More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_R0053 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RS05585  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  170  3e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000486194  normal  0.206056 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0050  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  170  3e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.160697  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0053  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  170  3e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798877 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0058  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 86 bp  155  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0117646  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0059  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 86 bp  155  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1903  tRNA-Tyr  96.51 
 
 		 86 bp  147  5e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000431131  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3765  tRNA-Tyr  96.51 
 
 		 86 bp  147  5e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000000159613  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3458  tRNA-Tyr  96.51 
 
 		 86 bp  147  5e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000255407  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Tyr-3  tRNA-Tyr  96.51 
 
 		 86 bp  147  5e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000509746  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0009  tRNA-Tyr  96.51 
 
 		 86 bp  147  5e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000816684  normal  0.0119926 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3797  tRNA-Tyr  96.51 
 
 		 86 bp  147  5e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.0000000000392981  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0012  tRNA-Tyr  96.51 
 
 		 86 bp  147  5e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000122749  normal  0.1453 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3087  tRNA-Tyr  96.51 
 
 		 86 bp  147  5e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000100368  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0079  tRNA-Tyr  96.51 
 
 		 86 bp  147  5e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000287408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0012  tRNA-Tyr  96.51 
 
 		 86 bp  147  5e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000498022  normal  0.583386 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0061  tRNA-Tyr  96.51 
 
 		 86 bp  147  5e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000000782814  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3827  tRNA-Tyr  96.51 
 
 		 86 bp  147  5e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.400436  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0059  tRNA-Tyr  96.51 
 
 		 86 bp  147  5e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000000111463  hitchhiker  0.000000693164 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0012  tRNA-Tyr  96.51 
 
 		 86 bp  147  5e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000828702  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0011  tRNA-Tyr  96.51 
 
 		 86 bp  147  5e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000000561505  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0072  tRNA-Tyr  96.51 
 
 		 86 bp  147  5e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000172192  normal  0.224883 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3189  tRNA-Tyr  96.51 
 
 		 86 bp  147  5e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000533959  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0020  tRNA-Tyr  98.68 
 
 		 83 bp  143  8e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000230184  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0068  tRNA-Tyr  94.19 
 
 		 86 bp  131  3e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.544581  normal  0.0861147 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0003  tRNA-Tyr  94.19 
 
 		 86 bp  131  3e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0058  tRNA-Tyr  94.19 
 
 		 86 bp  131  3e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0063  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 86 bp  123  7e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0003  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 86 bp  123  7e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0060  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 86 bp  123  7e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000231954  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0057  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 86 bp  123  7e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.658819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0050  tRNA-Tyr  97.06 
 
 		 86 bp  119  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00161887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0047  tRNA-Tyr  91.86 
 
 		 86 bp  115  2.0000000000000002e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.460212  normal  0.496186 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0025  tRNA-Tyr  91.86 
 
 		 86 bp  115  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.578313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0034  tRNA-Tyr  91.86 
 
 		 85 bp  107  4e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0365863  normal  0.384153 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0007  tRNA-Tyr  90.7 
 
 		 85 bp  99.6  1e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000157532  hitchhiker  0.000000000121254 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0020  tRNA-Tyr  89.66 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0016  tRNA-Tyr  89.53 
 
 		 85 bp  91.7  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.291032 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0017  tRNA-Tyr  89.53 
 
 		 85 bp  91.7  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.411262  normal  0.2939 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0007  tRNA-Tyr  89.53 
 
 		 85 bp  91.7  3e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000312079  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0036  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.391408 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0560  tRNA-Tyr  89.53 
 
 		 84 bp  83.8  0.000000000000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000480165  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0021  tRNA-Tyr  88.31 
 
 		 86 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000000055523  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0065  tRNA-Tyr  89.61 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135481  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0012  tRNA-Tyr  89.04 
 
 		 86 bp  81.8  0.00000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000201631  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0038  tRNA-Tyr  89.04 
 
 		 86 bp  81.8  0.00000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000000481051  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0058  tRNA-Tyr  87.65 
 
 		 86 bp  81.8  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.90337 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0042  tRNA-Tyr  90.28 
 
 		 82 bp  79.8  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNATyrVIMSS1309201  tRNA-Tyr  90.28 
 
 		 82 bp  79.8  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0854141  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1215  tRNA-Tyr  88.61 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0029  tRNA-Tyr  86.75 
 
 		 83 bp  77.8  0.0000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.572111  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0021  tRNA-Tyr  86.75 
 
 		 83 bp  77.8  0.0000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0034  tRNA-Tyr  88.61 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0029  tRNA-Tyr  86.75 
 
 		 83 bp  77.8  0.0000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0015  tRNA-Tyr  90.48 
 
 		 86 bp  77.8  0.0000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000666826  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4565  tRNA-Tyr  88.61 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.795414  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna4  tRNA-Tyr  90.48 
 
 		 86 bp  77.8  0.0000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.619166  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0022  tRNA-Tyr  86.75 
 
 		 83 bp  77.8  0.0000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.322461  normal  0.0145309 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0016  tRNA-Tyr  88.61 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0163881 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0043  tRNA-Tyr  89.39 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0206397  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0015  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.914639  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t23  tRNA-Tyr  89.71 
 
 		 82 bp  71.9  0.00000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.676233  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0015  tRNA-Tyr  88.89 
 
 		 82 bp  71.9  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNATyrVIMSS1309156  tRNA-Tyr  88.89 
 
 		 82 bp  71.9  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNATyrVIMSS1309080  tRNA-Tyr  88.89 
 
 		 82 bp  71.9  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNATyrVIMSS1309112  tRNA-Tyr  88.89 
 
 		 82 bp  71.9  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.722386  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0054  tRNA-Tyr  88.89 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000000000756603  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0054  tRNA-Tyr  88.89 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000219013  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0010  tRNA-Tyr  88.06 
 
 		 83 bp  69.9  0.00000000009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  decreased coverage  0.00640732  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0731  tRNA-Tyr  92.73 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0044  tRNA-Tyr  93.48 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000161525  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0060  tRNA-Tyr  93.48 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.500822  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0048  tRNA-Tyr  84.88 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.012398  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0059  tRNA-Tyr  89.39 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000803667  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0006  tRNA-Tyr  87.69 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2436  tRNA-Tyr  97.3 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2438  tRNA-Tyr  97.3 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2441  tRNA-Tyr  97.3 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2146  tRNA-Tyr  97.3 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2148  tRNA-Tyr  97.3 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2151  tRNA-Tyr  97.3 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0051  tRNA-Tyr  85.23 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0589159  unclonable  6.439e-24 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0020  tRNA-Tyr  85.23 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000168001  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNATyrVIMSS1309298  tRNA-Tyr  87.5 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0675624 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0008  tRNA-Tyr  97.22 
 
 		 82 bp  63.9  0.000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0058  tRNA-Tyr  91.67 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.401108  normal  0.738165 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0022  tRNA-Tyr  87.5 
 
 		 82 bp  63.9  0.000000006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0313146  normal  0.1141 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0021  tRNA-Tyr  97.22 
 
 		 82 bp  63.9  0.000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000249749  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNATyrVIMSS1309353  tRNA-Tyr  87.5 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0002  tRNA-Tyr  88.33 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000899619  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0063  tRNA-Tyr  97.14 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0528292  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0002  tRNA-Tyr  83.72 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2720  tRNA-Tyr  84.88 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000267596  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0038  tRNA-Tyr  87.88 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.105251 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0436  tRNA-Tyr  84.88 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000899619  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0029  tRNA-Tyr  87.88 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0045  tRNA-Tyr  92 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000472337  normal  0.099888 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0024  tRNA-Tyr  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000291994  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0056  tRNA-Tyr  92 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00201285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0043  tRNA-Tyr  94.74 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000118909  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0035  tRNA-Tyr  87.88 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.923295  normal  0.851315 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>