  0.00000000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2853  N-6 DNA methylase  26.1 
 
 		 810 aa  81.3  0.00000000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0991376 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06810  type I restriction enzyme M protein  24.91 
 
 		 526 aa  80.9  0.00000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6045  type I restriction-modification system subunit M  26.37 
 
 		 489 aa  80.9  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0475301  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1026  N-6 DNA methylase  25.8 
 
 		 549 aa  80.9  0.00000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1415  N-6 DNA methylase  25.98 
 
 		 477 aa  80.9  0.00000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0877265  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1501  N-6 DNA methylase  25.84 
 
 		 513 aa  80.9  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3570  N-6 DNA methylase  24.85 
 
 		 484 aa  80.9  0.00000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.054861  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0405  type I restriction-modification system, M subunit  25 
 
 		 799 aa  80.5  0.00000000000009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0613  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  24.53 
 
 		 484 aa  80.1  0.0000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0865  type I restriction-modification system, M subunit  23.95 
 
 		 814 aa  80.1  0.0000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173727  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3226  N-6 DNA methylase  28.1 
 
 		 481 aa  80.5  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0512  type I restriction modification system M subunit (site-specific DNA-methyltransferase subunit)  26.18 
 
 		 489 aa  80.1  0.0000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0228  N-6 DNA methylase  25.81 
 
 		 484 aa  79.3  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2498  type I restriction-modification system, M subunit  26.47 
 
 		 488 aa  79.7  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.095428  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1577  type I restriction-modification system, M subunit  26.43 
 
 		 484 aa  79.7  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.947149  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3088  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  24.26 
 
 		 502 aa  79  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.143322  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0840  type I restriction-modification system, M subunit  25.53 
 
 		 508 aa  79  0.0000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.10678  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2193  type I restriction-modification system, M subunit  26.02 
 
 		 847 aa  79  0.0000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.184981  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0788  type I restriction-modification system, M subunit  25.53 
 
 		 523 aa  79  0.0000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.237272  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0036  type I restriction enzyme  24.2 
 
 		 510 aa  79  0.0000000000003  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.27058  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3600  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  23.28 
 
 		 530 aa  78.6  0.0000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2791  type I restriction-modification system, M subunit  25.63 
 
 		 633 aa  78.6  0.0000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0128  N-6 DNA methylase  26.01 
 
 		 846 aa  78.6  0.0000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0942  Type I restriction-modification system M subunit  26.22 
 
 		 495 aa  78.2  0.0000000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.100571  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2095  N-6 DNA methylase  27.62 
 
 		 506 aa  78.2  0.0000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.866989  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3181  N-6 DNA methylase  28.72 
 
 		 512 aa  78.2  0.0000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0161  N-6 DNA methylase  27.69 
 
 		 508 aa  78.2  0.0000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.885199 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1211  N-6 DNA methylase  26.29 
 
 		 522 aa  78.2  0.0000000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0614  type I restriction-modification system, M subunit  24.15 
 
 		 494 aa  77.8  0.0000000000006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0763672  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0833  N-6 DNA methylase  25.66 
 
 		 489 aa  77.8  0.0000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.564652 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0161  type I restriction-modification system, M subunit  25.37 
 
 		 506 aa  77.8  0.0000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0684  type I restriction-modification system, M subunit  25.66 
 
 		 489 aa  77.8  0.0000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0972  N-6 DNA methylase  25.15 
 
 		 911 aa  77.8  0.0000000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.91965 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2418  N-6 DNA methylase  27.97 
 
 		 493 aa  77.8  0.0000000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0240611  normal  0.175475 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1672  N-6 DNA methylase  24.6 
 
 		 516 aa  77.4  0.0000000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.179457  hitchhiker  0.001187 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1977  N-6 DNA methylase  26.67 
 
 		 500 aa  77.4  0.0000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.850783  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3534  EcoEI R domain-containing protein  27.37 
 
 		 481 aa  77.4  0.0000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0122101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1072  type I restriction-modification system, M subunit  23.53 
 
 		 815 aa  77.4  0.0000000000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0383  type I restriction-modification system, M subunit  23.86 
 
 		 585 aa  77  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02073  type I restriction enzyme EcoEI M protein  26.45 
 
 		 489 aa  76.6  0.000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1673  N-6 DNA methylase  25.97 
 
 		 493 aa  77  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3271  putative RNA methylase  26.76 
 
 		 479 aa  76.3  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.11081  normal  0.0311183 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1235  N-6 DNA methylase  25.95 
 
 		 501 aa  75.9  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1089  N-6 DNA methylase  25.19 
 
 		 527 aa  76.3  0.000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0857  N-6 DNA methylase  25.52 
 
 		 495 aa  76.3  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.015495  normal  0.121553 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>